Академія наук.

26 вересня 1955 року дендрозаповідник «Софіївка» на підставі Постанови Ради Міністрів України за N 1184 переводиться в систему Академії наук України і підпорядковується в своїй науковій діяльності Центральному республіканському ботанічному саду АН України. В підпорядкуванні ЦРБС АН УРСР парк "Софіївка" знаходився аж до 1991 року.

В цей період проводяться значні роботи з реставрації об'єктів парку і їх відновлення, розширення території парку. Так, в 1958 році за постановою Черкаської обласної Ради «Софіївці» відведено 6,19 га землі за рахунок земель Уманського міськкомунгоспу та 9,5 га за рахунок земель Уманського сільськогосподарського інституту. У парку відновлені і навіть збільшені штати працівників за рахунок наукового відділу у порівнянні з 1836 роком, коли тут проводились найбільші за обсягом роботи.

В 1972 році до «Софіївки» приєднують територію площею 5,1 га, яка раніше належала військовій частині. В цей час замінюють всі дерев'яні східці на гранітні, при цьому порушується цілісність партерного амфітеатру як паркової композиції, бо замість серпантинових доріжок, його по центру перетинають гранітні східці від фонтану «Семиструмінь» до оранжерей сільськогосподарського інституту. Проводиться капітальний ремонт Рожевого павільйону із заміною гранітного фундаменту. На Головному вході замість дерев'яної огорожі на цегляних стовпчиках будується ажурна металева огорожа з гранітними колонами. На Головній алеї за проектом Є. Лопушинської будується в 1974 році джерело «Срібні струмки». В ці ж роки асфальтується бруківка парку від Головних воріт до воріт сільськогосподарського інституту. При цьому прибирають круглу клумбу, яка була перед павільйоном Флори. Від мосту на острів Анти-Цирцеї до дамби по вулиці Інтернаціональній створюють благоустроєну алею з водовипусками, гранітними сходами.

Стихійне лихо.

Зима 1979 — 1980 років була безсніжною та морозною. Товщина льоду сягала більше 0,7 м, а ґрунт промерз на глибину до 1,5 метрів. Потім в березні 1980 року пройшли великі снігопади, а низька температура повітря трималася майже до половини місяця. Після різкого потепління, в другій половині березня, сніг почав танути. За підрахунками фахівців, приплив води в ставки парку був таким великим, що коли б навіть за два тижні до стихійного лиха, що трапилося, були повністю відкриті всі водопропускні споруди на ставках, то і тоді вони були б не в змозі пропустити величезну кількість талих вод, що надходили у водоймища парку. Повінь розмила земляну греблю по вулиці Інтернаціональній, і вся маса води з Красноставського водоймища площею більше 17 га у вигляді селевого потоку пронеслась по поверхні льоду Верхнього ставу і пішла вниз ущелиною по течії річки Кам'янки, де розташовані головні об'єкти парку. Тоді ж під час повені були повалені гранітні пілони з вазами біля Головного входу. Була дещо зсунута і розвернута по осі на гранітному цоколі права башта, а також повалена з правого боку майже вся металева огорожа на гранітному підмурку.

Хоча рослинність парку під час повені зазнала значних втрат (деякі вікові дерева, які прикрашали центральну частину парку, загинули, а інші зазнали значних пошкоджень), видовий склад насаджень практично зберігся. При цьому загинули і самосівні, нецінні для паркових пейзажів дерева та кущі. Повінь пошкодила асфальтове покриття Головної алеї, знищила до основи дорожно-алейну систему парку в його найнижчій частині від гроту Фетіди до Головного входу з вул. Садової, були знесені і зруйновані всі металеві та дерев'яні мости, шлюзи, окремі скульптури та малі архітектурні форми. Наслідки повені були ліквідовані за короткий час.

Відновлення.

Найбільші реставраційні, ремонтні та відновлювальні роботи в «Софіївці» було проведено після стихійного лиха в 1980 році, коли за чотири місяці було реставровано більше п'ятдесяти об'єктів. За період з 1980 по 1993 рік за проектом Є. Лопушинської упорядковано Ахеронтійське озеро, збудовано альтанку Грибок. Починаючи з 1980 року, почала освоюватися територія колишньої військової частини площею 5,1 га, де організовується адміністративно-господарча зона парку. Тут практично заново відбудовується 25 гаражів для автомобілів, тракторів і старовинних карет, які закуповуються в Польщі. Було капітально відремонтовано пункт технічного обслуговування техніки, добудовується невеликий лабораторний корпус з кімнатами для приїжджих. На базі колишніх складів боєприпасів, де під час війни німцями був влаштований шпиталь для радянських військовополонених з Уманської ями, збудовано бібліотеку з читальним залом, їдальню для робітників та службовців з кімнатою відпочинку, зал засідань на 90 місць, складські приміщення, у 1996 році газифіковано котельню, побудовано водонапірну башту, куди подається вода із свердловини, пробуреної в західній частині парку. Збудовано пилораму, столярний цех, сауну, приміщення для утримання коней, овець, птиці. З 1993 року парк охороняється підрозділом міліції.

Із 1991 року парку надається статус самостійної науково-дослідної установи НАН України.

У 1995 році «Софіївка» брала участь в міжнародній конференції «Європа Ностра» і отримала всі відзнаки: медаль, диплом і барельєфну дошку за відновлення парку після стихійного лиха 1980 року, а також за збереження пам'яток історії та культури.

До 200-річчя заснування парку в 1996 році відновлено дію джерела «Залізна рура», повернуто його історичну назву. Вода цього джерела надходить, як і 200 років тому, з центральної частини парку із гроту «Діани». При вході на територію парку з вул. Садової, зліва, зразу ж за