Різновікові деревостани, висока залісненість схилів, перемежування їх із степовими ділянками, що поросли різнотрав'ям і островами ягідних кущів, створюють сприятливі умови для оселення тварин, які утворюють типову лісостепову групу. У заповіднику зустрічаються всі фонові види Подільсько-Придністровського зоогеографічного району. Із фауни безхребетних на сьогодні виявлено більше 2500 видів комах, з яких 22 занесено до Червоної книги України. Серед них: жук-олень, мнемозина, махаон, вусач мускусний, сатурнія руда, джміль моховий, стрічкарка блакитна, ксилокопа звичайна тощо. Із хребетних на даний час на заповідній території виявлено 9 видів риб, 11 - земноводних, 7 - плазунів. Орнітофауна є найчисельнішою групою хребетних у заповіднику і нараховує 188 видів. В основному це типові для даної території види, із яких 14 занесені до Червоної книги України. Це підорлик малий та великий, лунь польовий, кам'яний дрізд строкатий, сипуха, сова довгохвоста, сорокопуд сірий та ін. Ссавці у заповіднику представлені 47 видами. Звичайними тут є представники гризунів та хижих. Із крупних звірів на заповідній території можна зустріти козулю європейську, свиню дику, лисицю. В межах заповідника проживає 6 видів ссавців, занесених до Червоної книги України: борсук, горностай та 4 види рукокрилих. Загалом на території заповідника охороняються 34 «червонокнижні» види тварин. Тут мешкають також 7 видів тварин, занесених до Європейського червоного списку: нічниця велика, вухань бурий, деркач, слимак виноградний, жук-самітник і ін. Особливої уваги заслуговують рукокрилі, які населяють печеру «Перлина» та інші, переважно невеликі печери. У тому числі вечірниця мала, підковоніс малий та нічниця довговуха. У великій кількості представлена нічниця велика - вид, занесений до Червоної книги України та Європейського червоного списку.

У Медоборах є і карстові озера що не замерзають у найлютіші морози. Озера знаходяться поблизу с.Вікно Гусятинського району. Їх плеса, облямовані вапняковими породами, діаметром 9м., а глибиною 4м. За чисту кришталеву воду з фіолетовим відтінком, яка постійно витікає з них, у народі їх називають "Вікнини". До нині збереглися тільки дві „вікнини”: Синє і Бездна. Діаметр їх плес сягає дев'яти метрів, глибина - чотирьох. Вода в озерцях надзвичайно прозора - видно чашоподібне вапнякове дно.

Багатою є територія заповідника на історичні пам'ятки, які датуються Х-ХІІІ ст. Археологами виявлено язичницькі святилища ХІ-ХІІІ ст. В той період тут одночасно функціонувало три різнотипні городища-святилища: Бохіт, Говда та Звенигород. Найкраще збереженим виявилось капище на горі Бохіт, де в Х-ХІІІ ст. стояв всесвітньовідомий Збруцький ідол (Святовит) - божество східних слов'ян. Цю унікальну історико-культурну пам'ятку було знайдено у 1848 році у р.Збруч, поблизу с.Личківці. На території городищ-святилищ знайдено та досліджено хлібні печі, жертовні колодязі та довгі будинки-контини, у яких, як свідчать письмові джерела, слов'яни-язичники збирались для виконання обрядів. Функціонування городищ-святилищ та обслуговування прочан забезпечували селища-супутники, яких тут відомо 15. Розташовувались вони неподалік городищ. Ці давньоруські городища-святилища разом із селищами-супутниками становлять єдиний археологічний комплекс - «Збруцький культовий центр». Важливу роль у його діяльності відіграли цілющі джерела, які існують до сьогодні.

Сьогодні на території Медоборів функціонує три екологічні стежки: "Гостра", "Бохіт" та "До пущі відлюдника". Кожна з них це науковий маршрут, повний загадок і таємниць. Довжина науково-пізнавальної стежки "Гостра" складає 1,2 км. Назва гори походить від конфігурації товтри (гори), яка в минулому мала гострий шпиль. Маршрут прокладений через вершину бічної товтри, на якій збереглися степові та наскельно-степові угруповання рослин. Саме на цій горі зростає білий ясенець, названий у народі "неопалимою купиною". Оберігаючи себе від злих намірів, рослина виділяє етилові спирти, які на сонці спалахують яскравим полум'ям.

Багата на історичні пам'ятки і територія «Кременецьких гір». На вершині гори Бона знаходяться руїни однойменної давньої фортеці, закладеної ще в ХІІІ ст., а на горі Божа є цінне лікувальне джерело, яке має ще й вагоме культове значення.

Товтровий кряж

Національний природний парк „Подільські Товтри” створено Указом Президента України від 27.06.1996 року з загальною площею 261316 гектарів. Товтри - це залишки узбережних рифів, витягнених паралельно давній береговій лінії. Аналогів у світі немає, але подібні за геологічними структурами скелясті гряди є у Великобританії та США. Товтри – це місцева назва скелястої дугоподібної гряди, висота якої в межах парку сягає в середньому 400 метрів над рівнем моря.

Подільські Товтри відзначаються геологічною будовою, рідкісною і невластивою рівнинно-платформенним областям. У цьому сенсі вони являють собою сукупність викопних рифових споруд узбережжя бар'єрного характеру, що утворилися у мілководних мiоценових морях. Рифи складені мшанковими, мембраннопоровими та черепашковими вапняками. Поверхня рифової гряди, завдяки денудаційним процесам, загалом позбавлена молодших відкладень i тому нерівності поверхні рифових споруд різко виділяються у рельєфі скелястими i карстовими формами земної поверхні, які мають надзвичайно мальовничий вигляд.

За своїми фізіографічними рисами об’єкт вирізняється високою ландшафтно-пейзажною оцінкою. У рельєфі Подільські Товтри виглядають як скеляста дугоподiбна гряда, висота якої досягає 443м. Над навколишньою Подільською рiвниною ця гряда пiднiмається на 60-65м. Її довжина досягає 250км, ширина 15-20м. Окремі форми піднімаються у вигляді витягнутого валу, або окремих конусоподібних горбів, іноді мають форму морських атолiв; найбiльш поширеною формою є кряжi у виглядi витягнутих валiв