Мазепа писав цареві:

“… От уже 11 літ вершиться війна з Кримом і всі війська московські йдуть через нашу землю. Люди терплять бо їм топчуть трави й хліб, витинають і випалюють байраки. Гінці безперестанно їздять не тільки з царськими грамотами, а й з воєводськими листами, требують від жителів собі корму і пиття, а ні – то б`ють і безчестять навіть старшину козацьку. Хоч і є царський указ без царської грамоти і гетьманських проїзжих листів нікому нічого не брати, але на то ніхто не дивиться й знати того не хоче…”

Воєводи московські дійсно, в прямому значені слова, грабували Україну. Були випадки, коли царські війська вимагали зустрічати їх зі всіма почестями, а потім, отримавши те, що просили, грабували поселення, палили хати, гвалтували дівчат і жінок, забирали з собою всі харчі і худобу, доходило навіть до того, що забирали в полон самих людей. Якщо якесь місто відважувалося протистояти воєводському свавіллю – вимуштрувані московські війська просто стирали це місто з лиця землі.

На той час Мазепа був гетьманом вже дванадцять років. За ці роки козацьке військо здійснило одинадцять літніх і десять зимових походів. І похід проти Швеції був майже неможливий для України. На Україні був голод – люди їли хліб наполовину з лободою. Саме після того, як цар Петро прислав гнівну відповідь на лист Мазепи з вимогою негайно йти воювати, Мазепа вперше задумався над становищем України. Мазепа думав про це не один, його підтримувала майже вся старшина, але для виступу проти Москви ще було зарано.

Незадоволення народу московськими порядками перекинулося і на козацьке військо. Відомо щонайменше десять сутичок між козацькими загонами і московськими військами. Найкривавіша розігралася у місті Пскові. Сотня козаків хотіли закупити фураж у місцевого населення і розрахуватися “чехами”, які отримували від царського уряду за службу. Проте московські люди відмовились приймати “чехи”. Козаки звернулись до московського управителя тих земель, мотивуючи, що є закони, як постановив сам уряд самодержавної Москви. Але і тут їм було відмовлено. Тоді козацький загін відмовився підчинятися московському командуванню. У відповідь проти них було вислано стрілецький полк. Сорок козаків було втоплено або вбито, у решти забрали зброю і коней. Козаки скаржилися на це самому Шереметьєву, але він нічого не зробив. Більше того звинуватив у всьому самих козаків.

З того часу у листах Мазепи до царя постійно бачимо неприязне ставлення. Мазепа не виступав відкрито проти царської волі, але й вже не підкорявся їй так, як раніше.

Зростало незадоволення і на Січі. Запорожці прямо відмовились приймати присягу на вірність цареві, поки не буде знесено всіх фортець навколо Січі. Більше того в одному із листів до гетьмана була пряма погроза піти на Батурин і вбити гетьмана за те, що він підтримує Москву.

У 1700 році Петро І розпочинає похід на північ проти Швеції. Гетьман знарядив військо під командуванням полтавського полковника Іскри, та приходить новий наказ, в якому Петро вимагає, щоб Мазепа особисто очолив десяти тисячне козацьке військо. Як тільки гетьман зібрав військо приходить ще один наказ від Петра – не йти зовсім, бо Петро не зміг організувати належної підтримки московськими військами, а кинути саме козацьке військо проти шведів цар не наважився. Але все таки через місяць Петро збирає армію і знову кличе Мазепу, але вже з дванадцяти тисячами козаків. Поки козацьке військо дійшло до Нарви, Карл маючи двадцять тисяч війська розбив вісімдесят тисяч московського війська. Наказним козацького війська був Обидовський. Коли він привів козаків на північ, йому нічого не залишалося, як зимувати там і чекати поки Петро збере нові сили. Не маючи ніякої підтримки з боку царського уряду і місцевого населення, козаки дуже важко переносили це зимування. Почалося масове дезертирство. Щоправда гетьман карав втікачів, але написав ряд гнівних листів до царя, в яких вже прямо вимагав припинити знущання над українським військом.

На зміну війська Обидовського гетьман посилає 7 000 козаків під командуванням гадяцького полковника Боруховича. Але ті, що верталися з півночі почали розповідати про всі біди яких зазнали на півночі і військо Боруховича постановило вертатись назад, лише гетьманський наказ з погрозами перевішати всіх хто не підчиниться його волі йти на підмогу Петрові спинив їх. Петро, дізнавшись про це пробачив Мазепі листи, які отримав раніше і навіть видав ряд наказів посприяти пересуванню козацького війська до московських воєвод.

В лютому 1701 року Петро заключає військовий союз з польським королем Августом про спільну війну проти шведів. У договорі крім того було ще обговорено поділ замель між Польщею і Росією. За такої нагоди Август попросив Петра віддати йому назад і Правобережну Україну. У Петра вистарчило розуму порадитися з Мазепою перед прийняттям такого рішення. Гетьман роз`яснив цареві, що за таких умов люди з лівого берега почнуть селитися на правому, Січ тоді відокремиться взагалі з-під гетьманської влади і буде слухати гетьмана і будуть його