Розуміючи марність будь-яких спроб підпорядкувати далеку й непокірну Січ, польський уряд, проте, сподівався залучити до себе на службу міське козацтво чи принаймні певну його частину. В 1572 р. Король Сигізмунд Август санкціонував утворення загону з 300 оплачуваних козаків на чолі з польським шляхтичем Садовським, який формально не підпорядковувався урядовим чиновникам. І хоч цей загін незабаром розформували, його поява стала важливим прецедентом: уперше польський уряд визнавав козацтво чи принаймні його представників як окрему соціальну верству, що аналогічно іншим мала право на самоврядування.

Друга, більш вдала спроба створення санкціонованого урядом козацького загону мала місце у 1578 р., за правління короля Стефана Баторія. Король встановив плату шести сотням козаків і дозволив їм розташувати у м. Терехтемирові свій арсенал і шпиталь; за це козаки погоджувалися визнати за старшин призначених шляхтичів та стримуватися від „самочинних нападів на татар”, що часто ускладнювали зовнішні стосунки Речі Посполитої. Завдання цих негайно внесених до реєстру (реєстрових) козаків полягало в охороні кордонів і, що не менш важливо, в контролі за нереєстровими козаками. До 1589 р. Реєстрових козаків налічувалося 3 тис. В основному це були вихідці з місцевих мешканців, що остаточно сформувалися як козаки й мали значну власність. Так, заповіт реєстрового козака на ім’я Тишко Волович включав будинок у Чигирині, два маєтки зі ставками для риби, ліси, й пасовиська, 120 вуликів, 3 тис. золотих злитків (із них тисяча в позичці під великі проценти).

Відносно заможне реєстрове козацтво різко відрізнялося від нереєстрових козаків, які рідко коли мали більше, ніж прості селяни. Відтак стосунки між 3 тис. реєстрових і близько 40 – 50 тис. нереєстрових козаків часто досягали крайнього напруження. Проте ці відмінності не перешкоджали синам заможніших козаків іти на Січ у пошуках долі або вступати до реєстрових тим козакам, що спромоглися нажити собі багатства.

Уся повнота влади в козацькій державі належала Січовій (Військовій) раді, причому право голосу мав кожен запорожець. Саме тому козацьку державу визначають як республіку. Ради відбувалися двічі-тричі на рік: на початку січня, другого-третього дня після Великодня, 1(14) жовтня (на свято Покрови). У разі потреби ради могли скликатися за бажанням будь-кого з козаків в інший час. На раду запорожці сходилися заздалегідь, поспішаючи до Січі з усіх козацьких земель. Рада керувала всіма важливими справами на Січі. Вона провадила внутрішню й зовнішню політику, укладала мир чи оголошувала війну, приймала й надсилала посольства, чинила суд. На раді обирали козацький уряд – Кіш, військову старшину: кошового отамана, суддю, писаря, осавула, довбиша й пушкаря.

Кошовому отаману належала вища військово-адміністративна та судова влада на Січі. Під час воєнних походів влада кошового була необмеженою. Проте за мирного часу він не міг ухвалювати важливих рішень без згоди Військової ради. Кошовий відкривав Військову раду, головував на Старшинській раді, здійснював дипломатичні стосунки з іншими державами, розподіляв воєнну здобич, прибутки від мита, узаконював поділ пасовищ, земель та угідь для полювання й рибальства. Крім того, затверджував судові вироки та обраних або призначених козаків на посади.

Найближчими помічниками кошового були військовий писар, військовий суддя, військовий осавул та інші старшини. Військовий суддя чинив суд на Січі, був охоронцем норм закону та права. За відсутності кошового виконував його обов’язки, тобто був наказним кошовим отаманом. Писар очолював січову канцелярію, вів усю документацію та дипломатичне листування. Помічником кошового у військових та адміністративних справах був осавул.

Неординарною у Запорозькій Січі була правова система. Якщо загалом на території України на той час діяли різноманітні джерела права (Руська Правда, Литовські статути, акти королівської влади, Магдебурзьке право), то в Запорозькій Січі найважливіше значення мало звичаєве козацьке право, що являло собою сукупність правових звичаїв, які утвердилися в сфері козацьких суспільних відносин. Система звичаєвого козацького права складалася саме в XV – середині XVII ст. і закріплювала військово-адміністративну організацію козацтва, окремі правила військових дій, діяльність судових органів, порядок землекористування, укладання окремих договорів, види злочині в і покарань. Слід зазначити, що звичаєве козацьке право визнавалося іноземними державами, в тому числі і польським урядом. Козацтво всіляко захищало звичаєве право, бо побоювалося, що писане право може обмежити козацькі вольності.

Республіканська форма правління, участь якнайширших кіл козацтва у вирішенні практично всіх господарських та суспільних питань перетворили Запорозьку Січ на стійкий політичний організм. Висока виживаність Січі забезпечувалася також внутрішньообщинною демократією, рівністю всіх членів громади.

Для Запорозької Січі протягом багатьох десятиліть її функціонування був характерний найширший спектр політичної діяльності. На українських землях не було практично жодної сфери життя, яка б залишалася поза увагою Коша Війська Запорозького. Він матеріально підтримував діяльність братств та навчальних закладів, фінансував просвітницьку роботу православних церков і монастирів.

Якщо теперішнє цивілізоване суспільство засноване на прагненні до економічної вигоди, добробуту, плюралістичної демократії, то якими цінностями керувалося січове товариство?

Свобода – ось духовна сутність козацтва. У свободі вся філософія запорозького життя – і особистий вибір форми самоствердження, і повсякденне існування, і добровільне виконання суспільного обов’язку. Ніякі ексцеси козаччини не можуть порушити незаперечний моральний авторитет запорожців, бо серед неволі уособлювали вони