базою подальшої війни, навесні 1689 року почався новий похід на Крим. До 112-тисячного московського війська Голіцина долучився Мазепа з українськими козаками, протягом травня війська підійшли до Перекопа, мали бій з ханом, але у Крим не зважились йти. 1695 року Петро 1 почав нову агресію проти Криму й Туреччини, скерував головні сили на Азов. Мазепа разом з московитами рушив на пониззя Дніпра, здобув Кизикермен, Тавань, збудував там нові укріплення й поставив козацьку залогу. Але під Азовом Петро 1 початково зазнав невдачі. Тому похід було повторено 1696 року. На цей раз у ньому взяв участь і 15-тисячний корпус полковника Лизогуба, якій і відіграв вирішальну роль у здобутті Азова. Героїчною сторінкою в цій кампанії (а вона тривала ще чотири роки) була оборона казаками Тавані від переважаючих сил турків і татар. Наслідки російсько-турецького миру, укладеного у Стамбулі влітку 1700 року для України були не найсприятливіші: за Росією залишився здобутий козаками Азов і Приазов"я, натомість козацькі укріплення на Низу Дніпра мали бути зруйновані, що позбавляло Україну надійного доступу до Чорного моря.
Року 1699 Мазепа писав до царя, що за 12 років гетьманування відбув він одинадцять походів. Однак наслідки не відповідали жертвам. Дійсно, "Священна ліга" мало чого добилась, і 1699 року Австрія та Польша підписали з Туречиною мирний договір в Карловицях, а 1700 року Москва з Туреччиною в Константинополі: на тридцять років Москва дістала Азов та інші укріплення на північному березі Азовського моря; військовий престиж Московщини піднісся.
Україна нічого не досягла. Навпаки, вона багато втратила: зобов"язана колмацькою угодою брати участь в зовнішній політиці Москви, вона мусила давати людей не лише для військових справ, але й суднобудівництва, копанія окпів, тощо. Головне ж було те, що Україна втрачала незалежність і втягувалась у політику Москви, як її власна територія.
Таке становище дуже шкодило Мазепі, якого сучасники вважали за прихильника Москви, не здаючи справи з тяжкої ситуації, в якій він опинився внаслідок Колмацької угоди і не розуміючи, де кінчався примус, а де починалася добра воля гетьмана.
На тлі зовнішніх воєн зростало в Україні соціальне та економічне становище. Люди прирівнювали сучасне життя з тим, що було "під ляхом", називали Мазепу "вітчимом" України. До того ж не припинялися повстання, що почалися з розрухів у війську під Колмаком, якими зустріло козацтво обрання Мазепи. Повстання жорстоко придушували. Війни вимагали грошей і тому треба було більшувати податки.
Ще більше місце у внутрішній політиці займала опозиція різних груп старшини. Вже була мова про сильну опозицію проти антитурецької політики Москви, а разом з нею й України. Особливо сильна вона була серед старшини та купецтва південних полків; невдалі війни 1687та 1689 років розпалювали почуття незадоволення політикою гетьмана.
У внутрішній політиці Іван Мазепа спирався на старшину, низкою законів відособивши козацтво як окремий клас. Становище козацької старшини особливо зміцнилось на початку 18 ст., зросла кількість так званих бунчукових товаришів - старшинської молоді. Всі ці заходи гетьмана, як і реформи в галузі судочинства й податків, свідчили про намагання гетьмана створити в Україні національну аристократію і з її допомгою вести боротьбу за повну автономію України. Водночас Мазепа всіляко дбав і про захист інтересів народних мас, обмежував апетити старшини, встановив максимальну панщину у два дні на тиждень, дозволив селянам винокуріння на власні потреби, намагався скасувати "оранди". Загалом гетьман дбав про інтереси всього народу, всієї країни.
Осередком опозиції до політики гетьмана залишалось Запоріжжя, куди стікалися з Гетьманщини всі невдоволенні і знедолені. Посилення експлуатації низів призводило до щораз більшого розриву між старшиною і народом і зумовило кінцеву невдачу Мазепиного зриву 1708 р.
Становище Мазепи, що стояв між місцевою опозицією і вимогами Москви, погіршувало те, що серед старшини було багато свояків і приятелів Самойловича. Мазепа їх по змозі усував, призначаючи полковниками своїх родичів, людей, відданих йому.
1692 року почалося заворушення у південних полках, яке очолив Петро Іванович, або Петрик Іваненко. Петрик був канцеляристом генеральної канцелярії, досить освіченою людиною, добрим оратором і дипломатом, палким українським патріотом, який намагався визволити батьківшину від московського ярма й приєднати до Гетьманщини Правобережну Україну, Слобожанщину (про це йшлося в його договорі з Кримом 1692 року.) Попри досить значну допомогу татар, в Україні плани Петрика не зустріли широкого схвалення, до того ж проти нього виступив гетьман, який у закликах Петрика бити "чортів-панів" "дуків, що їм царі маєтності понадавали" побачив загрозу існуючому ладові. Щоправда, деякі історики висловлювали припущення, що вся справа Петрика була інспірована самим Мазепою, який за допомогою договору з татарами хотів вирватися з-під зверхності Москви, поширити впливи України на південь і утворити самостійну державу. Так чи інакше, справа Петрика свідчила про жвучість самостійницької концепції серед козацької старшини.
Акція Петрика не мала успіху, бо її не підтримало Запоріжжя, з якого вийшло лише кількасот "голоти". Проти Петрика, якого обрано на гетьмана, виступило кілька полків, сам гетьман і московські війська. Петрикові союзникі, татари, почали грабувати населення, виводити ясир, викликаючи обурення людності. Петрик відступив до Перекопу. Старшинська опозиція була розгромленна. Де-кого заслано, інших - позбавленно урядів.
Ще складнішою була справа з Правобережною Україною. Польський уряд вживав заходи, щоб залюднити Правобережну Україну, що залишалась пусткою після кровопролитних воєн та втечі населення.
Завдяки близьким стосункам з Петром 1 Мазепа зміг скористатися великим козацьким повстанням, що вибухнуло на Правобережній Україні у