з родиною відіслали в Тобольск , де він і помер через 2 роки . Сина ж його полковника Григорія Самойловича , після тортур було страчено в Сівську . Після арешту гетьмана серед козацтва почалися непорядки , били та вбивали старшину та інших людей що були у дружбі з бувшим гетьманом , тому старшина просила від оліцина скорійше вибрати нового гетьмана . Очевидно , що справа вибору була договорена наперед Іваном Мазепою , який був тоді вже генеральним писарем . Він пообіцяв оліцину 10 тис. рублів і тому під впливом оліцина його кандідатура не стріла ніяких перепон .
25 липня 1687 року скликано було Генеральну Військову Раду , в якій взяло участь 2.000 козаків . Вона ухвалила нові статті , які уставлені були перед нею . Це був аналог Глухівських статтей 1672 року , ці статті називалися Коломацькими ; постановлено було , що не може відбирати від старшин урядів без указу царського ; Україна не сміла порушувати вічний мир з Польшею , було також заборонено вести дипломатичні відносини з іншими державами ; аби Україну тіснійше зв’язати з Московщиною , ухвалено дбати про те , щоб більше було мішаних шллюбів . Після цього оліцин порадив старшині вибрати Мазепу що і було зроблено .
Але переміна гетьмана не зробила перемін у житті . Мазепа йшов протореним шляхом свого попередника , бо упадок Дорошенка послужив наукою та показчиком нових обставин . Дорошенко був останній діяч Хмельницької доби , що стояв за плани Українського визволення . Звісно , що та доля яка його спіткала — покинутого всіми , зненавидженного народом—наводила на думку , що Україні нема виходу з московської стежки .
Московське правительство знало що робило , щедро роздаючи старшині маєтності , воно тим самим накладало ярмо на старшину , але ярмо це було солодке і старшина радо сприймало його танцюючи під дудку Москви . Старшина перетворювалась на поміщиків , освоювала землі , кріпостила людей і вірно служило московському правительству . Туж лінію вели Самойловіч і Мазепа . Вони вірно сповняли волю Москви та виконували накази , допомогали старшині освоювати нові землі та кріпостити людей .
У цей час почалися московські смути : боротьба партії царя Петра першого з партією царівни Софії , було важко вгадати за кого триматися , але Мазепа вийшов з цього сухим .
Падінню царівни Софії сприяла нова військова компанія , бо Мазепа успадкував чорноморську проблему Чорного моря . У березні 1689 року князь оліцин рушив на Крим з 120-тисячним військом . На Колмаку до нього приєдналися українські війська під проводом Мазепи . Ця величезна армія 20 травня дійшла до Перекопу , примушуючи татар відступати , але другого дня несподівано відступила . Невідомі причини цього відступу , але історики склоняються до того що оліцина підкупили татари .
Після цього відступу відбулось падіння царрівни Софії та перехід влади до Петра I .
Той факт , що Мазепа не тільки не постраждав за дружні відносини з оліциним , а навіть навпаки попав в особливу ласку до Петра , виправив з оліцинських маєтків ті гроші , що заплатив йому за свій вибір та й ще випросив для своїх родичів та своєї партії велику кількість маєтків ; все це свідчить про не аби-яку здатність пристосовуватися до людей і обставин .
Після двох невдалих походів стало зрозуміло , що щоб здобути Крим треба опануувати Чорноморське узбережжя . Почалися походи на Очаків , долішний Дніпро .На чолі походів на Очаків та Газі—Кармен у 1690 році , на Аккерман у 1691 році стяв полковни Семен Палій .
У 1695 році відбувся перший похід московського війська на Озів . З ними разом йшли козаки під командою небожа Мазепи наказного гетьмана Івана Обидовського . Мазепа ж у той час атакував Гази—Кармен та інші турецькі фортеці над Дніпром . Завоювання цих фортець мало велике значення для України , а ще більше для Озовської компанії .
У 1696 році Озов був здобутий , хоча Керченська протока залишалася ще у руках турків . На жаль Очаків не був взятий .
Мазепа стає дуже заможним і починає витрачати гроші на духовні і просвітні цілі . Він намагається заглушити розмови про те , що він « Лях » , чужий . скатоличений . Мазепа відновив Печерську Лавру , обвів її монументальною огорожею , відбудував братську церкву Богоявлення і поставив новий будинок для академії . Поставив церкву вознесення у Переяславі та інше...
Але всі ці прояви доброчинності у бік церкви ніяк не заспокоювали народ . Військові походи через Україну руйнували її , багато людей гинуло в боях . У 1699 році Маазепа писав царю , що за 12 років гетьманування він відбув 11 разів у походах , однак наслідки військовї компанії проти Криму та Туреччини не відповідали жертвам .
В решті—решт Австрія та Польща підписали мир з Туреччиною у 1699 році , а Москва з туречинною у 1700 році отримав Озів на 30 років . Престиж Москви було поднято