Російський уряд мусів карати тих учасників повстання, які були підданими Росії. Властиво кажучи, покарання гайдамаків мало носити демонстраційний характер, щоб показати туркам, а також ляхам, що російський уряд не спочуває повстанню й не несе за нього відповідальности. Тому частина присудів мала бути виконана на турецькій гряниці в присутності запрошених на це видовище турецьких урядовців, а частина на польській території. Всі 250 гайдамаків із Залізняком на чолі, приведені до Київа, були засуджені на смерть, але властям була дана таємна інструкція замінити смертну кару вже в самий момент виконання карою на тілі: гайдамаків мали бити кнутом, вирвати кожному ніздрі, покласти гарячим залізом тавро на чолі та на щоках, і після того вислати на вічні каторжні роботи до сибірських рудників.
Як каже проф. Гермайзе, «російський уряд, не почуваючи себе в праві карати гайдамаків, яких він сам до певної міри провокував повстання, не зовсім благородно, але дуже хитро вийшов із трудного становища, зменшуючи фактично кари й заміняючи їх з дипломатичною метою показною театральщиною». Присуд виконано, і Залізняк із своїми товаришами після жорстокої кари помандрував до далекого Сибіру. По дорозі він зробив спробу втекти, але був зловлений й таки допроваджений до Сибіру, де мабуть і докінчив свій вік.
Повстання таким чином було задавлене, але причин народнього незадоволення — тяжкого становища селян і переслідування православної віри не було усунуто, і серед народу залишилося глухе озлоблення й ненависть до шляхетського режиму. З другого боку, серед місцевої польської адміністрації й серед шляхти панувало глибоке недовіря до селянської української маси, яку ввесь час підозрювано в замислах нового гайдамацького повстання. Раз-у-раз на підставі ріжних чуток виникала серед шляхти й місцевої адміністрації паніка, й тоді розпочиналися жорстокі репресії проти православного духовенства та селян. Особливо великих розмірів набрала тривога в 1789 році на Волині, коли на підставі якихсь неясних чуток місцева адміністрація заарештувала сотні людей, з яких багато приплатило життям, як можна думати, зовсім неповинно. Серед цієї тривожної атмосфери закінчилося польське панування на правобережній Україні: на основі другого розділу Польщі 1793 року воєвідства Київське, Брацлавське, Подільське і східню частину Волині забрала Росія. По третьому розділу 1795 року забрала Росія й решту Волині та ще східню частину Холмщини; головну частину Холмщини забрала Австрія. Росія сформувала з приєднаних областей три ґубернії: Київську, Подільську й Волинську. Правобережна Україна ввійшла в нову фазу свого життя.