Маючи великий досвід інженера-фортифікатора, Мазепа у 1688 році побулував Богородицьку фортецю на річці Самарі, яка спочатку належала царським військам. В її будівництві брало участь 20000 козаків з шести полків.

Пізніше, у 1700 році гетьману вдалося цю фортецю взяти безпосередньо під свою владу. Низові козаки були дуже незадоволені цим фортифікаційним будівництвом. Справа в тому, що Іван Мазепа намагався підкорити низове військо свої й владі.

Думки гетьмана сягали далеко. Він мріяв у майбутньому об"єднати у одне ціле з Гетьманщиною низове і слобідське Військо, а також й Правобережжя. Іван Мазепа бажав бачити Україну об"єднанною могутньою державою, яка завжди мала б змогу протистояти будь-якому ворогові.

З ім"ям Мазепи пов"язана велика кількість кам"яних споруд, які були побудовані на межі 17-18 ст. Серед них особливу увагу привертає фортечний мур навкруги верхньої території Києво-Печерської Лаври.

1700 рік став переломним для України. Північна віна, до якої Петро І втягнув і Україну, була чужою для українського народу, а участь у ній українських військ суперечила умовам договорів України з Росією (в кожному разі, договорові Хмельницького). До того ж Росія та її союзники - Саксонія, Данія, Польша, виступили в ній агресорами щодо Швеції, Яку збиралися розподілити між собою. Росія прагнула вібідрати у шведів узбережжя Балтики. Уже на початковому, нарвському етапі війни, Петро І викликав у Прибалтику 12-тисячний український корпус Обидовського. Щоправда, поразка московитів під Нарвою (листопад 1700 року) застала козаків щойно під Псковом, та все одно похід у далкі й холодні краї коштував їм тисяч жертв. Новий український корпус під проводом Апостола діяв у Ліфляндії проти Шліппенбаха, а сам гетьман отримав наказ іти в Білорусь на допомогу полякам. Загалом, участь у півнчних походах справедливо викликала велике невдоволення на Гетьманщині: московські офіцери відбирали в козаків трофеї, завдавали їм усіляких кривд і образ, козаки тисячами гинули не тільки в боях, а й від незвично суворого клімату й через брак харчів і платні. Війна руйнувала українську торгівлю й економіку взагалі.

Війна викликала ремствування також серед українських селян і міщан. Вони скаржилися, що в їхніх містах і селах розмістилися російські війська, які завдавали утисків місцевому населенню. Навіть гетьман став відчувати загрозу, коли пішли поголоси про наміри царя замінити його чужоземним генералом чи російським вельможею.

Петро не рахувався з військовим укладом України: українськи частини мусили виступати під командою московських начальників, а не гетьмана. В Москві виникали думки взагалі скасувати козацькі порядки і навіть віддати Україну князеві Меньшикову, або англійському герцегові Марльборо. Все це свідчить про те, яка величезна небезпека загрожувала Український державі.

У 1702 році Карл ХІІ розбив Августа і захопив Варшаву. Його прихильником був позанський воєвода Станіслав Ліщинський, який згодом став королем Польші. Війна охопила всю Польшу і підійшла до українських кордонів. За наказом Петра І Мазепа вислав у Білорусь 12-тисячний корпус Миклашевського, а сам з 40-тисячним військом перейшов на Правобережжя. У 1704 році шведи здобули Львів і українські війська змушені були відійти з Польші, хоч Волинь і Київщина залишились за Мазепою. Але коли шведи перенесли бойові дії до Саксонії, Мазепа знову, хоч і ненадовго, зайняв Львів і всю Галичину. Бойові дії у Білорусії завдали великих втрат українському військові. При обороні Несвіжа загинув стародубський полковник Миклашевський, після довгої облоги здалися шведам Ляховичі, які боронив переяславський полковник Мирович. Критична ситуація для супротивників Карла ХІІ склалася восени 1707 року, коли Август капітолював і зрікся польської корони на користь С.Ліщинського. Фактично Петро І залишився сам на сам з Карлом ХІІ. В цих умовах старий гетьман опинився перед необхідністю вибору - надалі залишатись у сфері московської політики чи спробувати звільнити Україну за допомогою нових союзників. До того ж роки війни виразно показали, що для Петра І Україна була тільки знаряддям для здійснення імперських планів і він не зупиниться ні перед чим задля власних цілей, навіть віддасть Україну взамін за вихід до Балтики. Інтенсивне використання козацького війська у віддалених від України місцях, спроби перетворити окремі полки на регулярні драгунські, руйнування зовнішньої торгівлі України - все це провіщало близьку ліквідацію автономії України.

За цих умов серед української старшини, незалежно від планів і насторїв самого гетьмана, виникла опозиційна щодо царизму група, яка обговорювала можливості відновлення Гадяцького договору з Польшею (в особі С.Лещинського) і союзу з Карлом ХІІ проти Москви. Ще 1706 року полковники Горленко й Апостол волали до гетьмана : "Твою душу й кості діти наші проклинатимуть, якщо ти після себе залишиш козаків у такій неволі", та зносини українських опозиціонерів з можливими союзниками почалися задовго до вступу шведів в Україну.

Не втаємниючи нікого зі старшини, за винятком генерального писаря П.Орлика, Мазепа, всупереч вимогам Петра І, затримав Волинь та Київщину і з ініціативи Лещинського розпочав 1704 року переговори з королем Станіславом Лещінським. На початку 1708 року переговори Мазепи з Лещинським завершилися формальною угодою, за якою Україна, як велике князівство, входила б в склад Речі Посполитої за гарантією короля шведського.

Але договір з Польшою залишався тільки дипломатичним інструментом, вигідним