Однак цей виступ був жорстоко придушений спільними польсько-російськими силами, і чи не вперше у практиці міжнародних відносин один із пунктів Нарвського договору між Річчю Посполитою та Московщиною (19 серпня 1704 р.) присвячувався одному з керівників визвольного руху. Виходячи з домовленості між обома державами, полковник С.Палій “або добрим, або злим способом мав повернути фортеці і міста, які в нещодавнім українськім замішанні взяв” до володінь Корони Польської.
У зв`язку з тим, що Палій не припинив військових дій проти Польщі, його було заарештовано лівобережним гетьманом І.Мазепою. Майже рік перебував славетний козацький полковник у батуринській в`язниці. У 1705 р. за наказом Петра І його було відправлено на заслання до сибірського містечка Тобольська. Але коли І.Мазепа у 1708 р. Виступив проти Москви, Палія знову ж таки за особистим наказом царя повернули з далекого Сибіру. Він ще брав участь на боці російських військ у полтавській битві, однак підірване у засланні здоров`я давалося взнаки. Повернувшись до Фастова, де жила його друга дружина Феодосія, він знову зайняв уряд полковника і продовжив боротьбу з польською шляхтою за право володіти Правобережною Україною. Лише смерть перервала багаторічні зусилля Семена Палія звільнити правобережних українців від польської влади і об`єднати Україну. У січні 1710 р. його з почестями поховали на території старовинного Межигірського монастиря”.



Ось такий був Семен Палій. Людина справді непересічна. Польський урядовець Ф.Замойський сказав про нього – “той, що хоче кинутися з мотикою на сонце”. І Замойський був правий.