Неоціненним є внесок В.Антоновича в розвиток археології. Не потрібно забувати, що археологія довго, а в деякій мірі і тепер залишається, як прийнято висловлюватися, наукою “аристократичною”, як для проведення розкопок, так і для складання колекцій і вимагає значних коштів; а відомо, що багатство не завжди, на жаль, поєднується з істинно науковою підготовкою, яка вимагає наявності суворого наукового прийому і знайомства з цілим рядом допоміжних наук, без яких успішне заняття археологією неможливе. Займаючись археологією, В.Антонович також проявляв велику обережність у судженнях. Мабуть, недаремно російський дослідник, граф, голова Московського археологічного товариства О.С.Уваров скаржився, що “этот хитрый хохол что-то знает, но не хочет говорить”. В.Антонович мав свого роду науковий “нюх”, який, будучи набутком особливого природного дарування, посилюється великим практичним досвідом; такий дар іншим людям не передається.

На думку Д.Дорошенка, В.Антоновича можна вважати одним з творців української археології як науки. Перед В.Антоновичем української археології, як науки, зовсім не було, зауважує М.Кордуба. Були лише аматори-археологи, котрі через невміння проводити розкопки понищили чимало пам’яток та поширювали зовсім неправдиві поняття, які в науку вносили чимало баламуцтва. Тому Антонович мусив тут промощувати зовсім нові шляхи, будучи одночасно ремісником-антикварієм і будівничим-синтетиком.

Крім цього, сучасний дослідник М.Брайчевський зауважує, що в Україні і, зокрема, в Києві впродовж ХІХ століття працювали археологи досить різні за ступенем фахової підготовки та хистом: починаючи від скарбників та аматорів, як К.Лохвицький, А.Ставровський, або лихої слави поручник Аненков (засуджений за жорстоке ставлення до кріпаків) і кінчаючи В.Хвойко, якого цілком можна вважати засновником наукової української археології.

В.Антонович підготував цілий ряд українських істориків, які працювали під його керівництвом. Він ніколи, як зазначає М.Кордуба, не нав’язував нікому свої погляди, але вміло звертав увагу на ту частину нашої історії, що потребувала більш грунтовного опрацювання. Тому-то й студенти В.Антоновича своїми історичними працями (проф. Грушевський, Голубовський, Линниченко, Багалій та ін.) заповнювали передусім ті прогалини в нашій історії, яких Антонович не “встиг заткати”, а які треба було “заткати”.

Стиль праць В.Антоновича характеризується лаконізмом, чіткістю і послідовністю, навіть певною сухістю без особливих претензій на художність викладу. А інтерпретація поодиноких джерельних відомостей та комбінування фактів прихована від погляду читача, і він, як правило, виступає лише з репродукцією явища чи події. Звідси його постійне прагнення звести зміст до найпростішої форми. Аналітична частина досліджень В.Антоновича переважно закрита, натомість синтетичний бік висувається на перший план, кладеться в його основу. Не водячи читача по всіх лабіринтах дослідницької думки, а розкриваючи перед ним уже готовий результат, він видає його за щось цілком об’єктивне, хоч висновки ці не раз і не два збудовано на чисто суб’єктивних поглядахПодібний підхід, наприклад, знайшов своє цілковите втілення в преамбулі до однієї з найпопулярніших праць історика — “Бесіди про часи козацькі на Україні”. В.Антонович не належав до того типу істориків, які, як підкреслював М.Грушевський, ставили питання і давали на них повну відповідь на основі наявних джерел. На багато з них за обставин безпощадної цензури В.Антонович і не мав змоги відповісти згідно з наявним фондом знання і своєю совістю науковця. Деякі тези В.Антоновича були проявом “контроверсійні гіпотези”.

В оцінці ролі цього історика досить слушним є міркування П.Соханя про те, що В.Антонович, як кожний видатний діяч і вчений, був сином своєї епохи. Далеко не всі його концепційні положення позбавлені помилковості. Це стосується, насамперед, його висловлювань про “бездержавність українського народу”, про те, що український народ в силу історичних та інших умов, як етнос, нібито “не прагнув до державності, а задовольнявся чужою “готовою державою”. Державу він, взагалі, розглядав (ймовірно під впливом ідей Прудона) як “неминуче зло”. В.Антонович у певній мірі ідеалізував народні маси, дотримувався народницького розуміння українського історичного процесу і певним чином спрощував його. Відомо, що за ці та інші погляди В.Антонович піддавався критиці представниками так званого державницького напряму в історіографії (Д.Дорошенко, В.Липинський та ін.) Від своїх окремих попередніх поглядів, зокрема в питаннях походження козацтва, В.Антонович, як відомо, сам відмовився. Що ж до концепції про бездержавність українського народу, то В.Антонович, по-перше, як свідчать його праці, все ж таки симпатизував державницьким устремлінням Богдана Хмельницького, Петра Дорошенка, Івана Мазепи (що визнає й історик Д.Дорошенко), а по-друге, вважав, що спочатку народ мусить досягти певного рівня культури, а вже потім боротися за державу (тут він однодумець з М.Драгомановим). Політичну роботу без культурних підстав історик вважав за “будову на піску” (це, до речі, і тепер звучить актуально).

Очевидно, щоб реально оцінити ставлення В.Б.Антоновича (як, до речі, й інших представників народницької течії) до державотворчих процесів в українському суспільстві, при історіографічному дослідженні проблем державотворення необхідно чітко розрізняти, на думку В.М.Матях, два поняття: ідея державотворення та державотворення як історична реалія. З точки зору останнього навряд чи можна заперечувати сприйняття В.Б.Антоновичем Української козацької держави ХVІІ-ХVІІІ ст. як реально існуючого факту. В своїх працях: “Содержание актов о козаках на правой стороне Днепра (1679-1716)” (К., 1868), “Коротка історія козаччини” (К., 1991), “Про козацькі часи на Україні” (К., 1991) учений обгрунтував погляди на державний лад і внутрішній устрій Гетьманщини; розглянув атрибутику та функції гетьманської влади; охарактеризував наслідки діяльності для долі України окремих її носіїв, як-от гетьманів Б.Хмельницького, П.Дорошенка, П.Тетері, І.Мазепи та ін.; дослідив соціальний устрій молодої української держави. Найвищим мірилом справедливого державного устрою