Після провалу Мазепиних планів українці були змушені перейти до оборони. Та поглинання Гетьманщини Російською імперією було довгим і затяжним. Не всі російські правителі XVIII ст. були такими прибічниками централізму, як Петро І. Потребуючи підтримки у численних війнах із турками, царський уряд ретельно уникав антагонізмів з «малоросами». Проте росіяни послідовно намагалися обмежити українське самоврядування. Для цього вони застосовували всі звичайні способи імперських політиків. Найулюбленішим із них був принцип «поділяй і володарюй», яким заохочувалися чвари між гетьманами і старшиною. Іншим способом було упокорення старшини під острахом підбурювання проти неї селянства. Кожний прорахунок української адміністрації, кожна скарга простого люду на старшину використовувалися центральним урядом як привід для впровадження адміністративних «покращень». Ці нововведення незмінне супроводжувалися благочестивими деклараціями про те, що в їхній основі лежить монарше піклування про суспільний добробут.
Російська централізаторська політика на Україні передбачала три основних мети: 1) цілком підкорити собі українську верхівку і простий люд; 2) підпорядкувати українське врятування, економіку, культуру; 3) максимально користатися людськими й господарськими ресурсами України. Слід зауважити, що Україна не становила у цьому відношенні винятку, оскільки царський уряд провадив аналогічну політику як в інших сусідніх з імперією землях, так і в самому її центрі.
Іван Скоропадський (1708-1722). Хоча Скоропадський і фігурував у планах Мазепи та підтримував ідею автономії України, Петро І погодився на його обрання, бо той був людиною старою й ненаполегливою. Скоропадський фактично не чинив опору реформам Петра І, але й зробити міг небагато. Одразу після його обрання у 1708 р. цар відрядив до Скоропадського свого намісника Ізмайлова та два російських полки, давши їм таємні вказівки заарештувати гетьмана зі старшиною, якщо їхні дії викличуть підозру. Приблизно в цей самий час Петро І підтверджує договір 1654 р., проте у найзагальніших рисах. На прохання Скоропадського підтвердити окремі пункти цар відповів різкою відмовою, сказавши, що «українці й так мають більші вольності, ніж будь-який інший народ на землі». Незабаром стала проводитися політика підпорядкування. Резиденцію гетьмана перенесли з Батурина до Глухова, ближче до російського кордону1. Головнокомандуючим козацького війська було поставлено росіянина. На посади управляючих територіями полків призначили чужин-ців і росіян. Уперше росіяни (й насамперед фаворит царя Олексій Меншиков) отримали на Україні великі землеволодіння. Навіть за видавничою справою здійснювався нагляд, щоб «українські книжки бува не суперечили великоруським виданням».
Експлуатація українських ресурсів мала різноманітні форми. Між 1709 та 1722 рр. Україна повинна була утримувати десять російських полків, розміщених на її території. Десятки тисяч українців посилали на північ працювати на будівництві Ладозького каналу та нової царської столиці Санкт-Петербурга, де у надзвичайно суворих умовах багато з них загинули. У 1719 р. українцям заборонили експортувати зерно безпосередньо на Захід. Натомість вони мали довозити його у російські порти Ригу та Архангельськ, де воно продавалося за встановленими урядом цінами. Нарешті, російським купцям створювалися пільгові умови для продажу в Гетьманщині своїх товарів, у той час як українці мусили сплачувати величезне мито за крам, що везли на північ.
Але найбільшим ударом для українців стало те, що у 1722 р. Малоросійська колегія - урядовий орган Москви, що складався з шести російських урядовців, які постійно перебували на Україні,- дістала право ділити з гетьманом владу. Це вже було занадто навіть для терплячого Скоропадського. Він поїхав до Санкт-Петербурга просити царя переглянути цю справу. Петро І відмовив йому, і невдовзі, повернувшись до Глухова, старий гетьман помер.
Павло Полуботок (1722-І724). Після смерті Скоропадського старшина звертається до царя з проханням дозволити їй обрати нового гетьмана. А тим часом наказним гетьманом вони обирають чернігівського полковника Павла Полуботка - людину шановану й тверду. Полуботок негайно вживає енергійних заходів, щоб стати на заваді Малоросійській колегії, повторюючи прохання про вибори нового гетьмана. Роздратований його наполегливістю цар відповідає, що всі гетьмани виявилися зрадниками і виборів не проводитимуть доти, доки не знайдуть вартого довіри кандидата. Але відважний Полуботок не відступався. Якраз коли Петро І вів війну в Ірані, наказний гетьман добився того, що імперський Сенат віддав колегії розпорядження, аби та знайомила гетьмана зі своїми планами й узгоджувала свої дії з українською адміністрацією. Оскільки колегію було створено нібито для розгляду скарг українців на адміністрацію й особливо на корумповану систему судочинства, Полуботок вирішує сам розв'язувати ці справи, а не лишати їх на розсуд росіян. Він реорганізовує суди на засадах колегіальності, забороняє хабарі та призначає інспекторів для нагляду за виконанням його наказів. Щоб зменшити кількість скарг від селян, він тисне на старшину, аби вона пом'якшила визиск своїх підданих.
Ці зміни дуже розгнівили царя. Влітку 1723 р. він викликає до столиці гетьмана та його спільників, вимагаючи пояснити, чому вони заважають роботі колегії. Побачивши нагоду підірвати становище Полуботка, президент колегії Вельямінов переконав кількох українців написати на того донос, а також просити впровадити у Гетьманщині російські порядки. Наказний гетьман посилає на Україну емісара, щоб організувати кампанію петицій, що засвідчила б підтримку українського самоврядування переважною частиною населення. Ще більше розлючений його непокірністю, Петро І ув'язнює Полуботка й усіх, хто підписав петицію. Лише смерть царя у 1725 р. рятує їх від заслання до Сибіру. Більша частина старшини повернулася додому, окрім Полуботка: за кілька місяців до смерті Петра І він помирає в Санкт-Петербурзі у камері Петропавловської фортеці.
Данило Апостол (1727-1734). Із смертю Полуботка