Наступили нові міжусобиці, кровопролиття; між обома гетьманами спалахнула війна. Два роки палала Україна. Маючи підтримку росіян. Многогрішний перемагав, але Переяславський та Лубенський полки тривалий час визнавали своїм гетьманом Дорошенка.

З часу Чорної ради 1663 року складається враження, Що підтримка Запорожжя могла б забезпечити будь-якому гетьманові булаву, як це сталося, зокрема, з кошовим Іваном Брюховецьким. На його шлях став і запорозький писар Петро Суховій, якого частина запорожців проголосила гетьманом. Він запросив орду й разом із козаками восени 1668 року рушив проти Дорошенка під Чигирин, але був ущент розгромлений. Наступної весни Суховій за підтримки Полтавського, Миргородського, Лубенського, Прилуцького й Переяславського полків, а також орд кримського хана Адил-Гірея виступив проти Дорошенка. Орда здобувала Чигирин, а сам пішов на Умань. Тут скликав раду, щоб вона затвердила його гетьманом. Татари облягли Дорошенка в таборі біля села Конончі на березі Росі. Врятували тільки турецькі посли, які з'явилися на Україні, щоб повідомити Дорошенка, що султан затвердив угоду.

Тим часом нараді Уманський, Кальницький та Брацлавський полки обирають гетьманом уманського полковника Михайла Ханенка, прибічника Польщі. Він підписує з королем угоду й 1670 року стає новим гетьманом. Тепер уперта боротьба розгоряється між Дорошенком і Ханенком, за спиною яких стоять й Туреччина, й Польща. Дорошенко розгромив Ханенка біля Стеблева, Четвертинівки та інших місць, захопив і Умань, де визнавали Ханенка, і 1672 року він спричинився до великого турецького нашестя на Польщу. За допомогою Дорошенка турки здобули Кам'янець, оточили Львів і змусили короля Михайла підписати ганебну для нього Бучацьку угоду, за якою довелося полякам платити султанові данину, відступити Поділля та сусідні краї.

Дорошенко здійснив першу половину своєї програми, ставши єдиним гетьманом Правобережної України під заступництвом Туреччини. З 1672 року він налагоджує жваві стосунки з московським урядом щодо возз'єднання двох частин України під булавою одного гетьмана і захистом царя. Російський уряд готовий був підтримати ідею Дорошенка про возз'єднання, але доручає її своєму ставленикові — новообраному гетьманові Лівобережжя Іванові Самойловичу, Самойлович скликає в Переяславі 1674 року раду і там, скориставшись зреченням Михайла Ханенка від уряду, стає гетьманом всієї України. Разом із російськими військами Самойлович вирушає на Правобережжя, щоб викликати до себе симпатію населення і вмовляє поступитися Дорошенка. Одначе Самойлович не мав успіху. Правобережну Україну тоді вважали своєю землею й Туреччина, й Польща, яка не визнавала Бучацького договору й вела із султаном вгину за Україну. Сусіди кілька років спустошували міста Й села, знищували населення, забирали ясир. Українці Правобережжя масово тікали на Лівобережжя, але їх поселяли далеко від Дніпра. Незабаром цей край перетворився на велику руїну, обезлюднів, здичавів. За три-чотири роки багаті й людні колись міста Ладижин, Умань, Брацлав, Черкаси, Корсунь, Канів та інші стали пусткою, і в народній пам'яті збереглися під іменем — «Руїна».

Ця трагічна сторінка нашої історії зламала й Дорошенка. Він побачив єдиний вихід — зректися булави й забути свій план про возз'єднання України. Будучи безсилим перед російським урядом, замкнувся у своїй столиці — Чигирині, неприязно ставлячись до політики Самойловича. Тому Дорошенко бажав віддати свою булаву народові, який його обрав. Перед тим зв'язався із кошовим Сірком, скликав наприкінці 1675 року в Чигирині козацьку раду і на ній поклав відзнаки гетьманської влади перед запорозьким товариством як моральною силою народу. Ці дії гетьмана схвалив російський уряд, однак Іванові Сірку оголосили догану за прийняття зречення Дорошенка та за встручання в чужі справи;

На початку 1676 року Самойлович з великими силами оточив Чигирин. Дорошенко виїхав за місто, поклав булаву і здався.

Колишній гетьман мріяв решту життя провести тихо на рідній землі, не втручатися в політичне життя. Його оселили в Сосниці на Чернігівщині. Але незабаром він був викликаний до Москви, куди відвезли й дружину. Там йому подарували будинок та 1000 карбованців на утримання, а далі — і маєток і 1000 дворів у селі Ярополчому Волоколамського повіту. 1679 року він стає Вятським воєводою, яким був до 1682 року.

Решту свого життя Дорошенко прожив у маєтку, де й помер 1698 року. Ще на початку XIX століття на цвинтарі, біля церкви святої Параскеви, зберігалася надмогильна кам'яна плита з написом: «Лета 7206, ноября 9 день преставився раб Божий, гетьман войска запорожского Петро Дорофеевич Дорошенко, а поживе от рождества своего 71 год и положен бысть на сем месте».

З Дорошенкової родини відомі: його мати, яка стала черницею під іменем Митродори, та два брати: Григорій — Брацлавський полковник, та Андрій — Паволоцький полковник. Гетьман був одружений із дочкою родича Богдана Хмельницького Павла Яненка-Хмельницького, але дітей не мав. Од другого шлюбу в Ярополчому походила дружина Олександра Пушкіна, правнучка гетьмана Наталія Гончарова.