Одразу ж після Брестського собору 1596 р. Петро Сагайдачний зайняв позицію неприйняття унії. Про це свідчить його твір «Пояснення про унію», який, щоправда, не дійшов до нас. Проте зберігся лист, у якому литовський канцлер Лев Сапєга називав цей твір «дуже цінним».

У відповідь на Брестську унію посилилися покозачення українського населення, втечі на Січ. Наприкінці XVI — на початку XVII ст. запорозьке козацтво, зростаючи кількісно, стає могутньою військовою силою.

Подався на Запорожжя й Петро Сагайдачний. На Січі, яку дослідники справедливо називають ще однією українською академією, але вже військовою, де в умовах постійної небезпеки й героїзму гартувалися національні герої, ватажки народних повстань проти польсько-шляхетського панування і феодально-кріпосницького гноблення, керівники походів проти турецько-татарських агресорів, він набув військового досвіду, досконало вивчив козацьку стратегію й тактику, зрештою, сформувався як полководець.

Петро Конашевич Сагайдачний брав найактивнішу участь у походах і досить швидко, завдяки освіченості, державному розуму, сильній вдачі, переконанням здобув високий авторитет. Спочатку його обрали обозним, доручивши відати всією артилерією Січі, згодом він очолює січове товариство — стає кошовим отаманом. Пізніше кілька разів його обирають гетьманом.

З розвитком Запорозької Січі активного, наступального характеру набирає боротьба проти турецько-татарської агресії. Козаки не тільки давали відсіч навалам татарських орд і турецьких військ в Україну, але й самі наприкінці XVI ст. розгорнули наступ на володіння султанської Туреччини та її васала — Кримського ханства, намагаючись перенести військові дії на територію ворога. Перша така спроба була зроблена ще в середині XVI ст., коли Дмитро Вишневецький, спираючись на побудований на Малій Хортиці замок, водив козаків на кримські улуси.

Турецька імперія (Оттоманська Порта), до якої входили завойовані нею країни Європи, Азії та Африки і яку населяло 60 мільйонів чоловік, була в ті часи найбільшою державою. Вона панувала на Чорному морі і Балканах, володіла гирлами Дунаю, Дніпра, Дону, прагнучи використати їх як опорну базу для наступу проти України, Росії, Польщі, Білорусії. Збройні сили Оттоманської Порти належали тоді до числа найсильніших армій світу, мали репутацію «непереможних». Включаючи у свої агресивні плани загарбання України, султанська Туреччина викликала й інспірувала татарські напади.

Вторгнення татарських орд в українські землі супроводилося нещадним розоренням сіл. Але найтяжчим наслідком цих навал було знищення й масове полонення українців. Залишаючи на своєму шляху згарища й трупи, орди, повертаючись до Криму, гнали, як худобу, тисячі бранців, молодих здорових людей, цвіт українського народу; малих дітей і старих людей ординці безжально знищували.

Трагічною була доля хлопчиків-підлітків, які потрапляли в полон, їх здавали до султанського війська, де намагалися витравити всі спогади про рідний дім і Вітчизну, виховати з них фанатичних захисників султанського престолу. Яничарський (піхотний) корпус султанської армії насамперед і поповнювався хлопчиками зі слов'янських країн. За три століття ханські орди й султанські війська знищили й перетворили в невільників мільйони українців. Отже, проти такої супердержави та її васала козаки й розгорнули справжню національно-визвольну війну.

Стратегію цієї війни розробив Сагайдачний. Запорожці влаштовували морські та сухопутні походи на Крим та узбережжя Чорного моря. Основним напрямком козацького наступу на турецькі володіння були береги Анатолії й Малої Азії, хоча козацькі судна («чайки») з'являлися й поблизу берегів Африки. Ставилося завдання: послабити військову силу ворога, знищити його флот, зруйнувати найважливіші порти.

Під час великих походів козаки атакували кілька фортець одночасно, однак основного удару завдавали якомусь найбільшому центру, серед яких були Стамбул, Трапезунд, Синоп, Риза та інші. «Скурювали мушкетним димом столицю турецького султана»,— записав літописець.

Козаки не намагалися на тривалий час оволодіти фортецею чи містом, що було й неможливим, оскільки військові операції вони проводили далеко від своєї бази — Запорозької Січі. Захоплюючи на деякий час турецько-татарські фортеці, козаки знищували їхні гарнізони, здобували великі трофеї. Проте найголовнішим було те, що вони звільняли велику кількість нещасних полонених, що конали в тяжкій турецько-татарській неволі. Саме в цьому полягала гуманна суть козацьких експедицій, які підривали економічну й військову могутність султанської Туреччини. Головною метою походів козаки вважали визволення з турецького й татарського рабства людей, котрі мучилися там.

Петро Сагайдачний розробив і вдосконалив козацьку тактику морського бою, що було значним внеском у розвиток українського військового мистецтва. В морські походи козаки відпливали вночі перед новим місяцем. Скільки чатувало на них перед виходом у море небезпек! Треба було проминути турецькі фортеці Кизи-Кермень, Тавань, Аслам-Кермень (там, де тепер Берислав і Каховка). За переказами, щоб перепинити прохід по Дніпру, турки поставили посеред річки металеву браму, а від Кизи-Керменя до Тавані й далі до Аслам-Керменя протягли залізні ланцюги.

До нас дійшла оповідь про те, як сміливці долали цю перепону. Кілька десятків колод вони зв'язували залізним ланцюгом і сторчма пускали до брами. Стукіт колод, брязкіт ланцюгів створювали враження, нібито рухається козацька флотилія, й турки відкривали вогонь по гаданих козацьких «чайках». А тим часом запорожці, причаївшись в очеретах, очікували, поки вщухне стрілянина, й тоді стрімким кидком проходили лінію фортець. Так само вони долали шлях біля Очакова й Кінбурна — турецьких фортець, що, немов міфічні Сцілла й Харібда, стерегли вихід у Чорне море.

«Чайки» за 36-40 годин досягали Анатолії. У морі козаки завжди першими помічали великі турецькі