Військове міністерство, утворене за часів Гетьманату, почало активну роботу щодо створення українського флоту]. В цей час, як в цілому в Державі, так і у військовому міністерстві, починається активна праця. На початку травня Командувачем флоту Української Держави призначено віце-адмірала О. Покровського, штаб якого тимчасово розміщувався в Одесі. 23 травня на командувача та його штаб було покладено організацію охорони та забезпечення оборони Північно-західного району Чорноморського узбережжя. З метою якісного виконання покладеного завдання було сформовано спеціальну комісію у складі 5-ти адміралів та необхідної кількості провідних спеціалістів військово-морської справи. В цей же час, починаючи з 21 травня 1918 року, з метою налагодження співпраці з німецьким командуванням у Севастополі було призначено представництво на чолі з контр-адміралом М.Остроградським, в обов’язки якого входило вирішення питань щодо військових та допоміжних суден і про знаходження особового складу у місті. Рішучим кроком у порівнянні з попереднім урядом УНР було прийняття Радою Міністрів України постанови, в якій вказувалося, що весь Чорноморський флот у повному складі, а також частини забезпечення переходять виключно до складу збройних сил України.

В другій половині серпня 1918 року до Берліну від’їхав капітан Свірський. Повноваження якого передбачали: ведення переговорів що до передачі кораблів Чорноморського флоту, як військових так і торгівельних, уряду Української держави. До списку кораблів які повинні були перейти під український прапор було внесено: дредноут “Воля” ( б. “Імператор Олександр ІІІ ”), крейсер “Кагул”, 11 міноносців, група підводних човнів, 7 лінійних кораблів (“Пантелеймон“, ”Євстафій” ,”Іван Златоустий”, ” Ростислав” , “ Три святителя” , “ Сіноп ” , “Юрій Побідоносець” ), транспортні та допоміжні судна [23].

Пізніше, у вересні 1918 року, відбувся офіційний візит гетьмана П.Скоропадського до Німеччини та зустріч його з кайзером, на якій обговорювалися питання флоту [24]. Доречно згадати, що під час візиту до Німеччини гетьману П.Скоропадському було організовано екскурсії до портового міста, продемонстровано німецькі військові кораблі, організовано знайомство із суднобудівними заводами. Він, як професійний військовий чудово розумів місце й значення флоту в процесі державотворення. Адже в той час Чорне море залишалося регіоном із багатьма невирішеними питаннями, які набирали особливої гостроти після розпаду Російської імперії.

Завдяки зусиллям контр-адмірала В.Клочковського та всебічній підтримці з боку Військового міністерства та Уряду було вирішено питання щодо повернення кораблів Україні. Разом з тим Військовим міністерством було підготовлено та розглянуто низку законів, у тому числі й про корпус старшин, військово-морську санітарну справу, про військово-морських представників за кордоном; відпрацьовувались штати корпусу морської охорони узбережжя. Затверджено Раду міністрів морських справ, до складу якої повинні були увійти найбільш досвідчені адмірали та старші флотські офіцери. Надзвичайно важливим для існування флоту стало затвердження в бюджеті державних коштів на потреби флоту та Дунайської флотилії [25].

Після повернення німцями більшості кораблів, що базувалися в Севастополі, до складу українських морських сил 11 листопада 1918 року було оголошено наказ гетьмана про затвердження бойового складу флоту, а також про призов на службу офіцерів та матросів, звільнених під час захоплення німцями кораблів [26] Передбачалося для нової комплектації важливих посад організувати призов військовослужбовців з числа резерву флоту, але виключно громадян Української Держави. Цим же наказом були передбачені деякі зміни в структурі вищого керівництва флоту. Контр-адмірала А.Покровського було призначено Міністром військових справ Української Держави, заступниками якого стали: контр-адмірал М.Максимов в Одесі та контр-адмірал Гадд у Києві.

Наказом по морському відомству від 13 грудня 1918 року № 684/47 було встановлено затверджену Радою Міністрів суму для підтримки флоту 23.944.780 карбованців [27].

Трагічно склалася доля кораблів, що вийшли з Севастополя 29 квітня 1918 року під командою контр-адмірала Сабліна. Німецька загроза викликала занепокоєння моряків-чорноморців, особливо тих, що знаходилися під впливом більшовицької ідеї. Користуючись цим, 23 квітня 1918 року російська Рада Народних Комісарів видає наказ залишити Севастополь і перебазуватися до Новоросійська]. Цей наказ ще більше загострив ситуацію на флоті. Сім днів у військових частинах і на кораблях точилися гострі дебати, на яких відстоювалися, нав’язувалися діаметрально протилежні точки зору, одна з яких визначала три позиції: 1)не виконувати наказу Ради Народних Комісарів РРФСР від 23 квітня про передислокацію флоту, а залишитися в Севастополі та прийняти присягу на вірність Україні, - цю позицію відстоювали прихильники українських політичних партій; 2)представники проросійської орієнтації вимагали виконання розпорядження Ради Народних Комісарів та виходу в море у напрямку Новоросійська; 3)найбільш радикальну позицію зайняли ліві комуністи, послідовники ідей Л.Троцького, які вимагали розпочати бойові дії проти Німеччини, не визнаючи брестської домовленості, та продовження війни до повної перемоги.

29 квітня 1918 року, з підняттям жовто-блакитних прапорів на щоглах бойових кораблів, гострі дебати припинилися. Відчувши реальну загрозу втрати контролю над кораблями, як проросійські сили, так і більшовики почали шалену агітацію проти Центральної Ради, висуваючи як головний аргумент наближення німців до Севастополя. Переконуючи команди кораблів в тому, що це призведе до неодмінного затоплення кораблів як військової здобичі, а моряків – у полон. Найкращим аргументом більшовицької агітації стало зайняття позицій німецькою