Шукаючи вихід, представники кораблів флоту 29 квітня прийняли постанову: не коритися новому уряду та не передавати кораблі німцям. Виконуючи рішення зборів, контр-адмірал М.Саблін віддав наказ на бойовий перехід флоту до Новоросійська. Чотирнадцять бойових кораблів залишилися в Севастополі під українськими прапорами, дев’ятнадцять вийшли у відкрите море, взявши курс на Новоросійськ і 1 травня 1918 року стали на новоросійському рейді. Але й після цього ситуація навколо кораблів не втратила своєї гостроти. 

1 травня 1918 року німецькі війська повністю опанували Севастополем, об’явивши всі кораблі тимчасово полоненими. Декілька бойових кораблів та суден забезпечення, в тому числі й есмінець “Зоркій”, було укомплектовано німецькими моряками і використовувалися для потреб німецького командування. Крейсер “Прут”, який до 1915 року входив до Турецької ескадри, носив назву “Меджедіє” та був затоплений під Одесою і після ремонту включений до складу Чорноморського флоту, було повернуто Туреччині].

Доля кораблів флоту, що вийшли із Севастополя, не оминула уваги командувача німецьким контингентом в Україні генерал-фельдмаршала Германа фон Ейхгона. Німцями було висунуто в ультимативній формі низку вимог до Радянської Росії щодо негайного повернення кораблів до Севастополя. Російський уряд змушений був відреагувати на них, адже вихід кораблів із Севастополя був відвертим порушенням умов Брестського договору, під яким стояли підписи в тому числі і радянських представників. Дев’ятого червня радянський уряд сповістив про готовність повернути кораблі Українській державі, хоча виконувати домовленості більшовики не збиралися. На телеграмі, що вийшла 24 травня 1918 року на адресу Новоросійської бази залишилася власноручна помітка, зроблена В.Леніним: “ніяка передача кораблів ворогам революції неможлива”. Категоричні вимоги щодо знищення флоту, в яких відкрито вказувалося на необхідність… потоплення кораблів, повторно надійшли 9 та 13 червня. Незрозуміла метушня з боку більшовицького уряду. Суперечливі вказівки з насторогою сприймалися на кораблях. В Новоросійську, як і на рейді в Севастополі, знову назрівав розкол флоту та неминуче протистояння різних політичних, національних течій та поглядів. Три точки зору знайшли своїх прихильників серед екіпажів кораблі. Перша – виконати розпорядження Совнаркому та потопити флот – прихильниками цієї ідеї залишилися більшовики. Друга – повернутися до Севастополя під владу Української Держави, не підпорядковуючись німцям. Третя – вести боротьбу до переможного кінця, не визнаючи умов Брестського договору – прихильниками якої були ліві комуністи.

16 червня 1918 року, з метою прийняття остаточного рішення, був проведений загальнофлотський референдум, результати якого засвідчили: 450 моряків підтримували позицію Леніна про знищення флоту, 500 проголосували про повернення до Севастополя, 1000 чоловік від прийняття рішення утрималися.

Підкоряючись рішенню більшості, командир ескадри кораблів, капітан 1 рангу О.Тихменєв, 17 червня віддав наказ залишити рейд: в ніч на 18 червня прямувати до Севастополя. Після повернення цих кораблів Чорноморський флот Української Держави складався з шести лінкорів, двох крейсерів, чотирнадцяти есмінців, двох міноносців, а також декількох десятків допоміжних суден. Все це в загальній кількості складало 70 відсотків колишнього імперського флоту.

Кораблі, що залишилися в Новоросійську, а це були лінкори “Свободная Росія”, 7 есмінців, 2 міноносця 18 та 19 червня 1918 року були виведені буксирами в море та повільно пішли на дно, затоплені власними екіпажами].

Поразка країн Четвертого союзу у світовій війні, революція в Австро-Угорщині, а, згодом, в Німеччині, прямим чином впливали на ситуацію в Україні. Вона швидко занурювалась у вир громадянської війни. Соціальні конфлікти, стримувані німецькими та австрійськими багнетами, вибухнули з новою силою. Повстання, підняте Директорією, швидко поширювалося. Відступ німецьких військ та входження в чорноморські порти кораблів Антанти ставило під загрозу існування флоту [32]. Увійшовши до Одеси та Севастополя, війська Антанти виставили варти на українських кораблях, визнавши їх за військову здобич та вивівши з часом частину кораблів на чолі з лінкором “Воля” до Стамбулу. Деякі кораблі було передано до складу Збройних Сил Півдня Росії, які підпорядковувались А. Денікіну].

Незважаючи на вкрай несприятливі умови, уряд Директорії, яка прийшла до влади в Україні, не залишив без належної уваги флот: 25 грудня 1918 року наказом по Морському Відомству було призначено до виконання обов’язків морського міністра старшого лейтенанта М. Білинського, надзвичайно енергійну, вольову людину, який з перших днів приступив до практичної праці. Саме з його ініціативи 25 січня 1919 року урядом Директорії було прийнято “Закон про флот”, в якому було викладено основні положення існування флоту, регламентовано склад флоту, термін служби кораблів різних типів, йшлося про бойову підготовку, комплектування , театри можливих бойових дій флоту. Цей закон передбачав усі галузі організації Українського державного Флоту. На підставі закону Директорія УНР 25 січня 1919 року видала наказ за № 57/28 по Морському відомству про присвоєння кораблям Українського Державного Флоту, які будувалися на той час у Миколаєві назви, лінкору – “Соборна Україна”, чотирьом крейсерам: “Гетьман Богдан Хмельницький”, “Гетьман Петро Дорошенко”, Гатьман “Петро Сагайдачний”, “Тарас Щевченко”]. Чотирнадцять великих ескадренних міноносців отримали назви: “Київ”, “Чигирин”, “Батурин”, “Львів”, “Іван Виговський”, “Іван Сірко”, “Пилип Орлик”, “Кость Гордієнко”,