Безпосереднє керівництво військом здійснювало Військове правління на чолі з наказним отаманом, якого призначав уряд. Військове правління керувало всіма сторонами військового життя: виконанням законів, порядків, добробутом та безпекою осіб, майна тощо. Кожного року Правління надавало звіт про стан війська і станиць наказному отаману і новоросійському та бесарабському генерал-губернатору. Члени Військового правління не змінювались на своїх посадах по декілька років. Так, підполковник П.В. Шкляревський був старшою особою, а осавул М.І. Недзельський асесором - 10 років. Військовому правлінню підпорядковувались військовий шпиталь, військове училище та станичні правління. Станичні правління здійснювали управління на місцях, вони обирались всім населенням станиці. У 1844 році станичні правління відкривались у восьми станицях і хуторах із десяти, але згодом через малочисельність населення станичні правління залишались лише в чотирьох станицях. Для підтвердження законності своєї влади наказному отаману, Військовому правлінню, отаману кожної станиці надавались печатка і насека (булава). Остання була запозичена "зі старовинних козацьких звичаїв, і тепер вводиться як знак, що зобов'язує людей поважати суд і порядок" - зазначалось в примітках до "Положення".

Центр управління військом мав розміщуватися в ст. Волонтирівка. Однак, через те, що в цій станиці не було необхідних помешкань, Військове правління до 1856 року знаходилося в Акермані. Після придбання Миколаївки-Новоросійської воно переїхало до цієї станиці. На початок 60-х років XIX ст. тут знаходились майже всі головні військові установи: шпиталь, головний військовий храм Св. Миколи Чудотворця, поштова станція та військове училище.

Дунайське військо утворювалось, як збройна допомога армії. Більшість козаків вже мали військову підготовку та бойовий досвід. Військо складалося з двох шостисотенних кінних полків (до 1844 р. — п'ятисотенних). Служба тривала 30 років: 25 - польова, 5 - внутрішня (згодом термін служби змінювався. Див. док. групи В, № 9.11). На діючу службу мали притягатися одночасно не більш третини служилих козаків, але в строю весь час знаходилось біля половини.

Полки мали нести внутрішню і кордонну службу на території Бессарабії і Херсонської губернії, тримати залоги в містах Одеса, Ізмаїл, Акерман. Виконували козаки й інші завдання: 1828-30-х роках входили до складу протичумних, протихо-лерних карантинів у Бессарабії, Одесі; 1831 рік - несли охоронну службу в Балтському повіті Подільської губернії через повстання в Польщі; 1833 рік - знаходилося на Волощині через кризу в Туреччині. З 1847 по 1856 роки чотири сотні дунайців входили до складу Окремого Кавказького корпусу. Вони перебували в фортеці Грозній, брали участь у боях на лівому фланзі Кавказької лінії.

В період Кримської війни 1853-1856 років був сформований полк № З, що проіснував до її закінчення. Козаки несли аванпостну службу на Дунаї і вздовж чорноморського узбережжя до Дніпра; входили до складу гарнізонів Ізмаїла, Тульчі; здійснювали наскоки на турецькі позиції на Дунаї в районі островів дельти і на Бабадаг; відзначилась в боях кінноракетна батарея дунайців. Козаки полку № 2 захищали Одесу 10-11 квітня 1854 року від нападу англо-французької ескадри, брали в полон екіпаж англійського фрегата "Тигр". За мужність та героїзм дунайські полки № 1 і 2 були нагороджені штандартами "За хоробрість", а також отримали права та привілеї армії.

У 1856 році у зв'язку з відходом від Росії придунайської частини Бессарабії Дунайське військо було перейменовано в Новоросійське (№ 9.10). З цього часу воно несло кордонну службу на лінії Болград-Татарбунари і далі по Чорноморському узбережжю.

Військова територія являла собою цілинний степ без необхідних угідь і водних ресурсів. Станиці дунайців були розташовані черезсмужне з селами державних селян і колоніями іноземних поселенців і не мали безперервної території. Все це спричиняло для війська цілу низку незручностей в землекористуванні. Крім того, земельного фонду було недостатньо, і козаки користувались значно меншими ділянками, ніж визначалось "Положенням". Козацький пай мав становити    дес., проте, після виділення різного рангу старшинам від 100 до 250 дес. і 7 церквам по 100 дес., козакам лишилося всього біля 10 дес. - "пропорція досить недостатня для хліборобства і сінокосу". Але значна частина козацтва не могла скористатися навіть цією землею через нестачу робочої худоби і реманенту. Посухи, сарана, епідемії та епізоотії, неможливості застосування у злиденних умовах будь-якої агротехніки призводили до хронічних неврожаїв. У 1855 році наказний отаман І.Є. Гангардт писав, що козаки "ледь мають хліб навіть у врожайний рік. Однак, ця бідність перетворєються у справжні злидні, коли трапляються посухи, сарана, пошесті або довге перебування господаря на службі".

Господарство війська, основу якого складало землеробство і тваринництво, мало невисокий рівень розвитку і нерідко не забезпечувало прожиткового мінімуму. Так, в козацьких станицях виробництво зерна було нижчим за норму споживання. Збір зерна складав в середньому 2,1 четверті на особу, без врахування насіння, при мінімальній нормі 2,2 четверті. Для того, щоб не допустити повного розорення козаків у війську були започатковані запасні хлібні магазини, з яких у неврожайні роки можно було брати зерно для засіву та особистого користування. Козаки займались також городництвом, садівництвом, виноробством, бджільництвом.

Розвиток тваринництва в козацьких станицях йшов у руслі загальної тенденції, характерної для Буджака в цілому, але цей процес мав і помітні відміни. В першу чергу, це стосується конярства. В зростанні кількості