травня 1918 p. М.Василенко запрошує до Києва для участі у створенні Української Академії наук В.Вернадського. Він, як і В.Вернадський, був прихильником Академії наук як державної установи, в якій проводилися б дослідження в галузі не тільки суспільних наук, але й природничих і технічних. Будучи членом УНТ, він знав, що більша частина цього товариства поділяє концепцію М.Грушевського, за якою Академія наук повинна бути громадською асоціацією вчених, що в ній розвиватимуться переважно гуманітарні знання, які становлять ядро української культури.
Підбір кандидатів до Комісії для вироблення законопроекту про заснування Української Академії наук у Києві М.Василенко здійснював дуже ретельно. До її складу увійшли професор Харківського університету Д.Багалій, професор Київського політехнічного інституту М.Кашенко, ректор Київського університету Є.Спскторський та професори Б.Кістяківський, Й.Косоногов, О.Сперанський і М.Туган-Барановський, а також Г.Павлуцький і П.Тутковський (представники УНТ), професор Петроградського інституту інженерів шляхів С.Тимошенко, професор Лазаревського інституту східних мов у Москві А.Кримський, професор Донського університету Є.Тимченко (представник УНТ) та завідуючий дослідними полями і Центральною дослідною станцією Всеросійського товариства цукрозаводчиків С.Франкфурт. Було також запрошено М.Грушевського та В.Перетца, але вони не брали участі в роботі Комісії; не відповіли на запрошення і члени Наукового товариства ім. Т.Шевченка у Львові. Головою Комісії було призначено В.Вернадського, секретарем обрали В.Модзалевського.
Перше засідання Комісії відбулося 9 липня 1918 p. у кабінеті М.Василенка в міністерстві народної освіти. На ньому були присутні: М.Василенко, В.Вернадський, Д.Багалій, М.Кащенко, Й.Косоногов, Г.Павлуцький, О.Сперанський, Є.Тимченко, П.Тутковський, В.Модзалевський. Відкриваючи засідання, М.Василенко зазначив, що до цього часу розвиток української науки і процес українського відродження стримувалися багатьма причинами. Тепер виникли сприятливі обставини, й утворення в Києві Української Академії наук бере на себе Українська держава. Таке завдання не здатне вирішити громадське товариство, і тільки участь держави може якнайшвидше і якнайповніше розв'язати його.
Уряд досить швидко вирішував питання, що стосувались Академії наук. Так, 24 липня 1918 p. Комісія порушила питання про асигнування коштів на початкові роботи по створенню Академії, в тому числі утримання Комісії, а 26 липня Рада Міністрів вже ухвалила відповідний законопроект. 28 липня 1918 p. видано закон, за яким на початкові витрати Академії наук виділялися кошти в сумі 200 тис. крб.
Згідно з положенням про Комісію її колові надавалося право засновувати підкомісії. Було створено кілька підкомісій: по організації історико-філологічного відділу, відділу фізико-математичних наук, відділу соціальних наук, підкомісію антропологічну та по придбанню друкарні. Окремо утворили підкомісію на чолі з В.Вернадським, яка займалася питаннями виділення землі для будівництва приміщень УАН, ботанічного та акліматизаційного садів, а також під астрономічну обсерваторію.
23 липня 1918 p. В.Вернадський доповів гетьману П.Скоропадському; що "20 липня 1918 p. прийнято рішення про заснування Національної бібліотеки Української держави. В той же час справа про створення УАН просунулася настільки, що на протязі ближчої неділі станс необхідністю приступити до складання її статуту".
Розробку статуту Комісія доручила Д.Багалію, остаточне редагування проводили А.Кримський, М.Туган-Барановський і В.Вернадський. Окремі питання, які викликали сумнів, виносилися на обговорення Комісії. Так, розглядалися питання про форму відносин Академії з органами верховної влади, про фінансування, затвердження президента-голови Академії, неодмінного секретаря й академіків-іноземців, про почесних членів Академії та членів-кореспондентів тощо.
За період роботи до Комісії надійшло понад 27 записок з науковим об?рунтуванням необхідності створення ряду установ Академії наук, у тому числі записка В.Перетца "Головні риси статуту Української Академії наук", записки про Відділи Академії наук, Національну бібліотеку. 17 вересня 1918 p. Комісія завершила роботу. Вона розробила "Законопроект про заснування Української Академії наук у Києві", просісти статуту і штатів Академії, обрахунку витрат на жовтень-грудень 1918 p., а також проекти положень, штатів і пояснювальні записки щодо ряду інститутів, лабораторій, комісій, музеїв тощо.
Розгляд законопроекту та супровідних матеріалів на засіданні Ради Міністрів було призначено на 19 жовтня 1918 p. При розгляді проекту статуту Академії серйозні зауваження викликало питання щодо кількісного складу академіків. На жаль, запрошені на засідання В.Вернадський, А.Кримський, М.Туган-Барановський, які могли б дати ?рунтовні пояснення з цього приводу, не прийшли. Щодо решти параграфів статуту зауважень не було. Штати і кошторис Академії розглядалися в бюджетній комісії позачергово, були затверджені та разом з протоколом надіслані до Ради Міністрів. "Власне залишилося лише поставити на чергу слухання законопроекту про УАН", – писав М.Василенко. І хоч він пішов 19 жовтня у відставку з поста міністра народної освіти, його наступник П.Стебницький довів справу створення УАН у Києві до успішного завершення. 14 листопада 1918 p. гетьман П.Скоропадський затвердив ухвалений Радою Міністрів "Закон про заснування Української Академії наук в М.Києві", а також статут і штати УАН та її установ.
У статуті було досить чітко визначено статус і завдання УАН:
"§ 1. Українська Академія науку Києві є найвища наукова державна установа на Вкраїні, що перебуває у безпосередньому віданні верховної власті.
§ 2. Українська Академія наук у Києві: а) намагається поширювати, поглиблювати і розповсюджувати наукові дисципліни, а разом і збагачувати їх новими відкриттями на користь людності; 6) пособляє об'єднанню та організуванню наукової праці на Вкраїні та допомагає витворенню дослідничих інститутів для всіх паростей людського знання; в) як найвища вкраїнська наукова національна установа Академія, визнаючи українську національну культуру з її оруддям – українською мовою, ставить собі на мсті, окрім загальнонаукових завдань, виучувати сучасне і минуле Вкраїни, української землі та народу".
14 листопада 1918 p. видано також наказ гетьмана по міністерству народної освіти та мистецтва про призначення перших дійсних