Акти, що дійшли до нас, що стосуються судових козацьких справ, показують, що в запорожців визнавалися - право першої позики (jus primae occupationis), право договору між товаришами, право давнини володінь,- останнє, утім, допускалося тільки в незначних розмірах, і те в містах; воно стосувалося не орних земель і угідь, що були загальним надбанням козаків, а невеликих при будинках городів і садибних місць; визнавався звичай умовляння злочинців відстати від худих справ і жити в доброму поводженні; практикувалися попередні висновки злочинців у військову чи в'язницю пушкарню й упереджений чи суд катування; нарешті, дозволялась порука усього війська і духовних облич за злочинців, особливо якщо ці злочинці виявляли себе раніш з вигідної для війська чи сторони або були потрібні йому.

Ті ж акти і свідчення сучасників дають кілька прикладів цивільного і карного судочинства в запорізьких козаків. Зі злочинів цивільного судочинства найважливішими вважалися справи по неправильній грошовій претензії, несплатному боргу, обопільним сваркам, різного роду шкодам чи потравам, справи по перевищенню визначеної в Січі норми на продаж товарів.

З карних злочинів найбільшим вважалися: зрадництво, убивство козаком товариша; побої, заподіяні козаком козаку у тверезому чи п'яному виді; злодійство чого-небудь козаком у товариша і приховування їм краденої речі: «особливо строгі були за велике злодійство, за яке, коли тільки двома достовірними свідками в тім докажутся, страчують смертю»; зв'язок з жінкою і содомский гріх через звичай, що забороняв шлюб січовим козакам; образа жінці, коли козак «опорочить жінку не по пристойності», тому що подібний злочин «до обесславлення усього війська запорізького простирається»; зухвалість проти начальства, особливо у відношенні чиновних людей російського уряду; насильство в самому чи Запоріжжя в християнських селищах, коли козак віднімав у товариша коня, худобу і майно; дезертирство, тобто самовільна відлучка козака під різними приводами в степ під час походу проти ворога; гайдамацтво, тобто злодійство коней, худоби і майна в мирних поселенців українських, польських і татарських областей і купців, що проїжджали по запорізьких степах, і мандрівників; привід у Січ жінки, не крім матері, чи сестри дочки; пияцтво під час походів на ворога, що завжди вважався в козаків карним злочином і веде за собою найсуворіше покарання.

Покарання і страти визначалися в запорізьких козаків різні, дивлячись по характері злочинів. З покарань практикувалися: приковування ланцюгами чи залізом до дерев'яного стовпа, що стояли серед площі, за злодійство надалі до страти, що стояла злочинцю,; висновок злочинця, окутого ланцюгами, у військову пушкарню; у пушкарню іноді саджали і під «чесну варту» іноземців, як наприклад, татар, запідозрених у злодійстві коней і відводяться в пушкарню надалі до розслідування справи; прив'язування до гармати на площі за образу начальства, за убивство людини, що не належали до запорізькії громаді й особливо за грошовий борг: якщо козак буде повинний козаку і чи не захоче чи не могтиме сплатити йому борг, те винного приковують до гармати на ланцюг, що защіпався замком, і залишають доти, поки чи він сам не заплатить свого боргу, чи хто іншої не доручиться за нього; приковувалися до гармати іноді і не одні злодії, але й убивці, але це робилося у виді тимчасового покарання, до настання суду. Подібний спосіб покарання, але лише за злодійство, існував у татар, з чого можна укласти про запозичення його козаками в мусульманських сусідів. Потім допускалося, хоча і рідко, биття батогом, частіше киями під шибеницею за злодійство і гайдамацтво «будучи самі великі злодії в розміркуванні сторонніх, вони жорстоко карають тих, хто і найменша річ украде у свого товариша». «за великі провини ламали руку і ногу»; було у вживанні розгарбування майна, за самовільне перевищення такси проти встановленої в Січі норми на продаж товарів, їстівних