Бойовою одиницею новоствореного козацького формування став п`ятисотенний піший полк, сформований із здатних до військової служби задунайських козаків. Іменним указом від 4 квітня 1829 року він був названий Дунайським і прикомандировувався до Дунайської флотилії.18 Козацький полк Окремого Запорозького війська брав участь в облозі і взятті Сілістрії. Потім був відряджений корпусним командиром Красовським на територію Задунайської Січі для боротьби з чумою. Після її ліквідації у 1830 році полк повернувся через Сатуновський карантин в межі російської держави і до 24 листопада 1831 року служив при Дунайській флотилії.19

Неслужиле задунайське населення Окремого Запорозького війська після карантинного терміну було передане у відомство головного попечителя колоністів Південного краю генерал-лейтенанта І.М.Інзова і мешкало спочатку в Добруджі, а згодом було переведене на тимчасові військові квартири у Таврійську та Катеринославську губернії. На 1830 рік Окреме Запорозьке військо – Дунайський козацький полк і неслужиле задунайське населення, нараховувало 2336 осіб (1649 душ чоловічої і 687 душ жіночої статі).20

Оскільки військова структура Російської імперії об`єктивно не потребувала нового іррегулярного формування, то Окреме Запорозьке військо протягом п`яти років залишалося без конкретного місця поселення, чітко визначених військових функцій, статусу. Після закінчення російсько-турецької війни 1828 – 1829 років Військове міністерство запропонувало перевести задунайське козацтво в західну частину Кавказького хребта. Однак вкрай напружена обстановка на Кавказі, відсутність вільних, відвойованих в ході військових операцій, земель та той резонанс, який виник внаслідок повернення “невірних” запорожців на батьківщину, не дозволили здійснити цей намір. Задунайське козацтво було залишене на півдні України і Новоросійський та Бесарабський генерал-губернатор з наказу імператора зайнявся пошуком вільних земель для їх поселення.

Тривалий пошук місцевості для поселення задунайців увінчався успіхом у 1831 році. Вихідцям із турецьких володінь було запропоновано оселитися на Бердянській пустоші, що в Олександрівському повіті Катеринославської губернії. Саме сюди на початку 1832 року було переведене Окреме Запорозьке військо і згідно “Положення про оселення запорозьких козаків у Новоросійському краї” було реорганізоване за зразком інших іррегулярних козацьких формувань Російської імперії. З оселенням на узбережжі Азовського моря воно отримало назву – Азовське, і мало керуватися статутами та положеннями вже існуючих козацьких військ. 21

Новостворене військо, як військово-адміністративний елемент держаної системи, не могло вимагати для себе створення окремої специфічної системи управління. Тому воно було приречене мати встановлену в Російській імперії систему підпорядкування вищій державній владі. Перед урядом по відношенню до війська стояло завдання створити таку систему військово-адміністративного управління, яка б без зайвих суперечностей влилася в уже існуючий державний механізм. Однак адміністративно-територіальний устрій Азовського формування мав свої особливості. На початку становлення козацького війська він був підпорядкований земельному питанню. Надані за “Положенням” 1832 року землі для поселення азовців не могли задовольнити потреб всіх козаків у земельних ділянках. У поземельних відносинах Азовське козацьке військо користувалося статутами та положеннями про поземельне довольство Донського козацького війська. В ході розподілу військових земель виявилося, що близько однієї третини азовців через відсутність наявної землі не можуть отримати визначених положеннями наділів землі розміром у 30 десятин. Тільки після змін, внесених до правил в поземельне довольство, коли були зменшені розміри козацьких паїв вдвічі, вдалося наділити всіх азовських козаків ділянками землі. Після вирішення земельного питання в Азовському козацькому війську остаточно встановився і адміністративний устрій.

За встановленою в Російській імперії системою управління Азовське формування безпосередньо підпорядковувалося Новоросійському генерал-губернаторові як в цивільних справах, так і у військових. Через генерал-губернатора козацьке військо підлягало Військовому міністерству. До 1857 року справи Азовського формування розглядав Департамент військових поселень Військового міністерства, а з 1857 року – Управління іррегулярних військ цього ж міністерства. Питання, які не могли бути вирішені Військовим міністерством, передавалися доСенату, а його рішення, апробовані імператором, набували силу закону. Безпосередньо управляла азовцями військова канцелярія на чолі з наказним отаманом. Останній користувався в управлінні правами бригадного командира і призначався урядом. Його рішення щодо справ у війську було вирішальним. В свою чергу військова канцелярія не могла приймати рішення без згоди наказного отамана. При незгоді з рішенням наказного отамана військова канцелярія могла повідомляти про своє розуміння справ Новоросійського генерал-губернатора. Однак до прийняття рішення генерал-губернатором військова канцелярія виконувала накази отамана.

Військова канцелярія, як орган внутрішнього управління військом, відала військовими, цивільними та військово-судовими справами азовців. Цивільні судові справи козацького формування розглядалися Олександрівським повітовим судом на загальних підставах. Обов`язки та напрямки діяльності канцелярії визначили її штат. Вона складалася з голови (наказного отамана), постійного члена штаб-офіцерського чину, 3-х (а з 1852 року 2-х) асесорів обер-офіцерського чину, секретаря, канцелярських службовців. З укомплектуванням штату військової канцелярії формуються і структури, що їй підпорядковуються, – станичні та хутірські управи, медичний персонал, штат військових священиків. До складу військової канцелярії були включені військовий землемір, військовий архітектор та чиновник з особливих доручень. Щоб встановити контроль над Азовським формуванням, до війська були направлені офіцери регулярної армії.22

Військовий устрій Азовського іррегулярного війська визначався за принципом інших козацьких військ Російської імперії. Військова служба азовців поділялася на внутрішню та польову. Польова служба козацьких військ Російської імперії полягала переважно в охороні кордонів держави. Поселення Азовського формування на віддаленій від кордонів і осередків бойових дій території дуже ускладнювало виконання азовцями такого роду служби. Височайшим повелінням від 17 лютого 1837 року була визначена зовнішня служба