Спочатку термін карантину визначав сам київський губернатор, а з середини XVIII століття Медична колегія призначає у Васильківський карантин лікаря, в управлінні якого було все стосовно карантину. У 1751 р. за наказом Сенату купців взагалі перепускають лише через ті карантини, де є лікар. У 1755 році Медична колегія надсилає лікарів і в інші місця, серед іншого і до Нової Сербії. [12; 92-98]. Для проїжджих за кордон та з-за кордону запроваджено спеціальні лікарські атестати, без яких купці не мають права переїздити через митниці.

Через встановлення карантинів виникають непорозуміння між губернаторами та призначеними від Медичної колегії лікарями. Розпорядчиком у цій справі мусив бути губернатор, бо він мав зносини з російськими резидентами при дворах сусідніх урядів, які сповіщали його між іншим і про пошесті в цих країнах, коли вони виникали. До того ж губернатор сам надсилав у небезпечні закордонні місцевості розвідників (часто такі завдання виконували запорожці). Керуючись цими відомостями, губернатор збільшував чи зменшував термін карантину. Слід також додати, що крім встановлених з наказу Медичної колегії й розпорядження губернаторів, траплялися випадки, коли карантини встановлювали і конкретні особи — місцеві урядовці, залякані поширенням епідемії [12; 92-98]. Такий стан речей призводив до зловживань прикордонної адміністрації та лікарів.

Коли ж у 1755 році відкрили митниці, то купці почали їхати на них, щоб не відбувати карантин у Василькові [12; 90].

Тобто, за обставин відсутності належного контролю, Південна Україна залишалася для Російської імперії у середині XVIII століття небезпечним регіоном щодо шляхів розповсюдження епідемій. Ця проблема набувала нового звучання у зв'язку з переорієнтацією зовнішньої політики імперії після здобуття виходу у Балтійське море на вирішення “східного питання”.

Впровадження загальноімперських карантинних заходів боротьби з поширенням інфекційних захворювань на теренах Південної України мало свої особливості, бо повинно було враховувати реалії кордону між Запорозькими Вольностями та Кримським ханством і підлеглими йому ногайськими ордами.

Природно-географічне положення Півдня України зробило її вразливою щодо багатьох захворювань. Найближча до України (як і до Європи взагалі) зона природної очаговості чуми — Малоазійська (Туреччина), а також Прикаспійська (в тому числі і ногайські степи) [13]. Функціонують збудники чуми в популяціях гризунів, а також лис, зайців, верблюдів та ін. Безпосереднє зараження людини відбувається через блох, при полюванні, вживанні в їжу, знятті шкурок та переробці хутра; поширення епідемії серед людей йде через контакти із хворою людиною. Не виключаючи можливості поодиноких випадків природного виникнення чуми на півдні України (переважно у Криму), виділимо два шляхи занесення епідемії на Україну (та далі в Росію) — безпосередньо через контакти з “південними сусідами” (турками, татарами, ногайцями) та з Заходу (переважно через польські землі). В свою чергу, в Польщі чума з'являлася або з Західної Європи (куди її завозили купці з турецьких володінь Азії, Африки), або безпосередньо з прикордоннихїй європейських володінь Османської імперії.

Кліматичні умови також впливають на розвиток епідемії чуми. Чума — хвороба сезонна; щодо означеного регіону, то зазвичай початок епідемії припадає десь на вересень місяць, на початку зими досягає кульмінації, з початком сильних морозів відступає і сходить нанівець наприкінці травня. Такий сценарій не виключає можливого загострення тієї ж інфекції наступного року.

Геополітичне положення Південної України на межі турецько-татарських володінь та на перехресті торговельних шляхів, жваві запорозько-татарські торговельні контакти, піднесення ролі Січі у транзитній торгівлі, аморфність та “прозорість” традиційних запорозько-татарських кордонів, значна мобільність населення підвищували ризик занесення хвороби.

Розповсюдження чуми пов'язано як з природними, так і соціально-економічними факторами. Зрозуміло, що епідемії поширювалися саме в роки війн, недородів та голодоморів, природних катаклізмів. Запорожжя — постійна зона військових конфліктів, завжди було вразливим щодо інфекційних захворювань. Під час російсько-турецької війни 1734 — 1739 років запорозьке військо зазнало значних втрат — загинула половина тих, хто приймав участь у бойових діях, а хто залишився у Січі, померли від чуми. Січове товариство було незадоволене, що Січ залишили напризволяще — кошовий Іван Білецький восени 1738 року пішов у Дніпровський похід у напрямку Бендер без наказу російського командування, побоюючись “поветрія” на Січі [14; 278-279].

Поширення інфекції безпосередньо пов'язано з умовами повсякденного життя людей — густотою поселення, рухливістю населення, здоров'ям людей, загальним рівнем культури, медицини та гігієни. Необхідно підкреслити, що у XVIII столітті не існувало надійних засобів запобігання хвороби. В профілактичних цілях практикувалося окурювання звичайним димом або різними речовинами (сіркою), додавання сірки у будь-які їжу і питво (горілку, борошно і т.і.), приймання всередину рідину дьогтю, миття рук оцтом та натирання тіла сіллю та оцтом, обмивання тіла холодною водою. Відомо, що чумаки, вирушаючи у перекопські степи за сіллю, для запобігання зараження обмазували свій одяг та відкриті частини тіла дьогтем [14; 94]. У разі захворювання ці заходи впроваджували більш інтенсивно, а також використовували спорожнювальне, блювотне, кровопускання, гарячі примочки до бубонів. Жоден з цих засобів не гарантував профілактики та лікування хвороби. Більш ефективними були запобіжні ізоляційні заходи — уникати контактів з хворими і тими, хто міг бути з ними у контакті, розмовляти на відстані, папери переписувати кілька