Етимологія хвороби у XVIII столітті була невідома, тому слово “чума” могло означати й інші хвороби, які супроводжувалися характерними ушкодженнями шкіри. У документах Архіву Коша зустрічаємо різні назви чуми: “чума”, “джума”, “заразна хвороба”, “пошесть”, “пошесна хвороба”, “зараза”, “опасная хвороба”, “поветріє”, “повєтрєнная болезнь”, “моровоє повєтріє”, “моровая язва” та інші. Найімовірніше, мова йде про різні форми саме чуми.

Умови життя в самій Січі не сприяли запобіганню інфекції — житлові приміщення були скупчені, розраховані на велику кількість людей, виникали проблеми з постачанням свіжої води. Наприклад, при плануванні відбудови та переносу Січі (замість згорілої у 1756 році) запорожці пропонували обрати новим місцем для її спорудження Микитин Перевіз, що нижче по Дніпру і ближче до Криму. Однією з основних причин вибору цього місця було краще постачання доброю водою, бо, як доповідав кошовий Григорій Федоров у Сенат у 1758 році, при заснуванні Коша у 1734 році на р.Підпільній та річка була досить повноводною, але потім почала пересихати, а криниць поблизу немає, бо піщані грунти, — тому на Січі користуються водою “в ямах неподвижных зацвелою и со всем смешанною, что крайне терпеть нельзя и от такой нечистоты заразны болезни внутренние на них таможительствующих и проезжающих мало перестают и смерти приключаются безвременные многим”. Також у Січі дуже тісно, що незручно для торгівлі і небезпечно на випадок пожежі та інших лих [15; арк.10]. У планах Коша передбачалося мати у новозбудованій Січі військовий “секвестр” (в'язниця і карантин одночасно) [16; 30].

До того ж широкий загал запорожців не затруднював себе навіть простішими заходами гігієни [17; 204]. На січовому базарі йшла жвава торгівля бувшими у вжитку речами та одягом (“вєтошшю”), запорожці завжди використовували багато речей кримського та турецького походження як нових, так і з пограбованого майна.

Не на належному рівні на Січі була поставлена лікарська справа. До 1760 року не було лікаря-фахівця, а відповідні функції організації протиепідемічних заходів полягали на військового суддю та ієромонаха січової церкви [18; 454].

Велике значення у боротьбі з епідеміями мають вміння властей локалізувати хворобу, зорганізувати ізоляційно-карантинні заходи. Контроль над можливим проникненням епідемічних захворювань з інших країн та місцевостей хоча і практикувався здавна, не здобув довгий час в означеному регіоні завершеної форми у зв'язку з відсутністю усталеного державного контролю над цими територіями.

Відразу ж після повернення запорожців на старі Вольності, влітку 1734 року київський генерал-губернатор Й. фон Вейсбах наказує їм сприяти у відправленні всіх купців, що їдуть з Туреччини і Криму на Васильківський карантин [19; 81-82].

У зв’язку з російсько-турецькою війною 1735 – 1739 років та через можливу пошесть, було введено обмеження для проїзду запорозьких купців і чумаків до Гетьманщини. Однак війна скінчилася, а заборони залишилися. У 1740 році кошовий Хомич скаржився на незручності у торгівлі від цих заходів київському генерал-губернатору М.І.Леонтьєву та переволочанському комендантові Д.С.Опончініну. Безглуздість цих заборон усвідомлювалася і згаданими представниками царської адміністрації, але без волі вищестоячих керівників бюрократичного апарату вони не могли їх відмінити. Від цього страждали як запорозькі, так і іноземні купці [26; 6-7].

Для торговельного водного шляху Стамбул — Очаків — Січ прибуваючі на Січ суда (з Туреччини, Очакова, Криму) вистоювали за версту від Січі двадцятиденний карантин під наглядом російського коменданта Новосіченського ретраншементу (маємо відомості за 1746 р.) [14; 164].

У впровадженні карантинних заходів була зацікавлена і запорозька адміністрація, бо протягом мало не всього існування Нової Січі пошесть чуми та інших заразних хвороб на півдні та південному заході українського порубіжжя то притухали, то знову виникали. Але Кіш не мав можливості самостійно організувати надійну карантинну службу.

Російський уряд довгий час зволікав із вирішенням питання відкриття карантинних будинків на південному прикордонні, бо це було невигідно. У 1755 році розглядалася пропозиція київського генерал-губернатора на запит Медичної колегії відкрити його при Микитиному перевозі через Дніпро. Того ж року відкрити карантинний будинок на запорозьких землях, а саме за Архангельським, біля Маслового байраку пропонував відкупник Васильківського карантину Кацела. Він висунув умови наступного відкупу цього карантину на 10 років та відкриття для проїжджаючих з турецьких земель нового безкоштовного парому (переправи) через Буг вище Гарду, бо коли турецькі та інші купці їдуть через Польщу, то з них стягують велике мито і за таких обставин вони зовсім перестануть їздити на Україну. Ці умови були невигідні урядові і пропозицію Кацела було відхилено. У наступні роки також існували плани відкриття карантину на півдні України, адже проїзжджаючі з-за кордону купці скаржилися Київському генерал-губернаторові І.Ф.Глєбову, що бажають мати прямий шлях на Україну. Зваживши на це, Сенат у 1759 році доручає Глєбову оглянути прикордонні місцевості, де б можна було вигідніше відкрити карантин, але знов питання не було вирішено [12; 90-91, 93].

Відсутність надійної карантинної служби призвела до трагедії. У 1760 році на Запоріжжі лютувала чума. 27 вересня було виявлено перший випадок захворювання на січовому базарі [20; 57]. Також зберігалася можливість заразитися і у Криму (так, наприклад, в чумацькій валці козака Уманського куреня Кузьми Чумака було 6 молодиків. Наприкінці 1760 року вони ходили в Крим за сіллю і заразилися там чумою. Після повернення померли всі [21; 283]).

Під час епідемії імперською адміністрацією було введено карантинний режим на запорозько-татарському кордоні. Припинила роботу комісія по розгляду та задовільненню взаємних запорозько-татарських претензій 1760 року [19;