До того ж йому довелось пережити і особисту трагедію. 1881 року спочатку помирає молодший з трьох синів Подолинський, а потім, з причин епідемічного енцефаліту, що охопив всю південну Францію, помирають старший син вченого та донька народоволки О. Любартович, яка виховувалась в його сім’ї. У С. Подолинського не було грошей навіть на похорон Дітей і він звертається по допомогу до М. Драгоманова, що також був у скрутному становищі, але зміг віднайти необхідні гроші.

Всі ці події справили гнітючий вплив на С. Подолинського, загострились давні хвороби і почалось запалення мозку. У січні 1882 року його відправляють до лікарні для душевнохворих у Монпельє. Пізніше мати перевозить його в Париж і, одночасно, клопочеться перед царем про дозвіл перевезти сина на Батьківщину, мотивуючи це бажання тим, що знайома обстановка зможе позитивно вплинути на психічний стан сина. 1883 року дозвіл було отримано із застереженням про те, що як тільки лікарі визнають С. Подолинського осудним він одразу ж буде притягнутий до відповідальності за антидержавну діяльність. Однак суду царська влада так і не дочекалась. Не одужавши, С. Подолинський помирає 30 червня 1891. Похований вчений у Києві на Аскольдовій могилі поблизу могили свого батька.

Політичні погляди С. Подолинського формувались, У першу чергу під впливом ідей російських революціонерів демократів О. Герцена, М. Чернишевського, М. Добролюбова, поезії Т. Шевченка, пізніше — українофілів, П. Лаврова, К. Маркса, М. Драгоманова. Він формувався в атмосфері революційних настроїв студентської молоді 70-х років XIX ст. та культурницької роботи колишніх членів Кирило-Мефодіївського товариства, діячів національного відродження, що склали київську "Стару громаду".

Почавши свою революційну діяльність в контексті загальноросійського визвольного руху, під впливом М. Драгоманова та українофільських ідей, ознайомившись із здобутками тогочасної західноєвропейської політичної думки С. Подолинський переходить на позиції українофільські позиції. В уже згадуваному листі до В. Смірнова від 4 травня 1875 року він писав: "... українофільство мене перемогло; я все мав до цього схильність, а останнім часом став цілковито запеклим українофілом"

Політична концепція С. Подолинського була, за своєю основою, близька до марксистської і базувалась на особливому трактування політики, як феномену суспільного життя. В. Сокуренко зауважує, що "Політика, в уявленні Подолинського, є сукупність практичної суспільної діяльності, що заторкує зовнішні форми громадського життя і спрямована на зміцнення і розвиток державного (виділення В. Сокуренка — О.С.) ладу в суспільстві. Ця діяльність, на його думку, складає головний суспільний ідеал усякого державного життя"

У майбутньому суспільстві, що базуватиметься на безкласовій соціальній основі, сутність політики повинна кардинально змінитись. У статті "Нарис розвитку Міжнародної організації робітників", опублікованій в першому томі народовольського журналу "Вперед" за 1873. Він наголошував на тому, що в соціалістичному суспільстві відпаде потреба в територіальній організації держави і буде "забезпечена раціональна організація суспільного ладу. Політика буде спрямована на внутрішній зміст громадського життя, її метою стане застосування соціалістичних істин до організації найкращого співжиття""

Таке трактування політики С. Подолинським базувалось на його розумінні сутності держави та її ролі в житті суспільства. Вчений вважав, що найдавнішою формою організації суспільного життя була громада, яку він визначав як групу людей із спільною власністю на землю та інші засоби виробництва та колективним їх використанням. Праця в первісних громадах була спільною, а розподіл — рівним.

В основі історичних форм людського співжиття, на його думку, лежать форми суспільної організації праці. І коли, в наслідок зростання продуктивності праці та вдосконалення знарядь праці, почали впроваджуватись нові форми її організації почалась і деструкція первісних громад, що виконали своє історичне завдання. Однак саме по собі виникнення поділу праці, як вважає С. Подолинський, ще не приводить до виникнення класового суспільства та державної організації суспільного життя. Визначальну роль тут відіграли узурпація влади та зовнішнє завоювання. Описуючи процеси виникнення держави на прикладі розвитку громад в Індії, він писав:"... в індуській громаді, незважаючи на поділ праці, не було хазяїв і робітників, бо кожен був хазяїном своєї частини громадського добра і кожна громада сама задовольняла всі свої потреби. Проте такий порядок протримався доти, доки не виросло в громаді начальство з військових (кштаріїв) та попівства (брахманів) (виділення С. Подолинського — О.С), або доки хліборобські громади не були завойовані чужими людьми, котрі стали в них тим начальством і почали з них брати податки працею або здобутками. Тоді, певно, і тісніший зв’язок хліборобів з ремісниками потроху розійшовся, а більша частина ґрунту перейшла в руки великих панів"

Вчений зовсім не ідеалізує первісне суспільство, зазначаючи, що "Люди спочатку жили невеликими громадами, які надто відрізнялись одна від одної, котрі раз у раз ворогували і бились між собою". В сутичках між первісними громадами переможені раз у раз попадали в залежність від переможців, які почали використовувати їх працю для власного збагачення.

На зміну первісним громадам приходить держава. При цьому С. Подолинський вважає виникнення держави явищем історично прогресивним в розвитку людства. Однак перевагами державної організації змогла скористатись незначна частина людства — простому народу вона приносить злидні та різноманітні форми гніту. Розвиток держави, на думку вченого, відбувався на основі посилення панування одного класу над іншим та поглиблення майнової нерівності між членами суспільства. Держава розвивалась, в