Поступово хвиля національно-демократичного піднесення наштовхнулася на опір можновладців. Згодом прихильники демократичних перетворень зрозуміли, що потрібно створювати партію, яка виступатиме на політичній арені і матиме намір здобути владу, щоб мати змогу реалізовувати свої наміри. НРУ розробив програму невідкладних заходів для здійснення системних реформ у державі, серед головних напрямків яких були: земельна реформа, розвиток малого та середнього підприємництва, нова податкова та бюджетна політика.

Та вже на ІІІ зборах НРУ в лютому-березні 1992 року проявилися суперечності, зумовлені різним баченням шляхів подальшого розвитку Руху. І. Драч висловлювався за "цілковиту відповідальність... за долю України", яку має взяти на себе Народний рух. Йому заперечив В. Чорновіл: "Щодо Президента, то ми підтримуємо ті його кроки, які служать розбудові державності, і опонуємо тим, які ту розбудову гальмують".

Іван Драч, Дмитро Павличко, Лариса Скорик, Володимир Яворівський, Юрій Костенко, Василь Червоній та деякі інші рухівці виступили за те, щоб провести перереєстрацію членів Руху, а через три місяці розпочати другий етап зборів, на яких слід прийняти зміни до програми та статуту й обрати керівні органи Руху. З огляду на ці розбіжності узгоджувальна комісія прийняла паліативне рішення, що Рух мають очолити троє співголів – Драч, Горинь і Чорновіл. Невдовзі Іван Драч вийшов із НРУ. На запитання, чому він полишив лави Руху, поет відповів у жовтні 1996 року так: "Свого часу я обстоював думку про те, що Рух має залишатися громадсько-політичною організацією, а не переростати в іще одну партійну структуру. Я схилявся до думки, щоби допомагати Президентові (Л. Кравчуку), активно співпрацювати з ним. Але прибічники Чорновола пішли іншим шляхом, опозиційним. І про жодну співпрацю вже не могла йти мова".

Повноваження із себе склав і Михайло Горинь, якого було обрано головою Української республіканської партії. Було оголошено і про розпад коаліції навколо Руху. УРП та ДемПУ проголосили себе послідовними прихильниками Президента України Л. Кравчука, а НРУ заявив про свою опозиційність.

На IV зборах НРУ в грудні 1992 року головою було обрано В’ячеслава Чорновола, а його заступниками – Олександра Лавріновича та Михайла Бойчишина (доля М. Бойчишина, який 15 січня 1994 року вийшов із приміщення секретаріату і безслідно зник, і досі залишається невідомою; його зникнення пов’язують з тією організаційною та фінансовою роботою, якою він опікувався в Русі). До складу ЦП було обрано С. Головатого та В. Івасюка. Свої повноваження склав М. Поровський. Тоді ж із НРУ виділився Всенародний рух України на чолі з Ларисою Скорик (нині вона є співголовою Всеукраїнської партії міжнаціонального порозуміння "Новий світ" і йде на вибори в блоці з Українською партією). Водночас на цьому зібранні було зроблено суттєвий крок до перетворення НРУ на партію. Після прийняття закону "Про об’єднання громадян" НРУ було зареєстровано як партію, що нараховувала 51 тисячу членів.

16 жовтня 1993 року відбулися установчі збори молодіжної організації НРУ "Молодий рух", яку очолив В’ячеслав Кириленко.

У 1993 році почалася підготовка до парламентських і позачергових президентських виборів. У грудні 1993 року першим етапом V Всеукраїнських зборів НРУ було ухвалено платформу партії на виборах до ВР, другий етап у квітні 1994 року підбив підсумки кампанії.

Проте НРУ утримався від участі у президентських виборах 1994 року. Натомість Рух ставив завдання посилити роботу в виборчій кампанії до місцевих органів влади, провести консультації з політичними та громадськими організаціями щодо можливості висування спільних кандидатур до місцевих рад та узгодження кандидатур претендентів на пости голів місцевих владних структур. Тоді НРУ тримала "в руках" 3 обласних адміністрації.

Другий етап V Всеукраїнських зборів НРУ першим заступником голови НРУ обрав О. Лавриновича. До складу Центрального проводу ввійшли 32 партійці, серед них – В. Чорновіл, М. Бойчишин, О. Бондаренко, Б. Бойко, Л. Бірюк, І. Заєць, Р. Карташов, Ю. Костенко, Ю. Ключковський, П. Качур, В. Кириленко, О. Лавринович, О. Майборода, Г. Манчуленко, С. Одарич, Л.Танюк, В. Цимбалюк, В. Черняк, І. Шовковий, І. Шулик, І. Шутов.

У жовтні 1997 року відбулися VІІ збори НРУ. Оновився склад ЦП, до якого ввійшло багато відомих політиків, зокрема В. Чорновіл, Б. Бойко, О. Бондаренко, І. Заєць, О. Лавринович, В. Черняк, В. Коваль, В. Дончик, Р. Зварич, В. Кириленко, М. Косів, Ю. Костенко, Л. Танюк, Я. Федорин, В. Червоній, В. Альошин, Л. Бірюк, І. Бойчук, Р. Василишин, Л. Григорович, О. Гудима, І. Драч, Ю. Ключковський, Б. Кожин, Б. Костинюк, Г. Манчуленко, П. Мовчан, А. Пашко, Л. Пілунський, В. Піпаш, О. Слободян, О. Ткаленко, Г. Філіпчук, В. Цимбалюк, Д. Чобіт, В. Шевченко, О. Шевченко та ін.

НРУ досить вдало провів виборчу парламентську кампанію 1998 року, хоча В. Чорновіл висловлювався доволі стримано щодо досягнутого результату. Адже з 224 кандидатів, зареєстрованих ЦВК (219 на день виборів) у списку Руху, 211 були членами партії. За НРУ проголосували 9,402% виборців, що було другим результатом після КПУ. За списками було здобуто 32 мандати. а ще 14 – по мажоритарних округах (загалом в одномандатних округах висувалися 183 члени НРУ). Відтак парламентська фракція НРУ нараховувала 48 депутатів.

Перед виборами ЦП НРУ звернувся до партій демократичного спрямування з пропозицією відмовитися від висунення своїх кандидатів за партійними списками і підтримати на виборах Рух. Голова НРУ В’ячеслав Чорновіл обгрунтував цю пропозицію тим, що, за підсумками соціологічних опитувань, в Україні було лише п’ять партій (а серед них і НРУ), які могли подолати 4-відсотковий бар’єр,