У ніч на 17 лютого 1999 року відбулося засідання фракції НРУ у ВР України за відсутності В. Чорновола, і наступного дня з трибуни ВР фракція оповістила про висловлення недовіри своєму голові В. Чорноволу та покладення його обов’язків на Ю. Костенка. Рішення про це підтримали 30 із 48 членів фракції: В. Альошин, В. Асадчев, Б. Бойко, І. Бойчук, О. Гудима, Я. Джоджик, І. Драч, Є. Жовтяк, І. Заєць, Р. Зварич, О. Іщенко, В. Кириленко, Б. Кожин, Ю. Костенко, О. Кулик, О. Лавринович, Г. Манчуленко, П. Мовчан, Д. Павличко, І. Полюхович, Є. Сігал, О. Слободян, І. Тарасюк, Я. Федорин, Г. Філіпчук, В. Червоній, В. Черняк, Д. Чобіт, В. Шевченко, І. Юхновський. Апарат секретаріату НРУ був перепідпорядкований Богданові Бойку.

Своє членство у фракції НРУ, яку очолював голова партії, підтвердили 17 народних депутатів. Голова секретаріату Богдан Бойко консолідувався з тими 29 членами ЦП, які висловили недовіру лідерові партії.

Події березня 1999 року в НРУ розвивалися дуже стрімко, по пресі прокочувалися буквально лавини взаємних звинувачень. Суть претензій до В.Чорновола полягала в незадоволенні стилем його керівництва, який, на думку більшості членів НРУ, був авторитарним, та характером відносин з іншими партіями національно-демократичного спрямування, що його вважали недостатньо активним. "Нерозуміння" в багатьох викликала і кандидатура Геннадія Удовенка, яка навряд чи могла стати консолідуючим фактором як для самого НРУ, так і для націонал-демократів загалом. Відчувалася гостра потреба в новому лідері, який не побоїться вийти зі стану "конструктивної опозиції" і спробує привести НРУ до влади. Такого лідера вбачали в Юрієві Костенку, котрого грудневі збори 1998 року так і не висунули претендентом у кандидати. Проте сам він був не проти стати біля керма НРУ і не віднікувався, коли його особу пропонували висунути кандидатом на пост Президента держави. Делегати грудневих зборів розглядали кандидатури Г. Удовенка і В. Чорновола, проте останній зняв свою.

Відтак "внутрішні опозиціонери" скликали свій X (позачерговий) з’їзд 28 лютого, а прихильники В. Чорновола (представники 13 крайових організацій) призначили свій на 6 березня. Координаційна рада Молодого руху підтримала рішення ЦП про висловлення недовіри В. Чорноволу і про скликання з’їзду партії 28 лютого.

В. Чорновіл охарактеризував спробу розколу як "верх політичного цинізму", оскільки за короткий строк неможливо висунути делегатів на з’їзд у визначеному статутом порядку. Крім того, він не підписав рішення "так званого Центрального проводу", оскільки вважав їх неправомочними. А відтак їх виконання він розцінював як позастатутні дії.

Ю.Костенко, котрого з’їзд обрав головою НРУ, в своєму виступі зазначив, що ситуація в Русі відображає не конфлікт груп чи персоналій, а стратегічні помилки в політиці партії, які призвели до того, що Рух перетворився на "партію обслуговування інтересів влади". "Президентські вибори покажуть провал політики В’ячеслава Чорновола", – заявив він, однак підтвердив, що НРУ підтримуватиме рухівського претендента в кандидати на пост Президента України Геннадія Удовенка ("Інтерфакс-Україна", 12 березня 1999 р.). Мінюст визнав, що проведення X з’їзду до проведення другого етапу ІX не відповідає здоровому глузду, як і юридичним нормам.

На другому етапі ІX з’їзду "консервативні" рухівці не стали виключати прихильників Ю. Костенка з партії. В. Чорновіл був переконаний у тім, що до травневого (X) з’їзду НРУ багато хто з них усвідомить свою помилку, тож таким чином вдасться запобігти розколу партії. Проте не так сталося, як гадалося. Загибель В. Чорновола 25 березня 1999 року стала приводом для створення "костенківцями" нової партії.

14 травня 1999 року в Києві відбулися Х Всеукраїнські збори НРУ. 346-ма голосами "за" з-поміж 368 присутніх на ньому делегатів головою партії було обрано Г. Удовенка, його ж таки висунули й претендентом у кандидати в Президенти від НРУ, а на додаток затвердили зміни до статуту. Заступниками Г. Удовенка обрали О. Бондаренко, Ю. Ключковського, В. Коваля, М. Косіва, Л. Танюка; до складу Політради замість М. Кульчинського ввійшла голова Союзу українок А. Пашко. Було прийнято рішення вважати народних депутатів В. Альошина, В. Асадчева, І. Драча, Є. Жовтяка, І. Зайця, Р. Зварича, О. Іщенка, В. Кириленка, Б. Кожина, Ю. Костенка, О. Лавриновича, П. Мовчана, І. Полюховича, Є. Сігала, О. Слободяна, І. Тарасюка, Я. Федорина, Г. Філіпчука, В. Червонія, В. Черняка, В. Шевченка та І. Юхновського такими, що вибули з НРУ та рухівської фракції у ВР. З 1998 року ведеться облік за партійними квитками: на травень 1998 року в лавах НРУ налічувалося близько 25 тис. членів, на травень 1999-го – близько 21 тисячі. З’їзд вніс зміни до статуту партії, якими передбачалося скорочення складу Центрального проводу, створення замість Президії Політради і формування виконавчого органу замість секретаріату.

Установчий з’їзд Українського народного руху (Юрія Костенка) пройшов аж 18 грудня 1999 року. Остаточному відмежуванню УНР від НРУ передувало немало подій, які відображали непевність взаємин, що складались упродовж року між двома гілками Руху.

Цілий рік діяльність "костенківців" супроводжувалася не цілком коректними вчинками. 7 квітня Ю. Костенко звернувся до Київського облсуду з позовом до Міністерства юстиції України про утиск своїх конституційних прав, проте облсуд (а невдовзі і Верховний Суд України) відмовив у задоволенні позову та відновив дію змін і доповнень до статуту НРУ, яку було припинено з моменту подання позову. Крім того, крило Ю. Костенка висунуло претензії на стару назву – Народний рух України, в чому їм також було відмовлено. Образа "костенківців"