Між повстанським "батьком" і головою РВР Республіки було багато протиріч. Махно, мов магнітом, притягував бійців різних армій. Він був своєрідним антиподом Троцькому, для якого репресії були головним елементом військового будівництва, формою виховання особового складу. Інколи "батько" власноручно, при народі, розстрілював бійців за мародерство, насилля тощо, але у його армії панували певна свобода, вседозволеність, можливість одержати за ризик життям відповідну винагороду у вигляді трофеїв.

Найбільш об'єктивну оцінку причин розгрому махновських військ на Південному фронті дав член Ради робітничо-селянської оборони УСРР А. С. Бубнов. На засіданні ВУЦВК 21 червня 1919 року він заявив: "Генерал Денікін прекрасно організував свою армію, а ще краще поставив розвідку. Йому був добре відомий стан бригади "батька" Махна, що фактично і призвело до катастрофи. Тому, створивши в районі дій цієї бригади ударний кулак, він завдав удару саме по цій бригаді, деморалізувавши її, і змусив бігти, зайшов у тил нашим частинам на цій ділянці фронту".

Навіть у надзвичайно скрутний для себе час Махно не збирався остаточно сходити з арени політичної боротьби. Він ще сподівався у вирі громадянської війни піднятися на вершину слави й популярності, повести за собою селянські маси, які, як і раніше, вважатимуть його своїм батьком. У зв'язку з цим Махно склав два документи, в яких прагнув виправдати свої дії, підкреслюючи, що головною метою його життя є революційна боротьба.

10 червня він направив телеграму на шість адрес — до штабу 14-ї армії К. Є. Ворошилову, голові реввійськради Л. Д. Троцькому, голові Раднаркому УСРР X. Г. Раковському, В. І. Леніну, Л. Б. Каменеву, Г. О. Зінов'єву, — у якій пояснював, чому саме він пішов з Червоної Армії. На його думку радянська влада діє ворожо по відношенню до народу і т.п.

Махно розпочав відкриту боротьбу проти радянської влади, нападаючи на червоноармійські частини, що відходили під натиском денікінців. Тим самим він допомагав білогвардійцям успішно розвивати наступ. Виступив Махно відкрито й проти свого колишнього командира та покровителя П. Ю. Дибенка, направивши йому телеграму з вимогою залишити Нікополь. Після деяких вагань Махно видав наказ наступати на Єлисаветград. Серед бійців миттєво поширилася чутка, нібито "батько" робить це для визволення з тюрьми махновців, насправді ж він розраховував після захоплення міста пограбувати мешканців. Спочатку все відбувалося згідно з планом "батька", але згодом, скориставшись тим, що махновці припинили бойові дії, зайнявшись мародерством, червоноармійські загони завдали їм нищівного удару. Махно намагався пояснити поразку тим, що його загін прийняли за григор'євців. "Розпитавши у селян про всі підходи до міста, — писав згодом він,— ми на світанку повели на нього наступ. Швидко й легко зайняли першу половину міста без поранень і втрат з нашого боку. Коли ж почали вступати у другу половину міста, то одразу ж відчули рішучий протест і мужність тих, хто виступав проти нас. З одного боку по нас била відступаюча піхота, з другого — з горищ, вікон і підвалів будинків по нас стріляли жителі міста й кричали один одному: "Не здавайтесь — наступають банди Григор'єва, вони нас усіх переб'ють". Як тільки мені доповіли про це, я одразу ж наказав відтягнути частини".

Кочуючи по багатьох селах, Махно зупинився у Компаніївці, де від місцевих селян дізнався, що у Сасівці перебуває Григор'єв. "Батько" одразу ж послав до нього делегацію на чолі з Фомою Кожиним. Через дві години біля хати, де розмістився "батько", зупинився автомобіль, з якого вийшли Григор'єв, його начштабу Бондар та ще два штабісти. Махно першим підійшов до отамана і простяг йому руку. "Це був міцний, присадкуватий чоловік, який говорив у ніс, брутальний, самовпевнений, з негарним тупим обличчям, який вічно лаяв "жида" Троцького", — згадував Махно. Майже добу вони радилися наодинці. Григор'єв заявляв, що битиме комуністів та петлюрівців, а денікінців, проти яких збирається воювати Махно, поки що не знає.

Зібравши командирів, Махно поставив на обговорення питання про об'єднання з Григор'євим. Цю думку підтримали четверо. За те, щоб Григор'єва негайно розстріляти і не об'єднуватися, проголосували сім командирів. Тоді слово взяв Махно, який заявив, що розстріляти отамана можна будь-якої миті, головне ж — приєднати загін, а для цього необхідно добре придивитися до григор'євців. Після роз'яснення "батька" за його пропозицію проголосували 9 командирів і лише 2 утрималися.

Командуючим об'єднаними силами було призначено Григор'єва, головою реввійськради — Махна, начальником штабу — його брата Григорія. Фактично ж керівниками махновсько-григор'євських військ стали брати Махно, оскільки командуючий підпорядковувався реввійськраді.

Майже місяць Махно та його найближчі сподвижники придивлялися до Григор'єва. "Проте ми, — писав "батько", — зовсім не довіряли один одному, як і з мого, так і з його боку працювала контррозвідка". Рядові бійці постійно скаржилися Махнові на те, що отаман захищає інтереси поміщиків й ображає бідних. Поповзли чутки, нібито Григор'єв ніколи не вступає у бій зі шкуровцями, посилаючись на слабкість свого загону.

Опівдні 30 червня до Махна прибула група бійців з найближчої застави й привела двох затриманих у селянському одязі. Незнайомці попросили дозволу поговорити з "батьком" наодинці. Обережний і завжди підозрілий Махно наказав обшукатии їх. Упевнившись, що зброї немає, Махно велів охороні вийти. Товплячись у передпокої, махновці, затамувавши подих, прислухалися й підглядали у замкову щілину, тримаючи напоготові