Щорічно в академії навчалося близько тисячі учнів як з України, так і з Біло-русії, Молдови, Сербії, Чорногорії, Болгарії, Греції та інших країн. Вчилося багато росіян, зокрема Михайло Ломоно-сов. У 1698 р. цар Петро наказав патріархові: "Священни-ки у нас ставятся, грамоти мало умеют ... й для того в обучение хотя бьі послать 10 человек в Киев в школы".
У той час, коли в Московії західної науки і культури зав-жди боялися і втікали від них, в Україні ніколи нічого подіб-ного не спостерігалося і західний вплив широкою рікою ко-тився до нас. Про те, що в Києво-Могилянській академії утверджувалась атмосфера вільнодумства, свідчить хоча б викладання в ній філософії. Кожен професор філософії по-винен був виробити собі свій оригінальний курс, до цього навіть зобов'язував статут академії. Оригінальні курси філосо-фії залишили після себе професори Христофор Чарнуцький, Платон Малиновський, Амвросій Дубневич, Стефан Кали-новський, Йосип Туробайський, Мануйло Козачинський.
Києво-Могилянська академія була не лише освітнім, а й науковим центром. Професори, як свідчать нотатка лекцій Йосипа Горбацького в 1639-1640 рр. та Інокентія Пзеля в 1645—1647 рр. не обмежувались лише викладом кон-цепцій, загальноприйнятих у тогочасній європейській науці, а ще самостійно розробляли проблеми логіки, пси-хології та інших наук.
Пам'ятками православної полемічної літератури стали "Палінодія" Захарія Копистенського і польськомовний трак-тат "Літос", який вважають твором Петра Могили. Обидва твори засвідчують ерудицію авторів, їхню обізнаність як з богословською думкою Сходу і Заходу, так і з тогочасною слов'янською та західноєвропейською літературою.
Та основна заслуга цього навчального закладу полягала в тому, що українці вже в XVII ст. мали свою вищу школу, яка здобула визнання у всьому слов'янському світі, демон-струвала зв'язок української культури із західноєвропейсь-кою, сприйняла ідеї гуманізму, Реформації і Просвітницт-ва, стала віддзеркаленням демократизму українського сус-пільства та здійснила величезний вклад у справу формування української еліти.
Проте спочатку, до відкриття в Україні вищої школи, рівень вітчизняної науки представляли вихованці монастирсь-ких шкіл, що часто продовжували свої студії в Празькому, Лейпцігському, Болонському, Падуанському та Краківсько-му університетах. До найбільш знаних належить, наприклад, поет-гуманіст Павло Русин із Кросна (бл. 1470—1517 рр.). Також чималий вплив на розвиток тогочасної гуманістичної думки справив художник Максим Грек, його ревним учнем був князь Андрій Курбський, діяльність якого на Волині сприяла значному культурно-освітньому по-жвавленню. Протягом 60—80-х років XVI ст. А. Курбський був оборонцем православ'я перед наступом католицизму і полонізації. Його перу належать переклади творів Івана Зла-тоуста, Івана Дамаскина та інших авторів. А. Курбський ли-стувався з князем Острозьким, Чарторийською, А. Бокієм.
Першою видатною постаттю в українській медичній на-уці після Євпраксії був Юрій Дрогобич (бл. 1450—1494). Справжнє прізвище Котермак, народився в м. Дрогобичі біля Львова. Закінчив Краківський університет і одержав звання магістра. Продовжив навчання в Болонському уні-верситеті, став професором медицини і філософії, відомим астрономом і згодом ректором цього університету. В 1483 р. в Римі була надрукована його праця "Прогностичне судження". В 1488р. Ю.Дрогобич повернувся до Кракова і очолив кафедру медицини в місцевому університеті.
Вірогідно, Ю.Дрогобич був не єдиним українським вченим-медиком у XV-XVI ст. В архівах Краківського універ-ситету згадуються студенти з різних населених пунктів України. Професором медицини в Краківському універси-теті в середині XVI ст. був Йосип Струсь, який написав зна-мениту працю про пульс.
Українцями, на думку дослідників, були професори пер-шої в Україні медичної школи, заснованої в Замості у 1593 р., Симон Бирковський, Іоан Ірсин. Велику роль у підготовці медиків України в XVII ст. відігравала Києво-Могилянська академія. Вона не була медичною, а загальноосвітньою шко-лою, та завдяки високому науковому рівню давала дуже добру підготовку для подальшого студіювання медицини в загальноєвропейських університетах.
За далеко неповними даними колишніми учнями Києво-Могилянської академії були близько 740 українських лі-карів, її закінчили такі видатні українські вчені-медики, як Нестор Амбодик-Максимович, Степан Андрієвський, Да-нило Веланський-Кавунник, Денис Волчанецький, Михай-ло Гамалія та ін.
Після закінчення академії сотні молодих українців ішли для продовження навчання до відомих університетів Захі-дної Європи: Лондона, Парижа, Лейдена, Галля, Кіля, Падуї, Лейпціга, Единбурга, Кракова та ін. Бідніші або менш здібні учні академії йшли до госпітальних шкіл, медико-хірургічних шкіл Польщі, а пізніше — Московщини.