викрили і стратили. Однак невдовзі група старшин, котрі підтримували Лободу, по-зрадницькому схопила Наливайка і Шаулу і видала їх ворогам. Захопивши табір, поляки влаштували жорстоку розправу. Тільки невеликій частині козаків на чолі з підполковником Кремінським вдалося прорватися на Січ. Наливайка після десяти місяців допитів четвертували у Варшаві. М. Бєльський писав про нього: "Був він людиною прекрасної зовнішності і неабияких здібностей, до того ж знаменитий артилерист". Ім'я Наливайка стало символом мужності й сміливості. Народного героя України прославили поет-декабрист К. Рилєєв у поемі "Наливайко" і Т. Шевченко в поемах "Тарасова ніч" і "Гайдамаки". Після придушення повстання Наливайка в Україні посилилося феодально-кріпосницьке гноблення. Жолкевський, Вишневецькі, Потоцькі, Калиновські одержали тут нові земельні володіння. Розпочався період кріпосницько-шляхетської реакції.
На початку XVI ст. Річ Посполита майже постійно перебувала у стані воєн із сусідами і їй знову довелося звертатися до козаків по військову допомогу. Так, у 1601 р. двотисячний загін українців брав участь у складній для Польщі Лівонській кампанії, а в 1605 і 1609 р. запорожці брали участь у польській інтервенції в Москву. Проте водночас шляхта не хотіла розширювати автономію чи збільшувати реєстр козаків.
У 1616 р. гетьманом Запорозької Січі було обрано Петра Сагайдачного. Він, незаможний шляхтич з міста Самбора, що на Галичині, вчився в Острозькій академії, після чого пішов у Січ, брав участь у кількох походах, найвідоміший з яких — похід на Кафу в 1616 р. Він вважав, що козаки ще поступаються силою Речі Посполитій, і тому основою його політики стало примирення з Польщею. П. Сагайдачний очолював великі загони козаків, які допомагали полякам у нескінченних війнах з Москвою і Оттоманською імперією. У 1619 р. він погодився скоротити реєстр до 3 тис, закріпив несанкціоновані морські походи і визнав право короля затверджувати козацьких старшин. Важлива заслуга П. Сагайдачного полягає в тому, що він об'єднав військову силу козаків з політично слабкою церковною і культурною верхівкою України. У 1620 р. П. Сагайдачний разом з усім Запорозьким Кошем вступив до Київського братства, тобто запорожці стали підтримкою й захисниками релігії та культури України. Того ж року він разом з православними священиками запросив до Києва єрусалимського патріарха Феофана для освячення нових православних ієрархів. Поляки погрожували схопити патріарха Феофана як шпигуна, тому П. Сагайдачний разом з трьома тисячами козаків супроводжував його до турецького кордону. Відносини між Польщею і козаками ставали дедалі напруженішими. Проте загроза турецької агресії після поразки шляхетського війська на Цецорських полях у 1620 р. змусила короля знову звернутися до українського гетьмана по допомогу. Участь козаків у боях проти військ султана Османа II забезпечила успішне завершення в 1621 р. Хотинської війни. Смертельно пораненого в одній із битв П. Сагайдачного відвезли до Києва. У 1622 р. П. Сагайдачний помер.
Після смерті П. Сагайдачного конфлікти знову стали основою польсько-українських відносин. Наступниками П. Сагайдачного були Оліфер Голуб і Михайло Дорошенко. У цю пору до України повернулося 40-тисячне козацьке військо, яке брало участь у битві під Хотином. Ніхто з козаків не хотів знову ставати кріпаком, серед них зростало невдоволення. Щоб утихомирити непокірних, у 1625 р. в Україну було направлено восьмитисячне військо Конєцпольського, якого польський уряд призначив гетьманом. Назустріч йому із Запорозької Січі виступило шеститисячне військо на чолі з Марком Жмайлом. Після кількох невдалих боїв з поляками запорожці знов обрали гетьманом Дорошенка і пішли на переговори, унаслідок яких реєстр було збільшено до 6 тис, але більшість рядових козаків мали повернутися до своїх панів. М. Дорошенко поділив реєстрових козаків на п'ять полків і місцем їх перебування визначив Київ, Канів, Корсунь, Білу Церкву, Переяслав і Черкаси. Загальне управління здійснював гетьман зі своєю канцелярією. Його обирали козаки, а затверджував король. На відміну від реєстрових козаків Запорозька Січ хоча формально й підпорядковувалася гетьману, але фактично зберігала автономію.
У 1629 р. гетьманом було обрано Григорія Чорного, з пропольською орієнтацією. Проте його намагання догодити шляхті викликало ненависть у козаків. У 1630 р. вони викрали його, відвезли на Січ, учинили суд і стратили.
Новим гетьманом було обрано Тараса Федоровича (Трясила), який організував і повів проти шляхти велике військо. Польське військо знов очолив Конєцпольський. Після кількох битв у Переяславі було підписано угоду, згідно з якою реєстр збільшився до 8 тис, усім козакам, які брали участь у повстанні, було оголошено амністію.
У 1635 р. Річ Посполита для контролю за козаками побудувала на Дніпрі, на північ від Січі, фортецю Кодак. Та за кілька місяців до завершення будівництва загін козаків на чолі з гетьманом Іваном Сулимою зруйнував фортецю і знищив її гарнізон. І. Сулима довгий час гетьманував, брав участь у багатьох походах, але жодного разу не був поранений. Він навіть отримав від Папи Римського золоту медаль за те, що захопив турецьку галеру, взяв у полон 300 турків, яких подарував Папі. Але незважаючи на це польська шляхта добилася його страти.
У 1637 р. почалося нове повстання, яке очолив запорозький гетьман Павло Бут (Павлюк). До нього приєдналися великі групи селян. Проте у грудні 1637 р. під Кумейками поблизу Чигирина 15-тисячна польська армія завдала їм рішучого удару. Павлюка схопили і стратили у Варшаві. Микола Потоцький вогнем і мечем пройшов Київщиною, Переяславщиною і скрізь залишив гарнізони. Втім, ця поразка 10-ти-сячної армії повстанців не стала завершенням повстання. У 1638 р. повстання на