При гетьманському уряді було засноване Міністерство ісповідань, першим міністром якого призначено професора В. Зіньківського, прихильника автокефалії Української Церкви. Але в своїй діяльності він зустрів опозицію збоку єпископату і значної частини населення. Патріарх Московський Тихон дав інструкцію обрати митрополита до Церковного Собору на Епархіальному З'їзді. Не зважаючи на протест В. Зіньківського, обрано на митрополита архиспископа Антонія Храповицького, хоч його кандидатура не набрала належної кількості голосів. Рада Міністрів вислала патріархові Тихонові протест проти обрання митрополита поза Церковним Собором, але патріарх санкціонував вибір Антонія. В особі митрополита Антонія Українська Церква дістала запеклого ворога. В. Зіньківський оголосив Церковному Соборові, що зібрався в червні 1918 р., непохитну волю Гетьмана – «встановити автокефалію Української Церкви». На останній сесії Собору, 12 листопада 1918 року, міністр віроісповідань, А. Лотоцький, оголосив декларацію, в якій сказано: «У самостійній державі має бути і самостійна Церква... автокефалія Української Церкви - це не лише церковна, але й національна наша необхідність. В імені уряду Української Держави маю за честь оголосити його тверду і непохитну думку, що Українська Церква має бути автокефальною». Таким чином гетьманський уряд поклав початок автокефалії Української Церкви.

Велике ускладнення в будівництво гетьманської держави вносив брак українського війська. Спадщина, яку дістав гетьманський уряд від Центральної Ради, була дуже невелика. Після повернення українського уряду до Києва, Запорізький загін, під командою генерала К. Прісовського, який обороняв Київ від більшовиків, був переформований на Запорізьку дивізію. Генерала К. Прісовського усунуто від командування і на командира дивізії призначено генерала О. Натієва. З того часу дивізія називалася його іменем. До дивізії входили: 3 піших полки, 1 гарматний, 1 кінний, 1 інженерський і панцерний дивізіони. Загальне число вояків було 5.000. Згодом дивізію переформовано на корпус. Крім корпусу генерала О. Натісва були: полк Січових Стрільців під командою полковника Є. Коновальця та зформована в Австрії з полонених дивізія Синьожупанників, яка була розташована в Києві та Чернігові. Після масової демобілізації армії Центральна Рада почала формувати українське військо. Напередодні перевороту 29 квітня 1918 року німці роззброїли Синьожупанників та Січових Стрільців. Гетьманський уряд прийняв проект Центральної Ради про формування 8-ми корпусів та 4 кінних дивізій і почав його реалізувати. Для підготовки освічених старшин засновано спеціальні військові школи. Мобілізація мала розпочатися в жовтні 1918 року; мали зібрати з цілої України в жовтні 1918 року 85.000 вояків, а на 1 березня 1919 року – 79.000. Ще в липні 1918 року була сформована Гвардійська Сердюцька дивізія з 5.000 вояків. Укомплектовано її хлопцями від 18 до 25 років з родин хліборобів, статечних господарів, переважно з Полтавщини. Взагалі до справи мобілізації гетьманський уряд підходив обережно: були серйозні підстави побоюватися, що загальна мобілізація відповідного віку молоді може принести до армії збільшевичені елементи. Тому уряд наказав відкласти комплектування військових частин до часу, поки дійдуть певного віку молодші хлопці, ще не отруєнні більшевизмом. З другого боку гальмували справу німці, які запевняли Гетьмана, що для захисту України досить німецьких та австрійських військ. Тому мобілізацію відкладено з жовтня на листопад 1918 року.

З літа 1918 року Гетьман дав наказ військовому міністрові, О. Рогозі вжити заходів для поновлення організації козацтва, як окремого стану населення, так і великого кадру армії. Козацтво, як стан, існувало в Чернігівській та Полтавській губерніях до революції 1917 року, коли його зрівняно з усім населенням. Козацтво в XIX та на початку XX ст. користалося деякими пільгами і відзначалося від іншого населення більшим збереженням старих традицій, національною свідомістю й вищим добробутом. Козаки жили переважно на хуторах, хоч були й козацькі села, або частина якогось села належала козакам, а інша – селянам. 16-го жовтня 1918 р. Гетьман окремим універсалом відновив козацтво, спочатку в цих двох губерніях та на Слобожанщині. До козаків належали нащадки козаків, але могли вступати до того стану й некозаки. Козаки кожної губернії складали кіш з кошовим отаманом, який підлягав Гетьманові. У кожному коші було кілька полків, на чолі козацтва стояла Велика Козацька Рада, головою якої був сам Гетьман. Поновленням козацтва Гетьман хотів досягти дві мети: створити заможну, середньо-земельну, з сильними історичними традиціями верству, а з другого боку – мати надійне, незіпсуте більшовицькою пропаґандою військо. Крім того, поновлюючи козацтво, Гетьман сподівався втягти в орбіту Української Держави інші козацькі землі: Кубань, Донеччину і т. д. Лонгін Цегельський писав, що це був «великий, глибоко продуманий план державного мужа високої міри». Здійснити цей план гетьманський уряд не встиг. Восени розпочато формування Особливого Корпусу, переважно з російських старшин, які залишилися в Україні і не хотіли служити в більшовицькій Росії. Уряд вирішив використати їх антибільшовицькі наставлення та військовий досвід. Цей корпус не входив до української армії і підлягав безпосередньо Гетьманові. Розташований він був на українсько-російському прикордонні, між Путивлем та Сумами, в тих місцевостях, де не було української армії. У цілому, звичайно, не рахуючи наступних мобілізацій та Особливого Корпусу, військові сили України були мізерні. Окреме місце серед збройних сил належало Чорноморському флоту. Гетьманському урядові вдалося, після довгих переговорів, здобути згоду німецького уряду на передачу Україні військових