У нових умовах була проведена реорганізація командування УПА і змінена тактика дій у нових умовах. Насамперед вирішено було об'єднати посади провідника ОУН і головного командира УПА.

27 січня 1944 р. Д. Клячківський передав свої повноваження Р. Шухевичу («Тарас Чупринка»), а сам залишився командувачем УПА-Північ (після загибелі Клячківського 12 лютого 1945 р. цю посаду зайняв майор І.Литвинчук («Дубовий»). Командування УПА почало переговори з німецько-фашистськими військами про припинення конфронтації. Представник УПА Іван Гриніх («Герасимовський») зустрівся 5 березня 1944 р. у Тернополі з представником командування охоронної поліції та СД кримінал-комісаром Паппе, а 28 березня — з оберштурмбанфюрером СС Вітіском. Під час переговорів мова йшла про можливості українсько-німецького співробітництва в спільній боротьбі проти Червоної Армії, забезпеченні УПА німецькою зброєю, обміні інформацією, що становила інтерес для обох сторін, звільненні німцями українських повстанців, що потрапила в полон.

Улітку 1944 р. особовий склад УПА значно поповнився за рахунок розгромленої радянськими військами в бою під Бродами української дивізії «Галичина». Наприкінці 1944 p. P.Шухевич відмовився від тактики широкомасштабних бойових операцій. Виросла роль зв'язкових, що підтримували зв'язок між командуванням і тактичними одиницями, а також між окремими сотнями. УПА однозначно визнала себе загальноукраїнською армією, що з липня 1944 р. формально підкорилася Українській головній визвольній раді. Основною тактичною одиницею УПА став не курінь, а сотня, що давало можливість діяти більш мобільно й ефективно. Служба безпеки УПА почала боротьбу з прихильниками радянської влади.

З 1945 р. основний тягар боротьби УПА припав на УГГА Захід, а бойові дії перенеслися з Волині й Полісся в Галичину і на Буковину, де діяла Буковинська українська самооборонна армія. Більшість політичних і збройних акцій УПА було спрямовано проти дій радянських органів.

На початку 1946 р. з кетою ліквідації УПА в західні області України були перекинеш частини Червоної Армії, прикордонних і внутрішніх військ з танками, артилерією і літаками. Під час бойових дій, що продовжувалися близько 6 місяців, відбулося більше 1,5 тис. боїв і сутичок. Утрати були великими з обох боків: за націоналістичними джерелами, УПА втратила 5 тис. бійців, радянські війська — близько 15 тис. (загальні втрати УПА за роки боротьби — 20 тис. чоловік; військовослужбовців Червоної Армії, органів держбезпеки й внутрішніх військ — 22 тис. чоловік). Масований наступ радянських регулярних частин і каральних загонів змушував підрозділи УПА постійно змінювати місця дислокації і щоразу застосовувати іншу тактику ведення боїв. Унаслідок утрат під час кровопролитних боїв із супротивником, поранень і хвороб особовий склад армії в 1946 р. скоротився на 40%, що призвело до зниження ефективності бойових дій. Проблематичним став зв'язок між командуванням й окремими частинами. В УПА потрапляли і випадкові люди, що підривали авторитет партизанської армії. Радянські каральні органи своїм завданням вважали не тільки ліквідацію УПА, але й залякування населення. Зокрема, проводилися широкомасштабні акції депортації населення, масово фальсифікувалися кримінальні справи, спалювалися й вирубувалися лісові масиви, прилюдно демонструвалися тіла убитих повстанців тощо. Одночасно радянський уряд оголосив амністію тим партизанам, що добровільно складуть зброю і припинять боротьбу. Урядові звернення до учасників повстанського руху з'являлися 7 разів (останній раз у грудні 1949 p.). Але тільки амністія 1945 р. мала реальний вплив на УПА. У цей період з лісів вийшли, за деякими даними, близько 41 тис. повстанців. В умовах, що створилися, командування УПА прийняло рішення про частковий вивід своїх підрозділів з України в Німеччину й Австрію. Восени 1945 р. і навесні 1946 р. з цією метою було проведено два великі рейди територією Словаччини. У 1947 р. окремі групи повстанців здійснили рейди в ЧССР і Румунію. У1946 р. припинила діяльність УПА-Північ, а влітку 1947 р. — групи «Буг» і «Лисоня». У 1948—1949 pp. активно діяла тільки група «Говерла» (у районі Дрогобича) і окремі сотні на Гуцульщині. Однак наприкінці 1949 р. і вони були змушені припинити опір.

31 січня 1949 р. у Львові загинув шеф Головного військового штабу полковник О. Гасин («Лицар»), 14 квітня 1949 р. — командир УПА-Схід полковник В. Сидор. Після загибелі 5 березня 1950 р. у бою під Львовом головнокомандувача УПА генерала-хорунжого Р. Шухевича УПА як єдина військова формація припинила свое існування.

Протягом 1944—1948 pp. окремі частини УПА діяли на українських землях в складі Польщі. Після закінчення Другої світової війни командування УПА уклало угоду (18.05.1946р.) з Армією Крайовою, а згодом з повстанською структурою «Воля і Незалежність» про встановлення демаркаційної лінії і взаємне співробітництво. Навесні 1947р. у бою із загоном УПА під командуванням С. Хріна загинув заступник міністра оборони Польщі генерал К. Свєрчевський, що стало приводом для розгортання акції депортації українського населення з етнічних українських земель (операція «Вісла»). У новостворені на колишніх німецьких землях воєводства (Вроцлавське, Гданське, Ольштинське, Щецинське, Познанське) силоміць переселили близько 150тис. українців. Масові репресії польського комуністичного уряду викликали рішучу протидію УПА. Для боротьби з частинами УПА польське командування направило 20-тисячну армію під командуванням генерала С. Моссора. 20 вересня 1947 р. у бою з підрозділами польських урядових військ загинув провідник ОУН на польських землях Я. Старух. Після тривалих боїв з переважаючими силами супротивника командування УПА вирішило вивести 16 бойових сотень з території Польщі. 29 червня 1947 р. три сотні прорвалися на територію Дрогобицької області, а сотня під командуванням М.Дуди («Громенка») пробилася через територію Чехословаччини в Західну Німеччину. Інші загони УПА