Надзвичайно докучало Запоріжжя Польській державі. Адже масові втечі селян позбавляли феодалів робочих рук, а козацькі походи на Крим і Стамбул ускладнювали стосунки Польщі з Туреччиною. Тому, проводячи політику „поділяй і володарюй”, польський уряд брав до себе на службу заможну частину козаків, забезпечивши їм привілеї. І вже їхніми руками він придушував свавілля запорожців, спрямовуючи їх на основне завдання – охороняти південні кордони держави.

У 1572 р. за наказом польського короля Сигізмунда ІІ Августа формується загін із 300 козаків, які вносилися у спеціальний список – реєстр. Реєстровим козакам була встановлена виплата з польської казни, вони не підпорядковувалися місцевій владі, а лише призначеному урядом „старшому”; козацька старшина отримала знаки влади – клейноди (булаву, бунчук, корогву, печатку).

Центром реєстрового козацтва стало м. Трахтемирів. Запорізька Січ також формально підпорядковувалася реєстровому козацтву, але Речі Посполитій так і не вдалося взяти її під свій контроль. У 1578 р. реєстр становив 500 козаків, а у 1590 – вже тисячу. Але наприкінці XVI – на початку XVII ст. реєстрове козацтво разом з запорожцями все частіше виступало не тільки проти турецько-татарських агресорів, а й проти польсько-шляхетського феодального гніту, підтримуючи селянство.

Навіть будучи перехідною формою від професійної общини до повноцінної держави, Запорізька Січ, проте, відіграла найвизначнішу роль у процесі українського державного будівництва, її існування ознаменувало собою наступний після Галицько-Волинського князівства етап поступового формування української етнічної держави.

Колоніальна політика Польщі, посилення кріпацтва, покатоличення викликали активний протест українського населення і зумовили хвилю потужних повстань, які мали антифеодальний та національно-визвольний характер.

Поступово їхні виступи проти польських панів набували дедалі більш організованих форм. У 1591 р. починається повстання реєстрових козаків під керівництвом К. Косинського. Приводом прислужилася, як це часто бувало, особиста образа Косинського на князя Острозького, який відібрав у нього маєток. Проте незабаром повстання, підтримане місцевими селянами, охопило Київщину, Брацлавщину, Поділля і Волинь.

У лютому 1593 р. князь Острозький розбив військо Косинського на р. П’ятці. Козаки уклали угоду, згідно з якою Косинський позбавився гетьманства, козаки втратили право нападати на сусідні країни, а селяни-втікачі повернулися до своїх поміщиків. Але Косинський з вірними козаками втік на Січ і звідти у травні 1593 р. почав наступ на Черкаси. Там він зазнав поразки від черкаського і канівського старости Є. Вишневецького і загинув. Його військо відступило на Запоріжжя.

У 1594–1596 рр. розгорнулося нове повстання під проводом С. Наливайка, який, до речі, був сотником у князя Острозького і брав участь у придушенні повстання Косинського. Але після битви на р. П’ятці він кинув службу й організував загін нереєстрових козаків для походів на татар. Захопивши багато здобичі, Наливайко послав гінців на Січ із закликом розгорнути антипольську боротьбу. Запорізькі козаки, очолювані Г. Лободою, виступили на підтримку, і вже до початку І596 р. повстання охопило Київщину, Брацлавщину, Волинь, Поділля. Не останню роль у такому стрімкому успіхові відіграло те, що основні польські сили у цей час перебували у Молдавії, де підтримували польського ставленика на молдавський трон. Але, побачивши реальну загрозу з боку козаків, польський уряд вирішив направити проти них коронне військо.

У березні 1596 р. повстанці С. Наливайка об’єдналися з загонами Г. Лободи та полковника М. Шаули і в урочищі Гострий Камінь біля Трипілля дали бій полякам, після якого, забравши свої сім’ї, змушені були відступити за Дніпро і рухатись на схід. Біля м. Лубни в урочищі Солониця вони стали табором, очікуючи допомоги запорожців, але були оточені. Складне становище козаків погіршувалося загостренням суперечностей серед старшини. Лободу вбили за підозрою в зраді, а Наливайка і Шаулу видали полякам. Опір було зламано. Наливайка і його соратників повезли до Варшави і у квітні 1597 р. стратили.

Селянсько-козацькі повстання кінця XVI ст. зазнали поразки через внутрішню неорганізованість і відсутність єдності. Але вони ж наочно продемонстрували вплив нового соціального явища – козацтва, особливо у спілці з селянством, дрібною шляхтою та міщанами.

Після поразки постань кінця XVI ст. протягом тридцяти років не було великих народних виступів. Значною мірою це пояснюється тим, що Польща, вступивши на початку XVII ст. у період активної зовнішньополітичної діяльності, постійно відчувала потребу у військовій силі козаків і тому змушена була „загравати“ з ними, змінити репресії на привілеї.

З другого боку на початку XVII ст. і серед козаків домінувала поміркована течія щодо Речі Посполитої, найяскравішим виразником якої був гетьман Петро Сагайдачний.

Конашевич-Сагайдачний Петро Кононович (?-1622 рр.) – політичний діяч, гетьман реєстрового козацтва. народився в с. Кульчинці поблизу Самбора (нині Львівська обл.) в українській православній шляхетській родині. Освіту здобув в Острозькій академії. У 1601 р. прибув на Запорозьку Січ, де був обраний гетьманом українського козацтва. На чолі з ним козаки здійснили кілька успішних походів проти турків і Кримського ханства (1607, 1608, 1614, 1615, 1616). Особливу славу здобув походом на Кафу (Феодосію) у 1616 р., захопивши її і визволивши з неволі багато полонених. Намагаючись зміцнити становище козацтва, певний час проводив компромісну політику щодо польського уряду. У 1618 р. навіть взяв участь у поході військ польського королевича Владислава на Москву. І водночас у 1620 р. послав до царя спеціальне посольство з проханням прийняти українських козаків на російську службу. У гетьманській діяльності керувався прагматизмом і тверезим розрахунком. Відомий як