Мазепа добився від царя проведення розслідування. Був присланий стольник Лутовінов. Але командуючий царськими військами Шереметєв так усе повернув, що козаки ще й залишилися винними.

Особливо багато скарг надійшло на німецького найманця, царського довіреного, авантюриста Паткуля. Німці з його численного загону оточили в Познані козацький, загін, відняли у козаків коней, старшин заарештували. Козаки мусили йти пішки до Кракова, де їх побили шведи й поляки короля Лєщинського. В результаті в Україну із 1700 козаків повернулося тільки 80. Іншого разу Паткуль силою захопив коней, які були зібрані в Миргородському полку для перевезення козацької військової армати, табірного оснащення, а також хворих, і продав їх у Франкфурті.

Незважаючи на протести, скарги та обурення, свавілля й злочини царських посіпак в Україні тривали. Особисто для Мазепи дошкульною була моральна зневага, яку він майже постійно відчував як гетьман. Цар нібито ставився до нього з великою довірою, жалував почестями. У 1700 р. Мазепа першим після Головкіна одержав найвищий орден — святого Андрія. Петро І добився для Мазепи титулу князя Священної імперії. Водночас цар не дозволяв українському гетьманові набути політичної та військової самостійності. Коли розпочалися воєнні операції, Петро І поставив Мазепу, немов звичайного генерала, а не гетьмана, під руку свого улюбленця князя Менши-кова, неука й хабарника, який прагнув дістати Україну у своє володіння.

Проте над усім цим стояло головне. Цар Петро І проводив в Україні колоніальну політику. Уніфікуючи всі частини своєї імперії, він почав ліквідовувати особливий лад України, нищити усталені форми її управління, обмежувати старшинське самоврядування й гетьманську владу, маючи на меті їхнє остаточне скасування. У віддаленіші плани Петра І входило також і знищення збройних сил України, які він поки що використовував у своїх війнах. У 1705 р. спеціальним указом Петро І перевів козацьке військо в безпосередню компетенцію царського командування, запровадив контроль за витратами на утримання козацького війська, частково реквізував його артилерію. Цар мав намір обернути козаків на солдатів, завести в Україні рекрутчину. Як на першу спробу в 1705 р. за царським наказом два козацькі полки були відправлені до Пруссії на вишкіл, щоб зробити з них регулярні драгунські полки.

Взагалі, Україна для Петра І була своєрідною розмінною монетою в його зовнішньо-політичних комбінаціях, козирною картою у військово-дипломатичній грі. Ціною розшматування України цар прагнув заручитися підтримкою Польщі (якій віддав Правобережжя) для спільної боротьби зі шведами. Зробивши з Гетьманщини князівство, цар мав намір віддати його англійському герцогу Мальборо, через якого сподівався втягнути у свої плани Англію, щоб вона сприяла успішним переговорам зі шведським королем Карлом XII.

Якщо раніше Мазепа, може, й сподівався, що своєю службою царю він зуміє скористатися й витягнути Україну з руїни, зміцнивши гетьманську владу, й посприяти цим розквіту науки та культури, підйому престижу Української держави в європейському світі, її шляху до майбутньої незалежності, то згодом він почав усвідомлювати нездійсненність цих прагнень. Імперська політика Петра І, яка з перших років XVIII ст. набула особливої агресивності, спрямовувалася на те, щоб зробити з України звичайнісіньку російську провінцію, а також знищити головного носія менталітету українського народу — козацтво. П'яту частину його цар мав намір зарахувати в царські регулярні полки й розчинити в солдатській масі своєї імперії, решту ж перевести в селянство й закріпачити.

Треба було рятувати Україну, виривати її із лещат деспота й поневолювача. Розмірковуючи над долею України, Мазепа замислювався й над власною долею. Вона була під загрозою. Можна було використати європейську політичну обстановку, яка склалася несприятливо для завойовницьких планів царя. Шведський король Карл XII переміг Данію, що разом з польським королем Августом II, який водночас був і саксонським курфюрстом, першою розпочала Північну війну в 1700 р. Данія окупувала Шлезвіг-Голштинію. Август зі своїм військом узяв у облогу Ригу. Карл XII висадився з військом у Копенгагені й примусив датського короля укласти мир і вийти з антишведської коаліції.

Цар Петро оголосив Швеції війну 19 серпня 1700 р. і обложив 40-тисячною армією фортецю Нарву на південному березі Фінської затоки. 20 листопада шведський король на чолі восьмитисячного війська несподіваним рішучим наступом розгромив царську армію. Всі генерали і офіцери Петра І, серед яких переважали іноземці, здалися в полон. Царська армія втратила увесь обоз, артилерію, військовий скарб.

За велінням царя 12-тисячний козацький корпус під командуванням полковника Обідовського вирушив під Нарву, але встиг дійти тільки до Пскова, коли все було скінчено. Кілька тисяч козаків, хоч вони й не воювали, загинули від голоду і холоду або повернулися в Україну скаліченими.

У 1702 р. Карл XII у Лівонії подолав і третього свого ворога — польського короля Августа, прибічника царя, а, розбивши його армію, переніс військові дії в Литву. Однак Петро І, незважаючи на нищівний розгром його війська під Нарвою й поразки союзників, із непохитною рішучістю й енергією намагався продовжувати війну. Новим договором цар зміцнив свій союз з польським королем Августом. Петро готовий був іти назустріч вимогам Августа про зречення тих прав, які він іще мав на частину Правобережної України. Це викликало протести Мазепи, який різко висловився перед царем проти всяких поступок полякам коштом України.

Нового, ще нищівнішого, розгрому військовим силам польського короля завдав Карл XII у 1702 р. Шведські війська захопили Варшаву і Краків. Багато польських магнатів перейшло на бік познанського воєводи Станіслава Лєщинського, котрий претендував