Немає сумнівів, що Мазепа був щирим. У нього не було своїх дітей, тому він не міг мати династичних намірів. Був літньою людиною й розумів, що, мабуть, недовго йому залишилося царювати. Багатства він і так мав величезні. Хтось із його сучасників висловився, що Іван Мазепа був одним із найбагатших людей Європи. Хоча над гетьманством і нависнув дамоклів меч, але Петро І мав до Мазепи безмежну довіру й дуже цінував його таланти. Гетьман був кавалером найвищої царської відзнаки. Тож якби йшлося тільки про боротьбу за владу, то Мазепа не був нею обділений. Між іншим, у доносі Кочубея царю на Мазепу передавалися його слова, звернені до полковників у Києві: «Коли нині є між вами бодай один, який може врятувати Батьківщину, я передав би йому її в опіку».

Наприкінці 1707 — на початку 1708 років склалася гостра колізія, яка могла мати фатальні наслідки для задуманого Мазепою великого плану. На схилі свого віку гетьман палко закохався в дочку генерального судді Василя Кочубея — Мотрю, котра відповіла йому не менш палкою взаємністю. Мазепа мав намір одружитися з нею, однак батьки дівчини рішуче спротивилися, тим більше, що Мотря була хрещеницею гетьмана, а церква забороняла шлюби хрещеного батька з хрещеницею. Подружжя Кочубеїв мучило й катувало свою доньку. Вона покинула рідну хату і втекла до Мазепи, проте він, оберігаючи репутацію дівчини й з огляду на скандал та осуд козацької старшини, відіслав Мотрю до її батьків.

Василь Кочубей затаїв люту ненависть до Мазепи, однак призвідцем усієї інтриги була жінка генерального судді. Тричі Кочубей разом із полтавським полковником Іскрою посилав царю доноси на гетьмана, звинувачуючи його в зраді. Але Мазепа, дізнавшися про змову проти нього, випередив листа Кочубея та Іскри й просив царя провести слідство для перевірки їхніх звинувачень. Цар, який нехтував зливою доносів на Мазепу, що йшли протягом двох десятиліть, і цього разу двічі висловив гетьману своє довір'я.

Мазепа вислав великий козацький загін, щоб захопити Кочубея з Іскрою, але вони встигли перетнути кордони України й сховалися серед царського війська. До них прийшов лист від царя, де він закликав їх до Москви. Цар лицемірно писав, що хоче їх вислухати й порадитись, як перешкодити планам Мазепи. 18 квітня Кочубей із Іскрою приїхали до генеральної царської ставки у Вітебську. Цю справу цар доручив Головкіну і Шафірову. Їх, як і інше високе оточення царя, Мазепа неодноразово наділяв дорогоцінними дарунками, повторюючи «Москва гроші любить».

Головкін і Шафіров дуже чемно прийняли донощиків, запевняючи в прихильності царя до них і заохочуючи, щоб розповіли все, що їм відомо. Кочубей передав документ із 26 статтями, в яких ним викладались факти, що свідчили, на його думку, про зв'язки Мазепи з Станіславом Лєщинським і Карлом XII. Стверджувалось, що гетьман зраджує царя й, навіть, готував замах на нього.

Слідство з цієї справи царські судді почали тим, що піддали на тортури саме обвинуватців. Іскру, Кочубея та інших осіб і слуг, що були з ними, били страшним батогом, якого не знали в Україні. Кочубей та Іскра зразу ж відмовились від своїх доносів. 30 квітня їх як обвинувачених вислали до Смоленська. Головкін і Шафіров у справозданні до царя висловили своє рішення про смертну кару. Однак Петро І вимагав нових катувань. Вимучених козацьких старшин привезли до Вітебська 28 травня й знову піддали новим жорстоким знущанням. Стіни кімнати, де відбувалися нещадні катування, були вкриті кров'ю. В'язнів скували й відіслали через Дніпро до головної квартири Мазепи, що розмістилась у Борщагівці поблизу Білої Церкви. Невблаганний гетьман присудив їх до страти. Присуд виконали перед фронтом війська у присутності величезної юрби. Під сокирою ката впали голови генерального судді та полтавського полковника.

А тим часом старшина посилила свій тиск на Мазепу. Однак тільки Орлик знав про зв'язки гетьмана зі шведським королем. Одного дня до гетьмана прийшли генеральний обозний Ломиковський і полковники — Апостол, Горленко і Зеленський, які склали текст присяги. Мазепа вніс деякі поправки. Спочатку полковники присягнули на хресті, а потім і гетьман, який зобов'язався за відповідних обставин з'єднатися з Карлом XII проти московського царя, щоб забезпечити Україні самостійність.

Між тим таємні, через посередників, переговори українського гетьмана та шведського короля закінчилися укладенням договору, котрий ліг в основу українсько-шведського союзу 1708 р. Про цю подію, крім короля та гетьмана, було відомо тільки генеральному писарю Орлику та прем'єр-міністру Карла XII графу Піперу. Оригінал договору загинув десь під Полтавою. Граф Піпер власноручно знищив у вогні всі таємні державні папери, мабуть, у першу чергу ті, суто секретні, що торкалися Мазепи. За наказом Петра І їх марно шукали. Перший допит графа Піпера в полоні стосувався відносин Карла XII з українським гетьманом.

До нас дійшло шість статей цього договору, зафіксованих у документі, складеному Пилипом Орликом у 1712 р. — .

«1. Й. К. В. (його королівська величність) зобов'язується обороняти Україну і прилучені до країни козаків землі й негайно вислати туди задля цього помічні війська, коли вимагатиме того потреба і коли помочі цієї проситимуть князь (мається на увазі гетьман. — О. А.) і Стани. Війська ці, вступаючи в країну, будуть під командою шведських генералів, але під час операцій на Україні Й. В. довірить