Потім іще одна дипломатична місія до Москви, де Мазепа як представник лівобережного гетьмана Самойловича брав участь у переговорах Росії з Оттоманською Портою та Кримом. Було укладено Бахчисарайське перемир'я 1681 р. строком на 20 років. Москва за рахунок України добилася від Туреччини утвердження її влади на Лівобережжі, а землі середньої та південної Київщини мусили залишатися безлюдними й незаселеними.

«Вічний мир» 1686 р. підтвердив Андрусівське перемир'я й зумовив спільний виступ Польщі та Московії проти Туреччини. В антитурецькій коаліції мали взяти участь Австрія й Венеція. На московські й козацькі війська, загальне командування якими належало князю Василю Голіцину, покладалося завоювання Криму. Козацькі полки очолив гетьман Іван Самойлович. Серед старшин, учасників походу на Крим, був генеральний осавул Іван Мазепа.

Похід закінчився невдачею. Дійшли до Перекопу й мусили вертатися, хоча подолали в літню спеку багато сотень верстов голим степом, де вигоріла трава, яку ще й підпалили татари. Люди страждали від нестачі води й поганої їжі. Втратили багато коней.

Старшини, які давно були невдоволені Самойловичем через його зневажливе до них ставлення й прагнення зробити гетьманство династичним, написали на нього донос, що нібито він був у змові з кримським ханом. Голі-цин використав можливість перекласти свою вину за невдалий похід на когось іншого. Старшинський донос він відправив до Москви, куди потім і вислали заарештованого Самойловича зі старшим сином. Звідти їх, після катувань, заслали до Сибіру.

Серед козацького війська, що стояло табором у поході, почалися заворушення, було вбито багато старшин, шляхтичів, ненависних горілчаних орендарів. Тоді старшина скликала раду, котра відбулася під охороною московського війська на річці Коломаку 25 липня 1687 р. Саме за таких умов обирали нового гетьмана, яким став генеральний осавул Іван Мазепа. Ходили поголоски, що він передав Василю Голіцину 10 тисяч золотих, щоб забезпечити собі його підтримку та голоси старшини на виборах.

Однак слід принагідне сказати, що Василь Голіцин, улюбленець Софії, яка була регентшею під час малолітства царів Петра й Іоанна, поставився до Івана Мазепи з особливою прихильністю ще тоді, коли той приїздив до Москви. Сам європеєць за рівнем особистої культури, світосприйняттям, Василь Голіцин оцінив європейську освіченість Мазепи, його високий інтелект, державний розум, дипломатичний талант. В особі майбутнього українського гетьмана князь Голіцин, мабуть, знайшов розуміння своїх устремлінь до реформ у Московії.

Він хотів під егідою Софії вивести країну з візантійсько-азіатської деспотії на європейський рівень. Зробити це Голіцин бажав шляхом цивілізованим, без кровопролиття, не відкидаючи здобутків католицької культури. Петро І у 17 своїх років, поваливши владу Софії, запровадивши масову страту стрільців і покаравши Голіцина, пізніше здійснив реформи, але зробив це варварськими, терористичними методами. Не останньою причиною було й те, що юний цар пройшов вишкіл у німецькій слободі, засвоївши фанатизм, нетерпимість, обмеженість німецької пуританської церкви.

На козацькій раді разом з обранням Івана Мазепи відбулася процедура прийняття «статей», тобто договору між Україною й царем, як це робилося завжди при затвердженні нового гетьмана. Представником царя цього разу був князь Василь Голіцин.

Хоч і декларувалися в першій статті «права та вольності» козацькі («щоб український народ мав усі права і свободи, про які договорено ще за Богдана Хмельницького»), однак фактично від них нічого не залишалось Цар затверджував за старшиною маєтності, які й так були в її руках. Також тільки на папері залишалася згода царя на прохання старшини про те, щоб в українські міста не посилалися воєводи, щоб вони не втручалися в суди, не чинили шкоди, кривд і насильства над людьми України.

Насправді царський уряд, який уже в 1654 р. намагався встановити військовий контроль над внутрішнім життям України, прагнув забезпечити це введенням в українські міста воєвод із військовими залогами. Інститут воєвод був найважливішим механізмом для поступової окупації України, обернення її на провінцію Московської держави. Воєводи будували фортеці, утворюючи своєрідні військові бази, тримали в своїх руках головні комунікації, намагалися контролювати всі сфери українського життя, привласнювали податки, безчинствували, грабували населення, стали справжньою бідою для України.

Решта Коломацьких статей (всього їх було 22) та царських резолюцій на них законодавче затверджували усякі заборони, котрі обмежували й навіть де в чому ліквідували самостійну економічну, соціальну та зовнішню політику України. Заборонялося вести торгівлю з Кримом: «остерегать того накрепко, чтоб из малоросійских городов в Крым с торгами и со живностью не ездили и лошадей в Крым не продавали». Також заборонялось українським купцям «под жестоким наказаньем» торгувати в Московській державі.

У фінансових справах теж накидалася царська воля. В Україні не хотіли брати гроші — «чехи», — що робилися в Севську для виплати царським гарнізонам, але не мали золотого забезпечення. Стаття 19 вимагала приймати «чехи», а тих, хто не захоче приймати, смертю карати.

Абсолютно заборонялися міжнародні відносини України. Листи й документи від сусідніх держав наказувалося не розпечатуючи посилати в Москву. У 19-ій статті повелівалося «народ Малороссийский всякими меры и способы с Великороссийским соединять и неразорванное и крепкое согласие приводить». Для досягнення цієї мети рекомендувалося дбати, щоб більше було змішаних україно-російських шлюбів.

Зазначена стаття закінчувалася формулою, яка вже без усяких застережень визначала Україну частиною Московської держави. «Никто б голосов таких не испущая, что Малороссійский край — Гетманського Регименту, а отзывались бы везде единогласно — их Царского Пресветлого Величества самодержавной державы».

Новий гетьман і