Проте Мазепа, підписуючи «Статті», думав не про їх ретельне виконання. Вони для нього слугували лише сходинкою до найвищої влади в Україні. Коли припустити, що ідея об'єднаної, сильної, самостійної України визрівала й розвивалася у Мазепи поступово, то з упевненістю можна сказати про його утвердження саме тоді в думці про необхідність виведення України з «руїни», політичного безладдя, стану громадянської війни. Таке можна було здійснити тільки за існування в Україні твердої гетьманської влади, рейтинг котрої впав на той час до найнижчої позначки.

Українськими гетьманами маніпулювали сусідні володарі — Польщі, Туреччини, Кримського ханства, московські царі. Змова старшин могла досить легко повалити гетьмана, а царська влада заслати його без суду та слідства до Сибіру. Царський уряд, як уже зазначалося, був заінтересований в тому, щоб Україна перебувала в стані невпинного політичного безладдя. Тому Іван Мазепа, взявши булаву, заходився передусім піднімати престиж і значення звання українського гетьмана, наповнювати його реальною владою. За дводесятирічне гетьманування він досяг такої могутньої влади, яку до нього мав, мабуть, тільки Богдан Хмельницький. Мазепа став непохитним володарем України.

Гетьман зумів згуртувати навколо себе старшину, зокрема й опозиційну — найбільш для нього небезпечну, виявляючи при цьому дипломатичну гнучкість і застосовуючи, як вважають дослідники, неабияку хитрість, не зовсім праведні засоби. Старшинам гетьман дарував землі, маєтності з кріпаками й залежними селянами, віддавав їм усякі почесті й нагороди, водночас таємно підтримуючи в Москві підозрілість до них. Коли ж царський уряд робив спроби вдатися до насильницьких дій проти цих старшин, Мазепа їх боронив, за що одержував їхню вдячність, відданість і безмежну довіру. Українську старшинську аристократію він формував як найпершу опору своєї гетьманської влади.

Розкішна гетьманська резиденція — Батурин — з розробленим точним церемоніалом і особистою гвардією мало чим поступалася дворам європейських володарів. У Батурині з королівською пишнотою приймали посланців різних країн. Величавий замок у Батурині, де відбувалися ці високі приймання, звів його хазяїн гетьман Іван Мазепа. Взагалі, буйний розквіт української архітектури в цей період нерозривно пов'язаний з його ім'ям. На кожний рік гетьманування Мазепи припадає одна споруда. За 1690—1706 роки він поставив чотири нові церкви, розбудував п'ять храмів княжої доби, закінчив будову трьох церков, розпочату його попередниками. Дбав і про фортифікаційні укріплення на кордонах України.

Своїм опікуванням письменства, науки, мистецтва й церкви, будівництвом і реставрацією храмів, дорогоцінними дарами гетьман зажив великої слави. В панегіриках, віршах, драмах оспівували «найбільшого українського лицаря», що прагнув вивести Україну в європейський світ. Його блискучі гостинні бенкети відвідували генеральні старшини, полковники, дипломати, книгодрукарі, поети.

Гетьман Іван Мазепа опікувався не тільки культурою, а й розвитком економіки, промислами, мануфактурним виробництвом. Під проводом його уряду старшина й козаки розвивали промисловість України. Тільки в Стародубському полку в часи Мазепи існувало дванадцять буд для випалювання поташу, а на Чернігівщині одинадцять гут виробляли скло, діяло дванадцять паперових фабрик. По всій Гетьманщині поширилося керамічне виробництво, а ткацтво набуло характеру організованого фабричного виробництва полотна, сукна, шовку, козацьких пасів, плахт, килимів. Водяні млини, що були джерелом дешевої енергії, обслуговували паперні, гути, валюші-ступи для биття сукна, керамічні майстерні, лісопильні заводи.

Зміцнюючи гетьманську владу, добиваючися стабілізації українського політичного й економічного життя, дбаючи про розвиток культури рідного краю, Іван Мазепа в абсолютній таємниці виношував свою ідею незалежної, самостійної України, прикриваючись при цьому незаперечною лояльністю щодо царського уряду. Змушений виконувати веління царя, спрямовані на поширення колоніального гніту в Україні, він вірно служив Москві. Це викликало негативне ставлення до гетьмана серед селянства, козацтва та міщанства. Його вважали прислужником Москви.

А головне, що у нового гетьмана склалися напружені стосунки із Запорозькою Січчю, яка й після створення Української Гетьманської держави зберігала в її межах автономію, підлягала безпосередньо царському уряду. При цьому вона залишалася частиною України, носієм української державності. Зі своєю політичною автономією, самобутнім республіканським ладом, демократичними порядками — частим проведенням рад, на яких вирішувалися найголовніші козацькі справи, вибірністю старшини, місцевим самоврядуванням, своїм судом — Запорозька Січ була історичною антитезою московському самодержавству, абсолютній монархії.

Запорожжя залишалось осередком національного й соціального протесту, привабливим місцем волі. Сам факт його існування підривав підвалини феодально-кріпосницького господарства. Дедалі частіші втечі на Січ не тільки українських, а й російських селян позбавляли поміщицькі маєтки робочих рук.

Московська держава, маючи в перспективі скасування Запорозької Січі, наприкінці XVII ст. посилила наступ на її автономію, передусім на запорозьку територію — «Вольності Війська Запорозького». Там споруджувалися царські фортеці та впроваджувалися нові поселення, найчастіше з іноземців. Перша така — Богородицька фортеця — була збудована в 1688 р. за рахунок запорозьких рибництв, пасік та мисливських місць на річці Самарі, пізніше її відновили під назвою Самарського ретраншемента. Почалися будівельні роботи весною 1688 р. Ними керував Іван Мазепа, якого на це зобов'язувала царська грамота, видана йому на гетьманство. Поява царської фортеці з воєводою й царськими «ратними людьми», а також навколишніх поселень на землях Січі викликала бурхливий протест запорозьких козаків. Гетьман намагався заспокоїти їх, доводячи, що фортеця — тимчасова, функціонуватиме як перевальна база для харчів та амуніції під час походу на Крим. Разом із цим Мазепа послав кошовому на Січ подарунок — тисячу червінців.

Такий похід