Багато козаків гинуло на примусових «канальних», землекопних, будівельних роботах, на прокладенні нових доріг, висушуванні болотяних місцевостей, копанні каналів на Півночі, куди їх зганяли тисячами й де умови праці були нестерпними. Козацький полковник Черняк так описує обстановку на Ладозі, де працювало 10 тисяч козаків. «Велике число козаків хворих і померлих знаходиться, і щораз більше множаться тяжкі хвороби — найбільше вкорінилася гарячка і опух ніг, і мруть з того, однак приставлені офіцери, незважаючи на таку нужду бідних козаків, за наказом пана бригадира Леонтьєва... б'ють їх при роботі палицями — хоч і так вони її не тільки вдень і вночі, а навіть і в дні недільні, святкові виконують — без спочину».

Отже, повернулася з Ладоги ледве третина (до того ж багато з них покалічених) із тих 10 тисяч козаків, які працювали на Півночі. Може, з тих часів прийшли до нас гіркі слова, що «Петербург споруджений на козацьких кістках». Насправді, сповна ще не підраховано, скільки полягло козацьких голів у тих болотах, на яких побудована була нова столиця Російської імперії.

У 1706—1707 роках сила силенна народу, передусім селян і козаків, мусила працювати коло будови нової фортеці в Києві на Печерську, оскільки цар Петро боявся приходу шведів в Україну. Козаки повинні були працювати зимою й літом під пильним оком московських наглядачів, котрі поводилися з ними брутально й немилосердно. Військовий писар Пилип Орлик, довірена особа Івана Мазепи, писав у листі: «Зачалася та робота коло фортифікації печерської, наступили переходи через українські міста до головної армії — то рекрутів, то всяких начальників. І полковники з старшиною, часто приходячи до гетьмана, з жалями оповідали, що пристави коло той фортифікаційної роботи козаків палицями по голові б'ють, уха шпагами обтинають і всяку наругу чинять. Козаки, покинувши доми свої, косовицю і жнива, зносять тяготу і спеку на службі царського величества, а там великоросійські люде доми їх грабують, розбирають, палять, жінкам і донькам їх чинять насильства, коней, худобу і всяке майно забирають, старшину б'ють смертним боєм».

Примусові «канальні» та будівельні роботи надзвичайно знесилювали козацьке господарство — козаки мусили йти зі своїми кіньми і фуражем, харчами, одягом, зброєю. Роками вони не могли займатися власним господарством, яке занепадало, козацтво бідніло.

Згадувані в листі Орлика «переходи» через українські міста відбувалися не лише у зв'язку з побудовою Києво-Печерської фортеці. Протягом майже усієї війни через Україну проходили московські полки й команди. Вони чинили усякі кривди, забирали в населення припаси, поводилися брутально не тільки з простими людьми, а й із старшиною. З усіх боків підіймався «плач, стогін і лемент» козацтва, селян, міщан, всього українського народу.

Один із найбільш шанованих провідників козацтва — полковник Горленко, який командував біля Гродна допоміжним корпусом, частина котрого стояла і в Ризі, прибувши до головної гетьманської квартири, виклав скарги на свавілля московських командирів, їхнє знущання, образливе поводження з козаками й старшиною. У відповідь на це полковника зіштовхнули з коня, якого відібрали, як і в решти старшин. Коли стало відомо, що з козаків, яких вислали до Пруссії, хочуть зробити драгунів (це було замахом на вільний військовий устрій), Горленко вигукнув: «Пане гетьмане, ти, що нами проводиш, що ти думаєш про це все?» І, може, вперше гетьман відверто висловив свій осуд московській владі й натякнув на можливість іншого союзу: «От яка нагорода за нашу службу!.. Який я дурень, що відкинув пропозиції Станіслава» (Лєщинського). А цар до того ж безупинно вимагав поставляти до московської армії коней, худобу, хліб і всякі інші припаси, що також розоряло українські господарства.

Через війну припинилась українська торгівля через балтійські порти. Взагалі, Петро І завдав страшенного удару по економіці України, фактично скасувавши вільну торгівлю. Указами царського уряду було заборонено вивозити з України будь-куди, окрім Росії, селітру — сировину для виготовлення пороху. Вугілля з Донеччини дозволялося брати лише на російські заводи. Саме в інтересах російських купців і заводчиків заборонялося ввозити в Україну з-за кордону ряд промислових виробів. Україна могла торгувати лише через віддалені та невигідні для українського купецтва порти.

Отже, петровське «вікно в Європу» обернулося для України бідою. Вона вже не мала права користуватися давніми, традиційними для себе торговими шляхами, мусила везти свої товари через усю країну до Архангельська.

До гетьмана доходили відомості, скарги, нарікання з усіх міст Гетьманщини на безправ'я, пограбування, знущання, наруги царських військових начальників і солдатів над українським населенням. Мазепа гостро реагував, намагався захистити свій народ, протестував, висилав десятки листів до царя, його генералів і сановників, неодноразово висловлював свої протести в розмовах, віддавав розпорядження козацькій старшині з рекомендаціями, яким чином запобігти свавіллю чужинців.

Після лівонського походу Мазепа писав цареві: «Вернувшися із служби нашої монаршої з границь Лівонських, полковники, старшина й товариство почали на мене дуже нарікати насамперед за те, що понесли такі труди й господарство своє розорили під час такого дального походу, а далі за те, що за сіно немало їх товариства побито й потоплено, й коні повідбирані, а управи, не дивлячись на всі спори, їм жодної не дано. Особливо ж вони скаржаться на те, що у Пскові забрали їхні гармати польові. Взагалі, всі говорять на мене, що я не стою за їхні права і вам, великому