У переносному розумінні слово "січ" означало столицю запорозького козацтва, постійний центр керування військовими справами. Поряд зі словом "січ" вживалося слово "кіш". Його тлумачили як правління або місце тимчасового перебування козаків, військового табору. Слова "січ" і "кіш" у козаків були синонімами.

Запорозька Січ існувала понад 200 років. За цей час козаки змінили вісім січей: Хортицьку, Базавлуцьку, Томаківську, Микитинську, Чортомлицьку, Олешківську, Кам'янську та Нову. Це відбувалося з різних причин (стратегічне положення, територія, якість води, зовнішні обставини тощо). Найвідомішою є Січ на острові Хортиця. Виникнення Хортицької Січі пов'язане з ім'ям українського князя, черкаського і канівського старости, одного з перших козацьких отаманів Дмитра Вишневецького, відомого в народних думах під ім'ям Байди. Він із загоном козаків між 1552 і 1556 р. побудував на Хортиці укріплений замок всупереч волі польського короля і Великого князя литовського Сигізмунда II Августа, який схилявся до угодовської політики стосовно Кримського ханства. Із цього укріплення козаки здійснювали походи проти татар і навіть нападали на турків. Коли Литва відмовилася підтримати хрестовий похід Д. Вишневецького проти мусульман, він поїхав до Москви, сподіваючись з її допомогою розгромити Кримське ханство. Проте похід Д. Вишневецького на Кафу завершився невдачею, бо російський цар Іван Грозний не надав допомоги, на яку той сподівався. Розчарований, Д. Вишне-вецький повернувся в Україну і організував похід до Молдавії, проте молдавани схопили його і передали туркам, які в 1563 р. стратили його в Константинополі.

Наприкінці 60-х років XVI ст. козаки перенесли Січ на острів Томаківка (тепер він затоплений водами Каховського водосховища), який розміщувався на відстані 60 км північніше Хортиці. Томаківська Січ існувала з 60-х до початку 90-х років XVI ст. За цей час запорозькі козаки здійснили чимало походів на татарські й турецькі фортеці Причорномор'я. Вони спускалися на човнах — "чайках" — Дніпром до моря і там розбивали турецькі кораблі. У 1577 р. запорозький гетьман Іван Підкова розгромив військо молдавського господаря Петра Мірчі, захопив його столицю Ясси і став господарем Молдови. Проте в 1578 р., зазнавши поразки від турків і відступивши в Галичину, Підкова був заарештований поляками і страчений у Львові. У наступні роки запорожці здійснювали походи у Крим, на Очаків, Акерман, Козлів (Євпаторію). Томаківська Січ стала базою першого великого селянсько-козацького повстання в 1591-1593 рр. на чолі з Криштофом Косинським — гетьманом реєстрового козацтва.

Під час одного з козацьких походів татари в 1593 р. зруйнували Січ. Запорожці змушені були перенести її на острів в гирлі річки Базавлук (нині острів затоплений Каховським морем).

Базавлуцька Січ була добре укріплена. За часів її існування відбувалися великі козацькі повстання проти Речі Посполитої і морські походи козаків проти турецької імперії. Тоді ж військова організація Запорозької Січі досягла високого рівня розвитку.

Після поразки народних повстань у 1633 р. Січ було перенесено на Микитів Ріг — мис на правому березі Дніпра (нині тут місто Нікополь). У 1647р., коли почалася визвольна війна проти Речі Посполитої, гетьманом Микитинської Січі був обраний Богдан Хмельницький.

У ХУІ-ХУПІ ст. Запорозька Січ відіграла велику роль в історії українського народу. Запоріжжя стало зародком нового українського (козацького) державництва. Запорозька Січ була своєрідною військово-адміністративною організацією. Військо Запорозьке мало два поділи — військовий і територіальний. Військо завжди поділялося на 38 куренів (частин війська), а територія — спочатку на п'ять, а потім на вісім паланок (з татарської — "маленька фортеця").

Соціальний устрій Війська Запорозького був демократичний. Усі запорожці мали однакові права. Вони називали себе "товаришами", а своє військо — "товариством", або "лицарством" Війська Запорозького. Жінок на Січ не допускали, там жили виключно чоловіки. Писаного кодексу законів не було, в основі життя козацької громади лежали звичаї, традиції.

Верховна влада належала військовій раді — загальній раді запорожців. Рада збиралась у визначений час, а іноді — на термінову вимогу козаків. На військових радах вирішувалися найважливіші питання життя Війська Запорозького, зокрема відбувалися вибори адміністративно-судового апарату.

На чолі Війська Запорозького стояла виборна військова старшина — кошовий отаман, військовий суддя, військовий осавул і військовий писар, яких обирали на раді. Кошовому отаманові належала військова, адміністративна, судова і духовна влада, а у воєнний час він був головнокомандувачем і мав необмежену владу. На раді йому вручали булаву як символ влади. Влада кошового обмежувалася трьома умовами — звітом, часом і радою. Щороку 1 січня кошовий під час виборів військової старшини мав звітувати про свої дії щодо війська. Якщо він скоював якісь злочини, його могли навіть стратити. Кошового отамана обирали лише на рік. Виняток робили для дуже популярних отаманів. Наприклад, Іван Сірко був кошовим отаманом 15 років, а Петро Калнишевський — 10. Проте їх обирали щороку. Без скликання загальної ради всього Війська Запорозького кошовий отаман не міг ухвалювати важливих рішень. Жив він завжди в тому самому курені, що й до обрання кошовим, їв разом з козаками. Тільки наприкінці існування Січі військова старшина почала будувати власні будинки й окремо харчуватися.

Другим за значенням у Війську Запорозькому був військовий суддя. Писар завідував військовою канцелярією, осавул стежив за порядком і гідною поведінкою