Чому ж було обрано саме цей монастир? Це, мабуть, було по'язано з тим що Мужигірський монастир був одним з найбільш давніх українських монастирів. За переказом він був заснований грецькими ченцями, що прибули у 988 р. разом із св.Михайлом, київським митрополітом. Великий князь Андрій Боголюбський перевів його з гори у долину, яку оточували гори (звідси й сама назва монастиря). Під час навали татаро-монгол монастир було розорено. Пізніше він був відновлений і відбудований за допомогою князів Острозьких. Число ченців у середині XVII от. сягало до 150 чоловік.[8; 9363 Через деякий час, коли пожертви козацького війська, полилися рекою до обителі, обминаючи Києв, митрополії київський Гедеон у 1686 р. наказав, щоб "церкву війська низового підкорити його кафедрі". Межигірський монастир не став суперечити, відкликав через навмисне посланого в Січ ченця Тарасія братію, яка там перебувала, а тим часом відправив до московського патріарха скаргу через депутатів своїх - ієромонаха Іродіона, дяка Гавриїла та ченця Філарета.[2; 112] А в Межигірському монастирі деякий час перебував московський дворянин Іван Савєлов, який став згодом, під ім'ям Іокима, московським патріархом. Прийнявши скаргу своїй колишній обителі, він у 1686 і 1688 роках надав монастирю автономію (ставропігію). вивівши його з під влади духовенства Київської мітрополії.[7; 2] До цієї історії з зазіханням київського митрополіта прилучилися й козаки. Після від'їзду братії до монастиря кошовий отаман Федір Івашка, той самий що уклав угоду між монастирем та Січчю, направив у травні 1686 р. листа межигіроькому ігумену Феодосія: "Не могли надивуватися такій неласці й нелюбові привелебності твоєї, що у нас хотів привелебність тоя зоставлену братію у нас через отця Тараcія до обителі святої cпільнотної зовсім забрати. Може, любов наша до спільнотної обителі Межигірської не є вдячна? Божа і наша церква, між кочовищами агарянськими зостаючись, не підлягає владі Ясне-0свіцоного(так називає митрополіта Гедеона запорозьке військо, бо він походив із роду князів Четвертинських), княжати митропо-літа київського, бо не в малоросійському знаходиться горизонті, а за кордоном, у полях татарських, на примноження честі господньої і на духовну військову потребу як православних християн, в якій церкві й ми, молячись Господу Богу, цілісність вітчизни нашої стережемо, кров нашу проливаючи, як вірні вітчизни нашої і зичливі сини й перебуваємо як із вірним підданством великим государем їх царської Пресвітлої Величності, так і з належним добродієві нашому ясновельможному його милості пану гетьману послушенством, і будемо великому государеві й найсвятішому пат-ріаху і його милості пану гетьману, добродієві нашому, чолобитні засилати, аби за покірним нашим проханням ласка й милостиве було жалування: Межигірській обителі святій і нашій церкві військовій, якою і раніше святої пам'яті покійні ясно в Божу освячені митрополити не цікавилися, тож і тепер не належить Ясно-Освіцоного княжаті митрополиту київському в це втручатися. Не буде церква Божа і наша відлучена від монастиря спільнотного Межигіроького, поки є в Дніпрі води й нашого війська Запорозького буде". [2; 112] Підтримка запорожців значно зміцнила позиції монастирської братії у питанні отриманння ставропігії. Результатом усіх цих скарг та суплік стала грамота патріарха Іоакима від 5 березня 1688 р., що була дана на ім'я ігумена Межигірського монастиря Феодосія, у якій було вказано: "Церкву Божу в Січі Запорозькій, що в повній і безперервній патріаршій владі перебуває, доручити єдиному віданню Межигірського монастиря з утвердженням давнього звичаю, щоб військо низове одержувало своє духовенство тільки а цієї обителі".[2; 113] Залежність тільки від монастиря давало можливість Запорозькій Січі зробити свою церкву незалежною від митрополії, а оскільки патріарх був далеко, то незалежною взагалі.

Слід відзначити, що Кіш Запорозької Січі (особливо кошові отамани Іван Сірко та Петро Калниишевський) постійно листувався з архімандритом Межигірського монастиря щодо церковної організації. Таким чином січова козацька парафія належала до відання Межигірського монастиря, звідки архімандрит регулярно щороку відряджав у Запорозьку Січ для служби в церкві Покрови одного "соборного старця", як зверхника церковних служителів. двох ієромонахів (підначального і третяка), двох Ієродияконів (уставника і дякуна), одного простого ченця який виготовляв воскові свічки на продаж козакам. Псаломщик-пономар, підпономарій, причетник обиралися- а письменних запорожців. Усі прибулі з Межигір'я жили за межами фортеці в будинку, що дістав назву "чернецького палацу" [7; 2] Це було пов'язане з тим, що козаки намагалися не допустити посилення впливу церкви на справи Війська Запорозького.

Обов'язки прибулих з Межигірського монастиря були такі ж, як і узвичайній церкві. У січовій церкві Покрови "соборний старець виконував обв'язки священика. Ієромонахи служили його помічниками при церковних відправах. Уставник завідував правим кліросом, а дякун - кадильнецею. Літургія відбувалася тричі на день: ранком (утреня) до сходу сонця, обідня (серед дня) і вечірня після заходу сонця. Військові старшини, курінні отамани і майже всі "степенні козаки" старалися не пропускати літургій, показували рядовим запорожцям власний приклад набожності. У невеликій січовій церкві під час відправ завжди було повно запорожців.[7; 2]

У передмісті Січі в "чернечому палаці" розміщувалася пономарня, де виготовлялися для церкви великі воскові свічки. Малі свічки робив чернець-свічкар і сам їх продавав запорожцям, а виторг відправляв до Межигіроького монастиря. Пономар-псаломщик, в обов'язки якого входило