Козаки підкоряючись духовній владі церковнослужителів, одночасно ставили до них досить високі вимоги з фахового і морального боків. Так, Іван Сірко писав у 1876 р. до ігумена Межигірського монастиря: "Повторне наше при чолобітті вносимо прохання за порадою цілого війська з ухвалою, щоб змилостивилося нам всечестійшість ваша на прохання братії прислати якусь особу на правий крилас уставника, адже панове дяки світські все одно до того нездатні, хоч які і є, інші не вміють цінувати ласки військової та хліба спокійно вживати. Тож отак все військо визначило: аби той доход на обитель святу йшов, де за все військо Запорозьке Бога милостового благають, там же і шпиталь військовий. Те повторно і до десяти разів прохаючи, молитвам вашим святим себе вручаєм" (писано в Січі над Чортом-ликом 18.05.1676 р.). [2; 110]

А основні вимоги до прибулих з Межигір'я у січову церкву Покрови та Інші церковні заклади Запорожжя були такі: щоб проповіді читались не з папірця, лише українською мовою. Неодмінною умовою буди красномовність, гарний голос - особливо для дияконів, тверезість. [1; 210] У XVIII от. сам архімандрит запорозьких церков зобов'язувався у недільні й святкові дні виголошувати козацькому товариству Нової Січі проповіді українською мовою. [7; 3]Ці вимоги ставились під час так званої переміни звичайної. Вона найчастіше відбувалася у вересні, коли прибували з Межигірського монастиря ченці й залишалися до осені наступного року. Якщо колишнє духовенство подобалось запорожцям, то його залишали, в противному разі замінювали новоприбулими.[2; 113] Наприклад, у документах зафіксовано випадок, коли священик, на прізвище Кошман, був повернутий до монастиря за те тільки, що без дозволу Коша поїхав до Києва. [1; 210] В Січ, як правило, надсилали нежонатих священників, хоч у паланках, були й жонаті. [1; 211]

А взагалі духовенство залишалось на своїх посадах лише один рік, щоб духовна влада не вкорінювалась на Запоріжжі й не впливала на політичні події та діяльність старшини. Духовні особи не мали урядової влади, не наважувалися втручатися у "мирські справи" - за винятком заступництва при публічних покараннях за незначні провини. Вони були зобов'язані приносити присягу на вірність Кошу. Рішення Коша і ради ставилося вище за розпорядження київського митрополіта і права межигірського архімандрита. На раді обирали й священників від запорозьких козаків, а також затверджували священників, надісланих з монастиря. [1; 211]

Та. невтручання кліру Межигірського монастиря у козацькі оправи тривало недовго. Вже з початку XVIII ст. вплив церкви значно посилюється. Так, 13 травня 1708 р. зібралась козацька рада обговорюючи питання про те чи йти на допомогу Кіндрату Булавіну. Це відбувалося у той час коли з межигірського монастиря прибули іноки, щоб змінити своїх попередників. Почувши, що козаки погоджуються підтримати Булавіна, Іноки виносли із січової церкви на майдан євангеліє та хрест і почали умовляти козаків не піднімати зброї проти царського уряду.[5; 2803 У тому ж році на Січ прибули посли від Петра І, які намагалися відмовити Січ від допомоги гетьману Мазепі. Разом з послами прибув архімандрит Межигірського монастиря Ірадіон Жураховоький. [5; 295] Ця підтримка росіян ахімандритом викликала обурення козаків. На раді Жураховського назвали шпигуном і погрожували йому, що спалять його у смоляній діжці, а його помічників обіцяли вбити чи у воді потопити. [5; 296]

Та незважаючи на такі негаразди Межигірський монастир не відрікся від свого духовного патронажу над козацького церквою. Це було пов'язане головним чином з тими статками, що давало запорозьке військо, старшина та окремі козаки на монастир. Щороку для монастиря збирали багату милостиню в усьому війську й кілька возів навантажували рибою, сіллю, хутрами і вином у пожертву для братії святої обителі, іноді посилали робочу худобу і навіть коней на подарунок. [2; 113] Від Богдана Хмельницького та наступних гетьманів Межигірський монастир отримав багато землі та селян.[6; 92] Козаки робили вклади церковними речами. Так, кошовий Іван Бєлицький і якійсь ще запорожець Василь дали в пожертву два срібних напрестольних хреста, а Федір Лантух приніс у дар, в 1763 р., книгу Міней; козаки Сапрон і Тимофій Оспарий пожертвували у 1769 р. два срібних хреста з написами. У 1774 р., напередодні падіння Січі, запорожці надіслали архімандріту Межигірського монастиря Іларіону багато вбрану, по малиновому оксамиту, митру. [З; 260]

Монастир Іноді руйнували пожежі і тоді на допомогу приходили козаки. Після пожежі 1665 р. монастир допомагала відбудовувати Січ. У 1764 р. згоріли не тільки будівля, а й монастирський архів. Тоді кошовий Калнишевський побудував на свої кошти в 1772 р. велику кам'яну браму, а над нею церкву Петра і Павла та дзвіницю.[6; 93]

У випадку небезпеки козаки вставали на захист святої обителі. В 1854 р. Хмельницький узявши з собою 9000 чоловік запорожців, ще не відпущених на Січ і стоявших на квартирах поблизу Чигирина, і додавши до них 300 власних козаків, кинувся з ними до Білого городка, що біля Межи-гіроького