Невдовзі Тотлебена було поновлено на російській службі [48, 124]. З огляду на це, можна припустити, що Тотлебен у 1768 році був подвійним агентом і діяв виключно на користь Росії, дискредитуючи Військо Запорозьке низове в очах європейської спільноти.

Основним джерелом, на яке посилались дослідники XIX століття стосовно зносин запорожців з Тотлебеном, були “Записки” барона Тотта, який був французьким резидентом при дворі кримського хана і брав безпосередню участь у воєнно-політичних діях 1768 – років. Проте “Записки” Тотта були взяті під сумнів у Франції та Німеччині ще сучасниками і колегами Тотта [48, 125]. Російський історик В. Смирнов, досліджуючи історію Кримського ханства XVIII століття, вказував на те, що свідчення барона Тотта не збігаються з архівними документами Кримського ханства [96, 257]. До того ж, стосовно таємних зв’язків Коша з Кримом та французькою агентурою, не виявлено жодного документа.

Водночас треба зазначити, що бунт сіроми у грудні 1768 року не може бути пов’язаний з діяльністю ворожої агентури на Січі. Факт нападу татарської орди на Запорожжя у січні 1769 року спростовує будь-які спекуляції окремих дослідників з цього приводу. Твердження Тотта про те, що нібито Кіш на початку війни всерйоз розглядав пропозиції Порти і діяв узгоджено з татарами, не можуть бути доказом “зрадницьких тенденцій” запорожців, оскільки перші повідомлення про стосунки останніх з Тотлебеном надійшли з Польщі, у чому чітко розпізнається контрінформація з боку антиросійської опозиції польських магнатів і турецько-татарської верхівки.

В указі Катерини ІІ про ліквідацію Запорозької Січі стосовно виступу сіроми на початку війни говориться, що рішення про ліквідацію було прийняте “не менше як за образу Нашої Імператорської Величності через вчинки і нахабство, вчинене від цих козаків у непокорі Нашим Височайшим повелінням” [30, 560]. Стосовно нападу татар у 1769 році на Запорожжя і Новоросійську губернію у цьому ж указі говориться, що “на самому початку останньої з Портою Оттоманською війни багато запорозьких козаків замислили, забувши страх божий і винну Нам і вітчизні вірність, перейти на ворожу сторону, так і насправді ні звістки військам Нашим не подали вони про наближення до кордонів тодішнього кримського хана, а також йому в поході, скільки є, не зашкодили, будучи для того в достатніх силах” [30, 563].

Впродовж 1769 – років виступи козацької сіроми на Запорожжі не вщухали. Так, у 1769 році запорожці підтримали антиурядове повстання Дніпровського і Донецького пікінерних полків, яке було придушене на початку 1770 року. Упродовж грудня 1769 — березня 1770 років на Січі проти старшини виступили козаки Корсунського куреня. У цей же час частина козаків Щербинівського куреня планувала убити кошового отамана і військову старшину, вигнати російський гарнізон із Січі і підкоритися Туреччині. Через велику кількість змовників ця інформація дійшла до Коша і заколот було придушено в зародку [95, 444].

Упродовж існування Нової Січі по відношенню до протизаконних дій запорожців російське командування ставилось обережно. Усі конфліктні ситуації мали вирішуватись при представниках Запорозького Коша. І тільки у випадку, коли Кіш виключав козака з Війська, той підлягав російському судочинству [48, 21].

Таким чином, впродовж усього існування Нової Січі Військо Запорозьке низове не було зацікавленим у конфронтації з південними сусідами — турками і татарами. Ескалація російсько-турецьких збройних конфліктів призводила до протистояння рядового козацтва із старшиною та російським командуванням. Причина цього крилася в тому, що добробут запорозьких козаків полягав у мирному співіснуванні і торгівлі з Очаковом і Кримом, а бойові дії вели лише до спустошення краю.

Як показала селянська війна 1773 – років під проводом О. Пугачова, козацькі формування становили небезпеку для влади. Саме це й було причиною того, що уряд визначився у позиції до окремих воєнно-адміністративних структур, однією з яких було Військо Запорозьке низове. Єдиним козацьким військом, до якого уряд виявляв на той час прихильність — Військо Донське.

Це пояснюється тим, що відразу після розгрому повстання на Дону під проводом К. Булавіна 1707 – років цар Петро І провів у Донському козацькому війську корінні реформи. Зокрема головною особою став військовий отаман, який призначався на довічну службу царем. З 1738 року отаман підлягав Воєнній колегії. Старшини з виборних перетворились у жалуваних (призначених) і заснували канцелярію військових справ (підзвітну Воєнній колегії). Значення військового “кругу” з кожним роком слабшало. Вся влада зосередилася в руках козацької верхівки. На місцях, у станицях, старшини мали необмежені права. Для спостереження за настроями козацької маси уряд побудував фортеці Святої Анни на Дону і Дмитра Ростовського біля Черкаська. Але головним було те, що воєнна служба донських козаків перетворилась із добровільної в обов’язкову. Військовий отаман був зобов’язаний виставляти людей на всі ділянки воєнних дій російської армії. Крім того, на донських козаків була покладена служба по придушенню антиурядових виступів у місцевостях, що прилягали до земель Війська Донського. У ході російсько-турецької війни