Військо Запорозьке низове періоду Нової Січі значно поступалося Війську Донському в довірі з боку уряду. На відміну від донців, російське командування використовувало запорожців лише проти турецько-татарських військ і для боротьби з гайдамаками. Головним завданням Війська Запорозького низового була охорона кордону з Кримським ханством у Північному Приазов’ї і Причорномор’ї. Військо Запорозьке низове не брало участі в російсько-шведській війні 1741 – років і Семирічній у 1756 – роках. У першому випадку Військо Запорозьке низове мало прикривати імперію з півдня і облаштовувати землі, офіційно закріплені за Росією Бєлградським мирним договором. У другому випадку досвід російсько-турецької війни 1735 – років показав, що будь-які пересування запорожців територією Речі Посполитої призводять до збройних конфліктів з польською шляхтою [31, 205, 241; 32, 64, 334; 33, 364, 387].

Військо Запорозьке низове, як складова частина збройних сил Російської імперії, у порівнянні з іншими козацькими військами, що мали військовий та адміністративно-територіальний сотенно-полковий устрій і постійний штатний розклад підрозділів, було незручним для контролю і управління з боку російської сторони. В очах російської правлячої верхівки курінний поділ, відсутність постійних штатних підрозділів, невизначеність кількісного складу Війська і населення Запорозьких Вольностей, політична нестійкість і амбіції старшини щодо особливого статусу Запорожжя в регіоні виключали можливість часткових змін за зразком Війська Донського і кардинальних змін, що відбулися на Слобожанщині у 1764 році. Водночас вищезгадані моменти не були головними причинами ліквідації Запорозької Січі у 1775 році. До того ж, в указі імператриці Катерини ІІ про ліквідацію Запорозької Січі немає жодного пункту, який би засвідчував воєнну неспроможність запорозького козацтва.

Головною ж причиною ліквідації Запорозької Січі, на нашу думку, є те, що вона, як окрема воєнна, економічна й адміністративно-політична організація, після поразки Туреччини у 1774 році і фактичного підкорення Росією Кримського ханства стала на заваді експансіоністській політиці Петербурга на Півдні. Привід для ліквідації Січі був викладений в указі Катерини ІІ, але причини слід шукати у тій політиці, яку проводив уряд у Запорозькому краї після 1775 року. Ліквідація Запорозької Січі пов’язана, перш за все, з комплексом адміністративних і воєнних реформ Російської імперії 60-х — 80-х років XVIII століття (одним із завдань якого було знищення козацького устрою України) і була лише епізодом у зломі Катериноюпетровського адміністративно-територіального поділу держави, що існував з 1708 року.

Після Ліквідації Січі частина запорозьких старшин, що заслужила довіру з боку російського уряду, отримала офіцерські чини. Катерина ІІ з цього приводу зазначила: “Старшинам, які служили порядно і мають похвалу від наших військових начальників, оголосити Нашу Імператорську милість і що вони відповідно службі і знанням їх отримають ступені” [30, 564]. Так, офіцерські чини отримали військові старшини Сидір Білий, Логвин Мощенський, полковники Іван Білий, Іван Височан, Опанас Ковпак, Харко Чепіга, полкові старшини Павло Тимківський, Антон Головатий та багато інших [95, 572]. По відношенню до рядового козацтва імператриця визначила: “Усім приватним членам колишніх запорозьких козаків Всемилостивійше велено, не бажаючих залишатися на постійному проживанні у своїх місцях, відпустити їх на батьківщину, а бажаючих тут оселитися – дати землю для довічного проживання” [30, 564]. Репресії ж щодо частини запорозької верхівки (у тому числі і кошового отамана Петра Калнишевського) після ліквідації Січі, на нашу думку, мали служити певним доказом “вин” запорожців перед імператрицею і демонстрацією правомірних дій уряду для громадської думки як Росії, так і Європи. Неможливість існування запорозької громади у межах дії феодально-кріпосницьких порядків призвела до виходу найактивнішої і політично свідомої частини козаків за межі Російської імперії.

Ліквідація Січі не означала того, що запорозькі козаки не цікавили уряд як воєнна сила. Знищуючи Січ, царат, перш за все, планував знищити автономний устрій Війська Запорозького низового, відібрати землі і поступово закріпачити селян, які проживали у межах Запорожжя. Крім того, за мирним договором з Туреччиною 1774 року Росія не зробила суттєвих територіальних надбань. Отже, цілком логічно, що землі Війська Запорозького низового, закріплені за російською короною Бєлградським мирним договором 1739 року, були роздані імператрицею Катериною ІІ своїм офіцерам і генералам у нагороду. Інакше верховна влада держави, в якій домінували феодальні відносини, вчинити просто не могла. Більше того, роздача запорозьких земель російським дворянам робила останніх зацікавленими у подальшому просуванні держави на південь.

Недоцільністю існування запорозького козацтва як воєнної сили ліквідацію Січі пояснювати не можна ще й тому, що впродовж останньої чверті XVIII століття на півдні України уряд створював нові козацькі формування з числа міщан, державних, монастирських і викуплених селян, селян-одновірців, колишніх козаків і арнаутів (греків, албанців, молдаван, волохів, болгар, сербів і турків, які перейшли на російську воєнну службу ). Так було створено Грецьке (Албанське) козацьке військо, Бузьке і Катеринославське (Новодонське) козацьке військо. Усі ці війська мали структурну організацію на зразок Війська Донського [74, 574]. Але з огляду на особливості комплектації, козаки цих військ мали значно нижчі бойові якості, ніж запорозькі, слобідські та лівобережні.

Створення у 1788 році на базі колишніх запорожців Чорноморського війська вірних козаків, яке мало структурну організацію, аналогічну структурній організації Війська Запорозького низового, свідчить про те, що воєнна верхівка Російської імперії визнавала колишні заслуги запорожців і набутий ними протягом століть воєнний досвід. У бойових діях російсько-турецької війни 1787 – років брало участь понад 12 500