З 1764 року Запорожжя підпорядковувалося ІІ-й Малоросійській колегії, президентом якої було призначено генерал-поручика П. Рум’янцева. Водночас прикордонна і розвідувальна служби Війська Запорозького низового залишались у компетенції київського генерал-губернатора, на посаді якого в означений період перебував генерал-аншеф Ф. Воєйков. Відразу після призначення на посаду П. Рум’янцев надіслав на Січ ордер, за яким перед запорозькою громадою ставилась вимога, щоб нових виборів старшини не було, а до указу на посадах залишалася колишня старшина на чолі з чинним кошовим отаманом Григорієм Федоровим. Запорожці зрозуміли ордер П. Рум’янцева, не підтверджений височайшою грамотою, як образу, оскільки наказ суперечив правам та привілеям низового війська. Козацька громада виборів не відмінила [95, 396].

Подальші заходи П. Рум’янцева щодо посилення контролю над Запорожжям викликали невдоволення як серед рядового козацтва, так і серед старшини. На початку 1765 року Козацька громада відрядила до імператриці Катерини ІІ депутацію з проханням “найдоватися під Іноземною колегією” [72, 70]. У ході цієї депутації запорожці сподівалися вирішити і питання захисту своїх територій від захоплення військовими поселенцями Новоросійської губернії. Депутацію очолив новообраний кошовий отаман Петро Калнишевський. Протягом 1765 – років депутати разом з кошовим отаманом відстоювали свої вимоги в урядових установах, але вирішення проблем Війська Запорозького низового затягувалось російською верхівкою і ніяких рішень прийнято не було [95, 393 – ].

У січні 1767 року полковий старшина Війська Запорозького низового Павло Савицький написав донос на кошового отамана Петра Калнишевського, що той, приїхавши з Петербурга на Січ, мав розмову з військовим писарем Павлом Головатим, у ході якої було вирішено, що якщо найближчим часом прикордонні суперечки між Запорожжям і Новоросійською губернією уряд не вирішить на користь Січі, то вони виберуть у Війську двадцять “добрих молодців” і пошлють їх до турецького султана з проханням, аби той прийняв Військо Запорозьке низове під свою протекцію, а козацьку громаду сповістять, щоб усі були готові до походу, не впускали у свої кордони російські регулярні команди, а з турками та татарами жили “смирно і дружньо.” Далі Павло Савицький писав, що військовий осавул після цієї розмови був відсутнім на Січі більше двох тижнів (ймовірно об’їжджаючи Запорожжя для обговорення ситуації з паланковою старшиною) [34, 204 – ].

У 1768 році Запорожжя було втягнуте у політичні інтриги Франції, Туреччини, Криму і Барської конфедерації, направлені проти Росії. Зокрема турецький уряд, підбурюваний Францією, через кримського хана і ногайських мурз відряджав до Січі своїх посланців з листами, переповненими лестощами та запевненнями у дружбі, а то і неприкритими погрозами. Запорозькі старшини неодноразово зустрічались з окремими уповноваженими султаном посадовцями, які обіцяли Війську Запорозькому низовому у разі переходу під протекцію Порти “усі вигоди і достатнє жалування” [1, арк. , 7]. Стосовно “кондицій” з запорожцями домовлявся калга-султан. У разі згоди запорожці мали на знак своєї вірності турецькому султану першими напасти на росіян. За це запорожці мали отримувати в 3 – рази більшу платню, ніж отримували від російського уряду. У підтвердження дружніх намірів по відношенню до запорожців хан відпустив з полону 70 запорожців і 5 мешканців Лівобережжя [95, 451 – ]. Відмова Коша мала призвести до нападу татар на Запорожжя [1, арк.  – ].

Кошовий отаман Петро Калнишевський повідомив про ці факти безпосередніх своїх начальників — президента Малоросійської колегії П. Рум’янцева, начальника Української укріпленої лінії генерал–майора О. Ісакова та київського генерал-губернатора Ф. Воєйкова і запевнив, що Військо Запорозьке низове, дотримуючись присяги і закону, залишається вірним Росії, а в разі руху татар до кордонів буде чинити опір і на турецькі пропозиції не пристане [1, арк. ].

17 грудня 1768 року Катерина ІІ в листі до П. Рум’янцева писала, що до неї через Польщу дійшло повідомлення про присутність на Січі французького агента Тотлебена (якого перед цим було вигнано з російської служби) для збурення запорожців проти Росії. Відряджені П. Рум’янцевим для арешту Тотлебена офіцери повернулися із Січі ні з чим [67, 216]. П. Рум’янцев у листі до Катерини ІІ писав: “Не вкладається те в моєму розумінні, як би міг султан такого емісара відрядити прямо і явно до цього Війська, не маючи запевнень і приводу. … Не можу уявити, яку можна було б листування у цій матерії продовжувати підданому з ворогом, яка при нинішніх обставинах скільки пересудів зробити може височайшим інтересам Вашої Величності з міркувань, що Військо Запорозьке не одноземці, а різних націй складають народ” [97, 299].

Уряд не став вимагати від Запорозького Коша пояснень відносно того, що ворожий посланець перебував декілька днів на Січі і був відпущений до султана з листом від Війська Запорозького низового, а не переданий до рук київського