На думку історика К.Кондратюка, місце М.Костомарова в історіографії визначається насамперед прогресивною спрямованістю його (нехай часом неоднозначних і суперечливих) суспільно-політичних поглядів, його науковою спадщиною, в якій втілена ідея вченого про те, що “основне начало форм суспільного і політичного життя, вивченням яких займається історія, є народ...”. У цьому – першорядна роль М.Костомарова серед сучасних йому істориків і значення його праць для наших днів [87, с.84].

Появу козаків як стану М.Костомаров бачив у несправедливому польському управлінні в Україні. Характер відносин, в які було поставлено вищий і нижчий класи, ніяк не мирили “хлопа з паном і не викликали в нього бажання добровільної залежності”. Цим пояснювалося прагнення народу до покозачення. Історик вважав, що боротьба проти соціального гніту мала в ті часи релігійний відтинок, була також боротьбою за збереження православної віри [58, с.76].

В умовах чужоземного панування і гноблення основною рушійною силою, яка втілила давні національні риси українців – волелюбність і анархізм, – ставало, вважав М.Костомаров, козацтво. “Народне невдоволення порядком давало йому поживи і сили: в козацтві воскресали старі стихії вічевої вольниці...” [58, с.78].

Надзвичайно важливою з точки зору наукового світогляду була стаття М.Костомарова “О казачестве”. Автор намагався спростувати думку, яка виникла в тодішній літературі, що “Козаки самі по собі були суспільством антидержавним, що душею цього суспільства була анархія й тому на спроби як Польщі, так потім і Росії до приборкання козацької волі слід дивитися як на захист державного елементу проти вторгнення диких руйнівних побуджень”. Такі погляди утверджувалися в російській науковій літературі, і М.Костомаров взяв на себе сміливість довести, що “козацтво при всіх тимчасових відхиленнях було наслідком ідей чисто демократичних” [9, с.214].

Учений вважав, що “козацтво в широкому розумінні – це не особливий рід війська, а та маса народу, яка шукала волі, і в цьому понятті воно виражало протест народу проти державних тягот” [9, с.215].

На думку ученого козацтво на Україні набуло великого поширення у зв’язку з її своєрідним географічним положенням та історичними умовами. В південно-східній Україні, яка була малозаселеною, – писав він, – “з маси всякого роду втікачів склалося більш-менш чітке тіло”, тобто вільне озброєне населення – козацтво, яке в умовах сусідства татар не тільки вело боротьбу проти татарських нападів, але й займалося промислами і торгівлею [9, с.217].

Як бачимо, М.Костомаров не вважав козацтво явище одвічним, а пояснював його виникнення суспільно-політичними умовами, результатом антагонізму в тогочасному суспільстві [58, с.86].

Час виникнення козацтва М.Костомаров відносив до кінця ХV ст. Найактивніший період діяльності козаків, як вірно вважав історик, – ХVІ і особливо ХVІІ ст. [58, с.93]

У творах М.Костомарова знаходимо твердження про те, що розвитку козацтва в першій половині ХVІ ст., сприяли окремі особи, наприклад князь Дмитро Вишневецький, знаний в усній народній творчості під іменем Байди. Однак, на відміну від істориків, які твердили, що козацтво і Запорізька січ виникли з волі “діяльного” польського панства, М.Костомаров дотримувався думки, що Запорізька Січ з’явилася через кілька років після того, як Д.Вишневецький побудував укріплення на острові Хортиця. Січ стала ядром вільного козацтва, яке утворилося з селян-утікачів та міщан, тобто із “народного елементу” [9, с.223].

Розглядаючи суспільний устрій Січі, М.Костомаров Відзначив його демократизм (виборність командних посад); пояснив значення коша, який поділявся на курені. Водночас М.Костомаров проаналізував соціальний склад козацтва, показав процес його розшарування [9, с.226].

Розглядаючи питання про характер і причини козацьких повстань кінця ХVІ – першої третини ХVІІ ст., М.Костомаров пов’язує їх з релігійними та національними відносинами і, що важливо, вбачає в них соціальний та політичний зміст. Так, про повстання під проводом К.Косинського вчений писав, що воно було “одночасно і соціальним, спрямованим проти привілейованого класу, і політичним – проти королівської влади і цілісності Речі Посполитої” [58, с.102].

Описуючи внутрішній стан України початку ХVІІ ст. М.Костомаров вказав, що нову хвилю народних рухів викликало погіршення становища народних мас. Розглядаючи повстання 30-х рр. ХVІІ ст., він вказує на недоліки в організації козацьких повстань (примітивне озброєння і недостатній військовий вишкіл). На думку вченого, це було, зокрема, однією з причин невдачі повстання під проводом Тараса Федоровича [34, с.15].

Заслуговує на пильну увагу оцінка М.Костомаровим діяльності гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачного. На його думку, П.Сагайдачний вдумливий передбачливий політик. За активної участі гетьмана в 1620 р. відбулося висвячення в сан православного Київського митрополита Іова Борецького і єпископів, організовувалися школи та друкарні [34, с.16].

Помітне місце в історіографічній спадщині М.Костомарова займають праці “О причине и характере унии в Западной России”, “Богдан Хмельницкий” та ін., в яких досліджується питання Визвольної війни українського народу під проводом Богдана Хмельницького. Привертають увагу погляди вченого на стан України напередодні Визвольної війни і причини її виникнення, на процес підготовки повстання і його рушійні сили, характеристика, яку він дає ватажкам повсталого народу, висвітлення військових дій та ін.

Науковим досягненням М.Костомарова стало те, що він одним з