На становищі реєстрового козацтва негативно позначалася і непослідовна політика королівської адміністрації щодо реєстру. Під час війни уряд закликав до реєстру усіх бажаючих, у тому числі селян державних і приватновласницьких маєтків. А коли потреба у такій кількості реєстрових козаків відпадала, більшість з них не тільки виключалися з реєстрових списків, а навіть поверталися колишнім володарям.

Козацька старшина також намагалася використувати рядове козацтво у своїх інтересах: залучала його до важких робіт, обкладала тяжкими податками. Все це сприяло майновому розшаруванню у середовищі реєстрового козацтва: менша його частина багатіла і зливалася з реєстровою верхівкою; більша — занепадала і поповнювала лави "черні". Важливе місце у реєстрі посідала козацька "середина", тобто козаки, що знаходилися між реєстровою верхівкою і "черню".

Важливим фактором, який визначав настрої більшості реєстрових козаків, було те, що стосовно них завжди існувала загроза скорочення реєстру і, як наслідок, покріпачення. Врешті-решт реєстрове козацтво, як і народні маси всієї України, надто болісно сприймало національно-релігійний утиск, який різко посилився наприкінці XVI ст. Цими обставинами і пояснюється той факт, що під час народних повстань кінця XVI — першої половини XVII ст. не тільки козацькі низи, а й козацька "середина" переходили на бік борців проти кріпацтва та іноземних гнобителів.

Таким чином, на початку XVII ст. в Україні існували три чітко не розмежовані категорії козаків: заможні реєстрові козаки, які служили уряду, запорожці, що жили поза межами Речі Посполитої, та величезна більшість козацтва, яка мешкала у прикордонних містах, вела козацький спосіб життя, але не мала офіційно визначеного статусу