Більшовицька влада звинувачувала греко-католицьку церкву, її ієрархію та митрополита у співпраці з німецькою окупаційною владою. Ці звинувачення абсолютно спростував лист Кир Андрея до Папи Римського XII від 31 серпня 1942р., в якому він писав: «Після звільнення Галичини німецькою армією з-під більшовицького ярма, ми відчули певну полегшу, яка однак не тривала довше ніж один чи два місяці. Поступово уряд впровадив направду незрозумілий режим терору і корупції, який з дня на день стає чим раз тяжчим і нестерпним. Нині весь край згідний щодо того, що німецька влада є злою, майже диявольською, і то набагато більше, ніж більшовицька влада». Греко-католицька церква ніколи не була прислужницею влади і з тим мусіли числитися фашисти, бо розуміли, яку силу уособлює церква, очолювана Митрополитом Шептицьким [75, с. 184].

Найважчими, на нашу думку, були останні роки сталінського режиму. Ще до Львівського «собору», у квітні 1945 р., вся вища церковна ієрархія – митрополит Йосиф Сліпий і десять єпископів - були заарештовані і, за вироком Військових трибуналів у Києві, ув'язнені на довгі терміни. Зауважимо, що жоден із них не зрікся своєї віри і вірності Апостольському престолу в обмін на обіцяну енкаведистами волю. У тюрмах і на засланні загинули владики Григорій Хомишин, Йосафат Коциловський, Микита Будка [Дод.6], Григорій Лакота [Дод.5]. Мукачівського єпископа Теодора Ромжу вбито восени 1947 р. [73, с.78]. Протягом 1945-1946 рр. радянські органи безпеки заарештували понад 800 греко-католицьких священиків та кинули їх у тюрми і концтабори. Серед них члена митрополичої капітули, члена УНДО Олександра Ковальського, настоятеля Святоюрського собору, члена УНДО Омеляна Горчинського, ректора Львівської духовної семінарії Івана Чорняка, канцлера митрополичої консисторії Миколу Галянта та ін.

Головним приводом для арешту був опір наверненню у православ'я. Владними «аргументами» служили звинувачення у «співпраці» з нацистами (Й. Сліпий благословив вояків дивізії «Галичина» на боротьбу з Червоною армією), а також з українськими повстанцями, в середовищі яких діяли капелани. Як приклад наведемо доповідну записку уповно-важеного у справах Православної церкви у Станіславській області Бельнова до Києва від 30 квітня 1946 р.: «Точних даних щодо співучасті колишнього уніатського, тепер православного духовенства Станіславської області з бандитською діяльністю українсько-німецьких націоналістів я в цей час не маю, однак мені відомо, що колишнє керівництво греко-католицької Станіславської єпархії – єпископ Хомишин Григорій і його заступник Лятишевський Іван, священик із м. Снятина – Оренчук Ілля та інші, нині арештовані органами НКВС священики, являються злісними ворогами радянської влади, вони благословляли німецьких загарбників на боротьбу проти нашої великої Батьківщини, підтримували і благословляли бандитів українсько-німецьких націоналістів, закликали віруюче населення області вступати в утворену німцями спеціальну галицьку дивізію СС і підтримували тісний зв'язок з українсько-німецькими націоналістами, усіляко підтримували їх і вели контрреволюційну роботу проти радянської влади серед віруючих [23, с. 21].

Після Львівського собору, станом на 1 жовтня 1946 р., за даними звіту уповноваженого в справах РПЦ по Станіславській області в єпархії налічувалось 674 релігійних громади і культових при-міщень, з яких 70 з різних причин не діяли (не було священика, зруйноване підчас війни культове приміщення тощо). З діючих 604 громад «канонічно оформилось» (перейшли в православ'я) лише 542, а з 322 свяшенників греко-католиків – 271. Так, за півроку лише два священики греко-католики перейшли в православну віру.

У Львівській області на 1 жовтня 1946 р. з 281 священиків «возз'єдналося» 170, аз 101 невозз'єднаних - 55 залишили службу або були репресовані, 29 - категорично відмов-лялись переходити в РПЦ, 17-були похилого віку або хворі [27, с.8]. Станом на 1 квітня 1947 р. відмовлялися переходити в православну у Львівській єпархії 50 священиків і 63 грома-ди, у Дрогобицькій – 34 священики і 34 громади, в Тернопільській – 12 священиків і 206 громад, у Станіславській – 31 священик і 43 громади. Таким чином. Греко-католицька церква, хоч і зазнала значних втрат, продовжувала діяти, не тільки в підпіллі. В одній з доповідних ЦК КПУ стверджено «випадки, коли уніатські священики в ряді сіл Отинянського, Тлумацького, Болехівського, Більшівцівського і Яремчанського районів Станіславської області з метою утримання віруючих від возз'єднання, намагалися навіть привести їх до присяги на вірність уніатській церкві» [22, с.14].

Напередодні перших арештів керівники митрополії подбали про збереження церковної ієрархії. Навесні 1945 р. митрополит Йосиф Сліпий призначив одразу чотирьох адміністраторів митрополії – своїх наступників: єпископів Микиту Будку (1877-1949) і Миколу Чарнецького (1884-1959), архимандрита Климентія Шептицького та віце-провінціала чину Редемптористів И. де Вохта[57, с.125]. Після того як органи НКВС у квітні 1945 р. заарештували обох єпископів разом із митрополитом, митрополію очолив о. Климентій Шептицький. Внаслідок його арешту в червні 1947 р. управління перейшло до о. Й. де Вохта, громадянина Бельгії, якому довелося покинути Галичину наприкінці 1948 р. Обов'язки керівника митрополії він поклав на о. І.Зятика. Але органи МДБ і його заарештували та вивезли в Сибір, де в 1950 р. священик помер від побоїв. Обов'язки підпільного керівника церкви взяв на себе о. М.Хмільовський, який під псевдонімом Михайло Лаврівський переховувався в уцілілих жіночих монастирях, звертався до кліру і вірних з листами, піднімав їх дух у боротьбі за збереження церкви в катакомбах. Водночас він співпрацював з українським підпіллям ОУН і УПА. Проте й М.Хмільовський у 1949 р. був схоплений і засуджений на