Поруйнування українських православних церков тривало і в наступному. Тому 4 квітня 1944 р. Іларіон у своїй резиденції на святій Даниловій Горі у Холмі, в соборі Пречистої діви Марії, пише глибоко стурбоване, емоційне й проникливе “Звернення до духовенства та православних українців, католиків-поляків Холмщини і Підляшшя про бажання служителів православної віри, про руйнування поляками православної церкви й нищення провідників її та українського населення на території Холмщини і Підляшшя”. Навівши в цьому документі вражаючі приклади жорстокості, митрополит ще раз звернувся до розуму й серця кожного: “Я, митрополит невинно кров’ю политої Холмщини – православної землі, пастирським посланням цим ще раз звертаюся до всіх холмщаків, як православних українців, так і католиків-поляків, з своїм гарячим закликом до братерського спокою, до взаємного зрозуміння й повної сусідської згоди.

Не дивлячись на таку протидію польських властей, Іларіон не лише самовіддано захищав інтереси віруючих українців, а й утверджував свою концепцію щодо відродження Української церкви поза межами своєї єпархії. Зокрема це стосується й відродження давньої традиції соборності в Українській церкві. Єпархіальний собор, що проводився в Холмі 21-23 жовтня 1941 р., був першим не лише в Холмсько-Підляській єпархії, а й у цілій Україні. Всі поточні питання церковного життя почала розглядати Архієрейська рада, що складалася з тридцяти представників громадськості.

На місцях збільшувалася кількість парафій, розпочато будівництво п’яти нових соборів. Предметом пильної уваги Іларіона стало відновлення кафедрального собору, розчищення Данилової криниці із святою водою в ній, благоустрій святих Данилових печер – місця вічного спочинку великого Данила Романовича та ще шістьох українських князів, а також ієрархів українського православ’я. З приводу необхідності повернення святій Даниловій Горі її первісного вигляду 31 травня 1942 р. він звертається із спеціальним пасторським листом до всіх людей доброї волі. В ньому знаходимо такі хвилюючі для кожного, кому дорогий свій край, слова: “Свята Данилова Гора в стародавньому княжому місті Холмі – це національна українська святиня, мила й дорога кожному українцеві тими великими історичними подіями, що тут відбувалися. Висунена далеко на захід, оточена не все прихильним нам сусідом, Св.Данилова Гора часто бувала наражена на занедбання, а то й руйнацію. належне утримання цієї великої нашої святині – це святий обов’язок оборони нашої народної чести”. Іларіон. Слово істини: архіпастирські послання за 1940-1944 рр. – Холм, 1944. – С.27.

В цей час у Холмі розгорнулася значна українізацій на робота на теренах освіти і культури. За ініціативою Іларіона було створено єпархіальну Холмське-Підляську бібліотеку з музеєм при ній, де за короткий час було зібрано понад 40 тис. томів книг. В наступному вона поповнюється за рахунок жертовної допомоги письменників, видавництв, широкого українського громадянства Європи. Заходами Іларіона 1943 р. в Холмі засновано вищу духовну школу, яка з часом перетворилася у справжній науковий центр. В ній працювало шість професорів, два кандидати богослов’я та інші. Окремі предмети – “Методологія наукової праці”, “Сучасний церковнослов’янський правопис” та ін. – в цій школі читав архієпископ Іван Огієнко. Тимошик М. Лишусь навіки з чужиною... – С.109-110.

Сумний перебіг міжконфесійної боротьби на Холмщині і Підляшші значною мірою спонукали Івана Огієнка сконцентрувати свої зусилля як ученого на підготовці до написання цілої серії досліджень з історії Української Православної Церкви. Архієпископ Іларіон мав серйозні наміри реалізувати концепцію відродження Української Автокефальної Православної Церкви, основі ідеї якої викладено в “Меморіялі про майбутній устрій Української Православної Церкви”. Цей документ було остаточно схвалено й підписано 31 серпня 1941 р. трьома Холмськими установами: Товариством Українських боголосвів, Архієпископською радою і Єпархіальним церковним братством. Головнішими постулатами цього документа є такі, як: православна церква має взяти найбезпосереднішу участь у відновленні української державності, на чолі якої має стати лише така особа, яка глибоко проникнута релігійними й історичними традиціями; мусимо виконати всенародний заповіт великого митрополита Петра Могили – Українська православна церква мусить стати Патріархією з Патріархом на чолі; уважаємо за свій національний обов’язок голосно сказати, що український єпископат має складатися тільки з свідомих українців; служити народові – служити Богові; богослужбовою мовою церкви мусить бути жива українська літературна мова Тимошик М. Лишусь навіки з чужиною... – С.110-111. та ін. Але в умовах окупації це було нереально.

Перший крок для написання ґрунтовної, що опирається на широкий архівний матеріал, історії української церкви Іван Огієнко зробив у 20-х роках ХХ ст., оперативно видавав у створеному ним самим видавництві “Українська Автокефальна Православна Церква” кілька невеликих за обсягом книжок. 1942 року в Празі побачило світ солідне двотомне видання “Українська держава”. Огієнко І.І. Українська церква: Нариси з історії Української православної церкви: У 2-х т. – Т.1-2. – К.:Україна, 1993. Перший том книги охоплює період від початків християнства серед українського народу ще в доісторичну добу до виходу в світ унікального твору українського друкарства – Острозької біблії 1581 р. Другий том книги висвітлює долю української церкви після приєднання її до Московської