Депутатам була вручена грамота імператриці Єлизавети від 10 червня 1756 року з указом задовольнити прохання щодо мита, однак претензії на землі заперечувалися. Тут, царизм залишився послідовним. Правда, у цій грамоті наказано створити змішану комісію для опису запорізьких земель і розмежування їх з Новою Сербією і Новослобідським полком. Така комісія була створена у 1756 році з депутатами від Запоріжжя, Гетьманщини та від фортеці святої Єлизавети. Комісія діяла протягом 1756 — 1762 років. її склад кілька разів оновлювався. Постійно брав участь у її роботі геодезист Ісленьєв. Комісія працювала, а наступ на запорізькі землі тривав. Особливо нахабно поводився комендант фортеці Муравйов, який навіть заарештував одного із запорізьких депутатів.

Комісія збиралася на з'їзди у 1757, 1759 і 1760 роках. Була спеціальна грамота Єлизавети від 10 січня 1760 року з наказом продовжити опис запорізьких кордонів. Останній з'їзд відбувся у 1762 році. Запорізька Січ виділила депутатів — осавула Петра Калнишевського, суддю Павла Кириловича (Козелецького) та писаря Артема Кумпана. З'їзд провели після указу Сенату від 7 січня 1762 року, за яким утворювався status quo на кордоні.

1759 року на Січі знову зібралася Рада, яка постановила відрядити нову депутацію до імператорського двору з клопотанням про грамоту на землі Війська Запорізького. На раді обрали і депутатів з найвищих кошових урядовців — військового суддю Петра Калнишевського, військового писаря Артема Кумпана і колишнього кошового отамана Павла Кириловича. Перед депутатами також становилося завдання клопотатися про скасування мита на хліб та крам, що їх везуть з Гетьманщини на Січ, а також про відправку жалування і гармат на Запоріжжя. Як завжди, депутати везли дарунки для царських придворних вельмож.

У Петербурзі знову задовольнили тільки частину претензій. Указ Сенату від 10 травня 1759 року і царська грамота від 25 січня 1760 року дозволяла без мита перевезення хліба та харчових продуктів на власне споживання. Однак добитися імператорської грамоти на захист запорізьких земель депутати не змогли.

Наступ царизму на земельні володіння Запорізької Січі, як і взагалі на її автономію, став особливо агресивний після вступу Катерини II на престол. Крайньої гостроти земельна боротьба досягнула в останнє десятиріччя існування Січі.

У 1763 році запорізька депутація на чолі з кошовим отаманом Григорієм Лантухом приїхала до Петербурга по клейноди. Учасник цієї депутації — писар Війська Запорізького Іван Глоба — марно і безуспішно клопотався у Сенаті про захист запорізьких земель. 1765 року до імператорського двору прибула нова запорізька депутація у складі кошового отамана Петра Калнишевського, військового писаря Івана Глоби, військового старшини Василя Пишмича з чолобитною Війська Запорізького за землі і з проханням вилучити Запорізьку Січ з управління Малоросійської колегії, яке утискувало автономію Запоріжжя. Друга малоросійська колегія була створена царизмом як центральний орган управління Лівобережної України після ліквідації гетьманського уряду. Січ просила повернути її в Колегію іноземних справ. Автори запорізької чолобитної посилались на грамоту польського короля Стефана Ваторія 1575 року і універсал Богдана Хмельницького 1655 року. Щодо земельних претензій, то тут запорізька депутація конкретно ставила питання про знесення з території Запоріжжя поселень Нової Сербії та фортеці святої Єлизавети, а також виведення царських військ. Це вони висловили і на аудієнції у Катерини II. Депутати були з візитом і у О. Румянцева, призначеного генерал-губернатором України після скасування влади гетьмана. За указом Катерини II створили урядову комісію з числа державних керівних осіб (сенатори Павло Панін, Захарій Чернишов, князь О. Вяземський, О. Румянцев, Глєбов, Герандт), яка вивчила “ландкарти” і наче визначала, що ново-сербські поселення справді стоять на запорізьких землях, розглянула проект переселення Нової Сербії. Катерина II теж ознайомилася з “ландкартами”. Від неї на Січ надійшла грамота, в якій цариця не дуже виразно обіцяла запоріжцям вирішити справу відповідно до їхнього прохання. Однак Калнишевський у своїх листах на Січ висловлював дуже великі сумніви щодо успіху клопотань запорізьких депутатів.

Через два роки у наказі Запорізької Січі до Комісії по складанню нового уложенія 1767 року зазначалося, що обіцянки Катерини не виконано — на запорізьких землях не ліквідовано чужих поселень та слобід, не були виведені й царські війська. Вимога про повернення захоплених володінь аргументувалася тим, що вони “іздревлє” запорізькі, з ними Січ увійшла до складу Російської держави. При цьому посилались на історичний документ—“Пункти Богдана Хмельницького”, державні договірні умови, про які згадувалося вище. Прохання про вихід царських військ обґрунтовувалося тим, що вони розташовані не на кордоні, а “всередині Запорозької землі”. Що ж до захисту південного пограниччя від нападів з боку кримського хана й Туреччини, то запорожці “по присяжной своей должности” як охороняли, так і надалі їх охоронятимуть.

Під час ррсійсько-турецької війни 1768 — 1774 років Запорізьке Військо брало активну участь у вирішальних битвах, звільняючи під час боїв бранців, полонених, що конали