Запорізька Січ продовжувала відправляти депутації до імператорського двору з петиціями: 1771 рік — депутація Війська Запорізького на чолі з полковником Ковпаком; 1773 рік — полковий старшина Антон Головатий привіз петицію (“прошеніе”) Катерині II і листи до вельмож у справі захоплення земель Єлизаветградською провінцією. Військо Запорізьке вимагало повернути землі за універсалом Хмельницького. Того ж року на Січі з'явився відряджений київським генерал-губернатором Воєйковим гусарський капітан з вимогою подати за указом Сенату документи на право володіння Січчю спірними землями.

У травні 1774 року Запорізька Січ одержала іменну грамоту Катерини II з наказом обрати від Війська Запорізького трьох депутатів, яких з документами про права на землі відрядити до двору. Рада на Січі депутатами обрала військових старшин Сидора Білого і Логина Мошенського та полкового старшину Антона Головатого. Депутація відбула до Москви у вересні 1774 року.

У своїй петиції до Катерини II Військо Запорізьке просило наділити його грамотою на землі в тих межах, в яких запорожці володіли згідно з царською грамотою 1686 року з усіма містечками, селами та перевозами. До петиції було додано чолобитну, яка перелічувала всі утиски, зневаги, захоплення маєтностей Єлизаветською провінцією, привласнення Військом Донським землі за Калміусом, знищення маєтностей командуючими царськими кріпостями й ретраншементами. До пакету документів (у копіях), які підтверджували права Запорізької Січі на землі, входили: універсал Богдана Хмельницького 1655 року; грамота царя Олексія Михайловича гетьманові Богдану Хмельницькому і Війську Запорізькому 27 березня 1654 року, універсал польського короля Михайла Вишневенького 1670 року із затвердженням Острозької угоди Війська Запорізького (за часів гетьмана Ханенка) з Польщею; грамоти царів Іоанна та Петра і Софії 1688 року, універсал Коша Запорізької Січі полтавському монастирю на лови по річці Орель 1679 року; випис із Білоцерківського трактату між Москвою та Польщею 1686 року; конституція сейму у Варшаві 1717 року, де згадується універсал короля Стефана Баторія козацтву.

Ці документи прийняв від запорізьких депутатів генерал-прокурор Сенату. Листи були передані царським вельможам. Депутати на початку 1775 року повідомляли Кіш про неприховані ворожі настрої до Запорізької Січі вельмож, особливо Потьомкіна, який різко висловлював своє незадоволення наїздом запорізьких команд на іноземні та військові поселення на запорізьких землях. Сенатори Вяземський і Стрекалов вдалися до прямих погроз за спалені оселі Новоросійської губернії, яка вклинилася у запорізькі володіння. Земельні суперечки Запоріжжя “радикально” вирішила цариця, “з материнською ніжністю і щедрістю” подаючи надію запорожцям, присипляючи їхню пильність, вона водночас доручила своєму офіційному придворному “російському історіографу” німцю Герарду Міллеру “науково” довести, що Січ взагалі не має ніяких прав на володіння своїми землями. Про це стало відомо запорожцям. Остання їхня депутація повідомляла у Кіш, що Міллер за завданням Колегії іноземних справ робить виписки з архівних документів про Запоріжжя: “Тепер мы сего дошли, что поручено в Иностранной коллегии историку немцу, полковнику Мийнеру, выписку чинить, с якой уже часть скопиевано й посылается”.

Дві статті Міллера — “Міркування про запорожців” і “Коротка виписка про малоросійський народ і запорожців” — були подані уряду як доповідні записки напередодні зруйнування Січі — 10 травня 1775 року. "Оцінки Міллера, сповнені нестримної злоби кріпосника та монархіста, виражали офіційні імперські погляди на запорізьке козацтво. Деякі положення, висунуті ним, були згодом використані в маніфесті Катерини II про ліквідацію Запорізької Січі: “Січ не має права на існування”, “несамовите управління”, “політична потвора”.

Задовго до зруйнування Січі царський уряд, намагаючись поступово звужувати її автономію, не тільки відбив землі, а й втручався в її внутрішній лад, управління, самоврядування, судочинство, церковні справи. Спочатку демократичні порядки запорозького козацтва обмежувались дуже обережно. Готувалися проекти реформ, що передбачали насамперед ліквідацію виборності старшини, зокрема й урядової — кошової, і заборону рядовим козакам брати участь у радах, а також запровадження при кошовому отаманові спеціального пристава — царського штаб-офіцера. Такі проекти, зокрема, подавав до Сенату київський генерал-губернатор Леонтьев у 1740 та 1750 роках. Останній з них мав назву: “Мнение, коим наилучшим способом порядок в Войске Запорожском учредить надлежит”,— оскільки царські власті вважали “непорядком” саме демократичні прямі вибори на загальновійськовій раді Запорізької Січі. “Выбор старшини не от старых й умных людей и не от куренных атаманов зависит, но от упоминаемых сиромах”,— доповів секунд-майор Никифоров, відряджений Леонтьевим на Січ 1748 року.

Ліквідації самоврядування у сфері виборності старшин домагалася і частина запорізької верхівки, їй не подобалось обрання кандидатів на раді, де голос рядового козацтва — “черні військової” — ще мав неабияку вагу. Проект скасування виборів і принцип призначення старшин урядом підготував військовий писар Павло Чернявський. Окремі представники запорізької верхівки, догоджаючи царським властям, воліли робити це таємно. Чернявський, побоюючись розправи козаків, просив не зазначати його прізвища в офіційних документах.

У 1753 1 1756 роках царський уряд видав указ та грамоту про скасування виборів на Січі.

Із вступом Катерини II на престол втручання царизму в демократичний лад Запорізької Січі, в її управління набрало брутального характеру. 9 вересня 1762 року на коронацію Катерини приїхала запорізька депутація у складі щойно обраного кошового отамана Петра Калнишевського і військового кошового писаря Івана Глоби. Калнишевський не сподобався імператриці, можливо, своєю яскравою і незалежною особистістю. На Січ надійшов наказ