У грудні 1762 року рішення про звуження виборів на старшинських нарадах ухвалила лише сходка курінних отаманів. Відтоді на посади подекуди обирали не на загальновійськовій раді, а на старшинських сходках, і саме тих кандидатів, яких воліла самодержиця або її оточення. Однак через опір козацьких мас і незгоди в середовищі самої старшини нововведення, які вимагав царський уряд, тривалий час, по суті, до кінця існування Січі, не були реалізовані. Демократичні традиції так само діяли — запорізькі козаки збиралися на загальновійськові ради, обирали кошову та іншу старшину із тих, кого вони вважали гідними.

У січні 1765 року вдруге був обраний кошовим отаманом Петро Калнишевський, не бажаний цариці. Таке нехтування волею самодержавній розцінили у Петербурзі як “зухвалу непокору і свавілля”. Швиденько спорядили у столиці імперії комісію, яка протягом лютого і березня провадила слідство. Слідство не дало ніяких наслідків. Назрівала неминучість війни з Туреччиною, а без Запорізького Війська російська армія протистояти турецько-татарським силам не могла, особливо на такому театрі військових дій, як південні степи. І ось тому Петро Калнишевський, який мав величезний авторитет на Запоріжжі, залишався кошовим отаманом і протягом семи років війни командував Запорізьким Військом.

Обмеження царизмом самоврядування козаків у сфері адміністрації, суду і безпосереднього управління Запорізькою Січчю виявилося у передачі Запорізької Січі в підпорядкування київського генерал-губернатора, а також переведенні Січі з відомства Колегії іноземних справ до Сенату, а з 1764 року, коли була скасована українська держава — Гетьманщина,— до Малоросійської колегії. Це відповідало імперській русифікаторській політиці Катерини II, яка, між іншим, писала генерал-губернатору Вяземському: “Приєднані країни непристойно називати чужоземними і поводитися з ними на такій підставі є більше, ніж помилка. Ці провінції належить найлегшим способом привести до того, щоб вони обрусіли і перестали дивитися як вовк до лісу”.

Царизм наступав і на автономність та демократичність запорізької церкви, яка була незалежна від Київської митрополії, а її підлеглість патріарху була номінальна — всі церковні справи вирішувались на загальновійськовій раді.

Розглядаючи передумови ліквідації Січі, не можна випускати з уваги суперечності між старшиною запорізькою та лівобережною і слобідською. Останніх непокоїло зростання економічної сили запорізької верхівки. До того ж лівобережні і слобідські старшини, перетворюючись на великих феодалів, не могли миритися з тим, що Запорізька Січ, яка в передостанній чверті XVIII ст. залишилася своєрідним острівцем в океані кріпосницької Російської імперії, давала притулок втікачам від кріпосництва. Внаслідок цього феодали втрачали робочу силу. Тому так наполегливо вони виступали проти Січі, яку захищали народні маси Лівобережної, Правобережної та Слобідської України, вбачаючи в ній гарантію того, що кріпацтво не пошириться на Запоріжжя — єдиний прихисток від поміщиків-феодалів, від національних переслідувань польської шляхти й утисків царських властей.

Запорізька старшина, домагаючись збереження автономних прав Січі, разом з усім козацтвом виступала за право вільного приходу селян, козаків, міщан на Запоріжжя, оскільки разом з багатими козаками широко користувалися у своїх зимівниках і на промислах працею втікачів. Фермерські господарства-зимівники, що базувалися на вільній найманій праці, були прогресивнішими від поміщицьких господарств з їхньою примусовою працею закріпачених селян. Цим пояснюється прагнення Січі до автономності не лише в межах Російської імперії, а й самої України.

Наступ кріпосників на Січ зустрів опір козацьких та народних мас. Саме запорізької сіроми, яка завжди брала найактивнішу участь в антифеодальних народних рухах в Україні і в Росії, понад півстоліття боролась у складі гайдамацьких загонів проти польської шляхти на Правобережній Україні та проти українських і російських феодалів. Треба відзначити, що не тільки рядове козацтво, а й запорізька старшина мала щодо гайдамаків на Запоріжжі свою позицію, не відповідну політиці царського уряду і польської шляхти. Запорожці були провідною, досвідченішою з військового боку силою в повстанні 1768 року — Коліївщині, а також активними учасниками селянської війни в Росії під проводом Пугачова. Цікаво, що пугачовські отамани Ємельянов і Стодола побували на Запоріжжі. Після поразки в бою з царськими військами сам ІІугачов теж мав намір “пробратися морем до запорізьких козаків”. Царський уряд понад усе боявся, щоб повстання не перекинулося на Україну.

З поглибленням соціального розшарування козацтва на Запоріжжі загострювались і внутрішні суперечності, особливо в останні десятиріччя існування Січі. Виступи сіроми весь час тримали насторожі царський уряд, який своїми військами допомагав старшині придушувати повстання. Найбільше з них, мабуть, як відгук на Коліївщину, відбулося в 1768 році. Воно спалахнуло 26 грудня. Повстанці оволоділи військовою артилерією, випустили ув'язнених гайдамаків, розгромили будинки старшини. Сірома на короткий час цілковито оволоділа Січчю, чинила опір царським каральним військам. Однак сили були нерівні — і повстання було жорстоко придушене. 1769 року сталося заворушення у Корсунському курені. 1770 року козаки Щербинівського куреня зробили замах на життя кошового отамана Калнишевського Виступи козаків були постійними на зимових сторожових форпостах, де незабезпеченість провіантом і фуражем з боку царського командування, зловживання та насильства окремих старшин-командирів створювали нестерпні умови служби. З цієї причини виступали також запорізькі піхотинці-моряки під час Дунайської експедиції. Значними були заворушення у команді запорізького полковника Ковпака 1773 року. Все це, а також допомога козаків повсталим пікінерам у кінці 60-х — на початку 70-х років XVIII ст. викликала занепокоєння царського уряду. Однак скасувати Січ він не наважувався.

Царський уряд і військове командування виявляли велику зацікавленість у залученні запорожців до участі у воєнних діях проти Туреччини. У війні 1768—1774 років