З числа цих та інших старшин були призначені керівники “уездов”, на які була поділена окупована територія. Новоселицького — Сидір Білий, Кальміуського — Бершадський, Перевізького — Шульга, Личківського — Чернявський, Гардового — Побігайло. Самарського перевозу — Легкоступ. У 1776 році “уездн” були передані у відання російських офіцерів.

Вищу січову старшину репресували. Коли кошовий отаман, військовий суддя і військовий писар з'явилися в таборі Текелі, їх зразу ж взяли під варту. Були віддані до суду з конфіскацією майна військовий старшина Андрій Порохня, полковники Мусій Чорний, Степан Гелех, Іван Кулик, Іван Гараджа, курінні отамани Осип Паралич, Мойсей Головко та ще ряд старшин.

У січні 1776 року відбувся суд в Більовській фортеці над старшинами Степаном Лелекою, Агипом Паролихом, Іваном Куликом, а також курінним отаманом Головком та полковником Іваном Гараджею. У березні цього ж року в Олексіївській фортеці проходив суд у справі старшин Гелеха, Пишмича, Кулика та Гараджі. Було притягнуто до суду також пушкаря Смолу й писаря Жидківського, а також колишнього орельського полковника Саву Циподригу.

Найбільше постраждав кошовий отаман Петро Калнишевський, до якого особливо безжалісно поставився Потьомкін. Фаворит Катерини II у свій час неодноразово підкреслював свою велику повагу до запорізького політичного діяча і полководця, називаючи вісімдесятилітнього Калнишевського “вельмишановним люб'язним своїм батьком”, “нерозлучним другом”. А згодом розпорядився заарештувати Калнишевського і без суду й слідства відправити його та ще двох кошових старшин у довічне заслання і ув'язнення.

Потьомкін писав до Катерини II: “Всемилостивейшая государиня! Вашему императорскому величеству известны все дерзновенные поступки бывшего Сечи Запорожской кошевого Петра Калнышевского и его сообщников судьи Павла Головатого й писаря Йвана Глоби, коих вероломное буйство столь велике, что не дерзаю уже я, всемилостивейшая государыня, исчислением оного трогать нежное й человеколюбивое ваше сердце, а притом и не нахожу ни малой надобности приступать к каковым либо исследованиям имея явственньдм доводом оригинальные к старшинам ордера, из'ьявляющие великость преступления их перед освященным вашего императорского величества престолом, которые по всем гражданским й полити-ческим законам заслужили, по всей справедливости, смертную казнь. Но как всегдашняя блистательной дути вашей спутница добродетель побеждает суровость злобы кротким матерним ислравлением, то й осмеливаюсь я всеподданнейшее представить: не соизволи-те ли высочайшим указом помянутнм преданным праведному суду вашему узникам, почувствовавшим тягость своего преступления, обіявить милосерднеє избавление их от заслуживаемого ими наказания, а вместо того, по изведанной уже опасности от ближнего пребывания их к. бывшим запорожским местам, повелеть отправить на вечное содержание в монастыри, из коих кошевого — в Соловецкий, а прочих — в состоящие в Сибири монастыри, с произвождением из вступившого в секвестр бывшего запорожского имения: кошевому по рублю, а прочим по полуполтине на день. Остающееся же затем обратить, по всей справедливости, на удовлетворение разоренных ими верноподданых ваших рабов, кой повинуясь божественному вашему предписанию, сносили буйство бьівших запорожцев без наималейшего сопротивления, ожидая избавления своего от десницы вашей й претерпев убытков более нежели на 200 000 рублей, коим й не оставлю я сооразмерное делать удовлетворение, всемилостивейшая государиня.

Вашего императорского величества верно всеподданейший раб князь Потемкин”.

Катерина II 14 травня 1776 року у Царському Селі власноручно написала: “Быть по сему”.

8 червня 1776 року Сенат повідомив Синод про доповідну записку Потьомкіна імператриці та про її “височайшу конфірмацію”. Потьомкін через Синод наказав монастирській владі, щоб “содержаны были узники сии безвьіпускно из монастырей й удалены бы были не только от переписок, но и от всякого с посторонними людьми обращения”.

Про сумну долю колишніх запорізьких членів кошового уряду не могли довідатися навіть найближчі родичі. Лише значно пізніше, майже через століття, дослідники встановили, що кошового Петра Калнишевського заслали у Соловецький, військового писаря Івана Глобу — в Туруханський і військового суддю Павла Головатого — у Тобольський монастирі. Царський сатрап наказав створити для всіх режим суворої ізоляції, а щодо Калнишевського особливо підкреслив: колишнього кошового отамана тримати “під неослабною і посиленою вартою солдатів”. Останній кошовий отаман провів чверть століття у нелюдських умовах. По суті був живцем замурований у кам'яний мішок. Він до кінця своїх днів зберігав світлий розум, тільки осліпнув. Могутня козацька вдача, справжній запорізький дуб! П. Калнишевський помер 1803 року, маючи 113 літ, у цьому ж монастирі, де добровільно залишався і після “помилування” Олександром І. Нагадаємо: у цьому році виповнюється 300-річчя з дня народження славного предка, чий образ довгий час, всупереч історичній правді, всіляко спотворювався, фальсифікувався, а то й взагалі замовчувався. Віддамо належне цій видатній постаті нашої історії, котра стала гордістю української нації. Пам'ятаймо, що Петро Калнишевський, обороняючи Запорізьку Січ — останнє вогнище волі, незалежності, демократизму, намагався врятувати Україну.

Жорстока розправа з Калнишевським, Глобою і Головатим пояснюється тим, що вони репрезентували вищу владу на Січі, її кошовий уряд, були виразниками автономності, самостійного самоврядування Запорожжя.

Після ліквідації Січі основна маса козаків була позбавлена прав незакріпаченого хлібороба або ремісника. На базі зимівників та інших поселень створювалися державні слободи, жителі яких переводилися у стан військових поселенців, пікінерів тощо. Козаки жили вже на казенних землях і мали поставляти певну кількість солдатів до царської кінноти. Потім їх зрівняли з державними селянами, обкладаючи тяжкими грошовими податками (поземельний “оклад”, подушний податок), примушуючи на свої кошти утримувати сільську адміністрацію, волосне правління, а також виконувати підводну,