Проте оптимізм виявився передчасним. Згадана газета впродовж того ж самого 1737 р. регулярно публікує звістки про те, що в околицях Летичева, Сміли, Білої Церкви, Крилова, Шаргорода, Немирова, Лисянки та Суботова раз по раз з'являються гайдамацькі ватаги, котрі вриваються, хапають, де що можуть схопити, і зникають, бо роз'їзди не можуть їх вистежити – вони як у землю провалюються. Ведучи неоголошену війну гультяйству, польські влади виловлювали й страчували ледве не кожного підозрілого запорожця, який лиш траплявся на очі. Своєрідний рекорд у цьому сумному "спорті" поставила уманська військова адміністрація, котра тільки впродовж 1737-1741 рр., як видно з реєстру канцелярії , розпорядилася повісити 110 козаків. Через нечисленність регулярних військ (скорочена "Німим сеймом" армія . на всю була в стані виставити не більше 4-5 тис. вояків) велику роль у боротьбі з гайдамаччиною почали відігравати загони надвірного козацтва, або так звана надвірна міліція, організована на козацький лад. Спираючись на неї, магнати вкотре забували стару приповідку, що козаком проти козака воювати – як вовком орати: і , і , а невдовзі й починали зі служби в надвірних загонах.

Російський уряд, зі свого боку, грізно вимагав від січового начальства, аби гайдамаки на запорозькій території впредь приниманни не были, но вовся искореняемы без пощады. Російські команди, як і польські, ганялися за гайдамаками, втім – часто констатуючи в рапортах, що їх никак взять было немочно, навпаки – розбійники ще й погрожували, що команду выколят. У цілому ж, як констатував 1750 р. київський губернатор Михайло Леонтьєв у своєму рапорті до Санкт-Петербурга, вышеописанные злодеи не толико умаляютца, но от времяни до времяни умножаютца.  

На зламі 1765-1766 рр. до гайдамацької проблеми долучився церковний конфлікт. Як уже згадувалось, у Придніпров'ї парафії були уніатськими, але декілька монастирів – православними. На заклик ігумена розташованого поблизу Чигирина Мотронинського монастиря Мельхіседека , котрий виконував функції намісника Переяславського єпархіального правління на , попи 150 парафій оголосили про своє навернення до православ'я з перепідпорядкуванням о.Мельхіседеку. Відповіддю уніатських церковних влад стали репресії над новосхизматиками, коли, зокрема, в липні 1766 р. за підозрою в шпигунстві був заарештований і . Скривджений православний клір відразу взяв під свій захист жаботинський сотник Харко, заявивши, як пише один з представників місцевого уніатського духівництва, що зміг би вчинити ще більше повстання єпотіорем фацере револутіонем ї, ніж покійний Хмельницький. Харко був схоплений і страчений як бунтівник (за іншими даними – убитий у Жаботині), і, як говориться у згаданій записці, жах [horror] охопив усі тутешні краї. Очевидно, жах – не найточніше слово, яким можна було б визначити глуху ворожість люду, що давно звик бачити шибениці, від чого не меншало гультяйське свавілля. Коротка передгрозова тиша, якій судилося вибухнути навесні 1768 р., запала від Черкас до Сміли.

Іскрою стали дії барських конфедератів. Керуючись гаслом оборони віри й вольності, вони силою зганяли людей до Канева, Чигирина та Сміли і примушували присягати на вірність конфедерації. Екзекуції впали і на голови новосхизматиків: їх погрожували вирізати дощенту. Як оповідає одна з тогочасних скарг, писана в Каневі, вони чинили по всій Україні різні жорстокості та заворушення, тож внаслідок таких непристойних вчинків дали привід для гайдамацтва... Мешканці м.Мошнів точніше передають ставлення простолюду до конфедератів. Змальовуючи кривди від управителя, вони пишуть, що той намірявся на них конфедерацію спровадити, то єсть ляхов, чтобы з нас, християн, кождый в живих не остался...

Вірний діагноз спалахові через кілька місяців поставлять і в Петербурзі. В імператорському указі від 12 липня 1768 р. говорилося:

Бунт польських в Украйне и Подолии крестьян должно щитать следствием Барской конфедерации, ибо тут фанатизм католиков возбудил равной и в наших единоверных...

Проте автори петербурзького маніфесту не згадали головного – власної ролі в розробці сценарію подій. Хронологія ж останніх була такою: у середині березня конфедерати видали перші закличні універсали, а вже між 20-26 березня, як показував потім на допиті лідер повстанців , до нього в Мотронинський монастир (куди він з Січі вийшов на послушаніє) прибуло семеро запорожців на чолі з отаманом Юхимом Шелестом. Той буцімто показав лист кошового Січі, чтоб итти в Полшу для прогнания конфедератов и жидов и для грабежа их. За кілька днів по тому Шелеста в сварці убили, таємничий лист щез, натомість на заклик "козацької пошти" довкола монастиря, розташованого в глухому лісовому урочищі Холодний Яр, до кінця квітня зібралося до 700 запорожців і близько 300 мешканців – селян та козаків з надвірних міліцій. На коші, закладеному тут же, у Холодному Яру, був обраний отаманом (далі він буде називати себе полковником Низового Війська Запорозького), а один з ченців монастиря відслужив, як каже , молебен за наші успіхи (народна традиція назве цей молебен освяченням ножів).

У другій половині травня, практично одночасно зі вступом російських військ на , повстанці вийшли з Холодного Яру, рушивши звичним гайдамацьким маршрутом – Медведівка (батьківщина Залізняка), Жаботин, Сміла, Корсунь, Богуслав, Канів, Лисянка. Уже на початку червня Залізняк видає універсали з закликом ляхов и жидов...казнить, а начальник російських відділів Апраксін у власних універсалах закликає тих самих "ляхів" не сприяти конфедератам, бо це буде розцінено як погані наміри. Підозріла синхронність подій ще дужче насторожує, коли врахувати, що всі вони супроводжувалися чутками про золоту грамоту, яку імператриця нібито через о.Мельхіседека